宋教仁在滬市發表了各種演講，引起了廣泛的關注，隨後宋教仁開始決定北上正式接任內閣總理了，此時得意洋洋的他根本沒有想到，滬市火車站中藏有一個刺客。當宋教仁在火車站內向送行的眾多民黨黨員和群眾記者揮舞告別之際，刺客應桂馨拔出手槍擊中了宋教仁，子彈從他的後背射入體內，射中其右肋，斜入腹部，兇手開槍後逃逸。
宋教仁疼痛難忍，趴倒在一張椅子上，用手把于右任的頭拉到胸口，喘息地說：“吾痛甚，殆將不起……”，當時在火車站送行的黃興、于右任、廖仲愷等將宋教仁送往滬寧鐵路醫院急救。
在醫院中宋教仁向于右任留下遺囑：今以三事奉告：一、所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館；二、我本寒家，老母尚在，如我死後，請克強與公及諸故人為我照料；三、諸公皆當勉力進行，勿以我為念，而放棄責任心。我為調和南北事費盡心力，造謠者及一班人民不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔？
他並授意黃興代擬電報給袁世凱，講述自己的中彈經過和革命生涯，最後希望袁世凱能夠竭力保障民權，自己則雖死猶生。
從宋教仁給袁世凱發的電報可以看出來，彌留之際宋教仁知道自己不是被袁世凱刺殺的，他並沒有為自己索要什麼，唯獨希望袁世凱不要做獨裁總統。
滬督陳其美將刺客應桂馨抓獲，兩天之後應桂馨被殺，隨後陳其美突然宣稱搜出應桂馨與內務部長趙秉均的秘書洪述祖的書信來，陳其美由此認為，宋教仁是被袁世凱所殺。
江蘇都督程德全、江蘇民政長應德閎在收到租界會審公堂移交的證據後，把罪犯應桂馨和國務總理兼內務總長趙秉鈞、內務部秘書洪述祖之間來往的秘密電報和函件的要點以“通電”的形式向海內外公佈，迫使趙秉鈞不得不發出公開電報為自己辯解，滬市地方檢察廳也公開傳訊在位的國務總理趙秉鈞。
且不說陳其美所陳證據是真是假，但下一任內閣總理被刺殺一事讓袁世凱政府極其被動，眾所周知宋教仁反袁，北上正式來代替袁世凱領導國家的，這相當於下一任國家領導人被殺了，任誰都會認為應該是袁世凱下的毒手。此時陳其美丟擲所謂的“證據”，即便不是真的，眾人也認為是真的了。
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而在整個宋教仁遇刺一案中，王永安心存懷疑，尤其是他太瞭解陳其美了，陳其美控制的上海地方法院能夠正確審判才怪。
誠然這個宋教仁自以為懂得政治卻不懂得國情，自以為可以將外國的政治體系照搬全抄挪到中國來，卻完全忘記了推翻滿清並不是國會和那群議員的功勞，而是北洋軍隊、江北軍隊和民黨軍隊的功勞，犯了文人最大的毛病——看不起幹實事兒的人。當然，如果讓宋教仁“任人唯賢”地進行內閣改組，看起來未來的國家一定會非常完美，但卻會遇到政令不通甚至會產生內戰的危險。
所以王永安認為，宋教仁是一個比孫逸仙還要理想主義的人，他已經理想到YY自己真的可以控制這個國家了，宋教仁要革的不單單是北洋系的命，還有江北系的命。可即便如此，也沒有人真的認為宋教仁有本事能夠影響政局，別說袁世凱有都是辦法收拾宋教仁，便是王永安也有很多陰招等著他。所以不管是北洋系還是江北系，完全沒有將宋教仁放在眼中的意思，更不存在刺殺他的動機。
畢竟如果說嘴炮囂張是殺人的理由，那孫逸仙早就被殺多少次了。
幸虧當初王永安提出派出專案組進行調查，袁世凱立即表示，在專案組得出結論之前，任何人不得毀壞證物、不得傷害刺客、不得隱藏證據，滬督陳其美所言真假應有專案組進行調查。
不過陳其美很快發表通電，表態不認可調查組的態度，由嫌疑人派出調查組調查嫌疑人，怎能找到真的兇手。
雙方來往幾次嘴仗，搞得袁世凱精疲力盡，當然更讓他氣憤的是，此時偏偏唐紹儀遞出正式辭呈，決定不再擔任內閣總理了。
袁世凱大驚失色，連忙找到唐紹儀，握著他的手激動地說：“少川，如今你也要棄我而去不成？”
唐紹儀搖頭嘆道：“本來就是宋教仁來做內閣總理，我又何苦繼續尸位素餐？罷了，我這個內閣總理，不過是做個樣子罷了，倒不如回到廣東養養老的好。”
袁世凱明知唐紹儀辭職並不是因為宋教仁，而是因為他架空了內閣，卻不能這個時候放他離開，一旦唐紹儀走了，這一屆政府就更亂了。但是唐紹儀已經厭煩了袁世凱的虛情假意，他做內閣總理的時候，處處受到袁世凱的鉗制，彷彿他做的不是內閣總理，而是囚牢中的犯人一般。這等憋氣窩火的內閣總理，不做也罷，反倒不如回到廣東老家做個縣官為地方上做出貢獻。
唐紹儀著實是被袁世凱寒了心，無論袁世凱如何奉勸，唐紹儀堅持不為所動，一定要辭職。次日，唐紹儀在國會上正式宣佈辭去內閣總理，並宣佈解散內閣。內閣解散就意味著內閣十二部部長與次長全部同時失業了，而接下來將要面臨著重新組閣的問題，那麼由誰來擔任新的內閣部長，內閣勢力範圍將如何劃分，則成為了擺在眾人面前的一個問題。
原本要離開京師的王永安不得不被重新組個一事耽誤下來，並立即召集所有江北系官員商討內閣十二部的劃分問題，大家認為一定要先保住自己的勢力範圍，然後圖謀其他，尤其是可以趁機吞併民黨的勢力，如將教育部和文體部拿到手中，雖然這樣看起來江北所佔不過是虛職，但是步步蠶食，未來必定可以反過來控制內閣。
王永安拍板決定，確保工商、交通、司法、衛生四部，全力爭取教育、文體兩部，江北系再一次傾巢出動了。