陸揚的《尚書古文疏證》問世後，一下子將“五經”中的《尚書》打倒了一半，只剩下了《今文尚書》，而《古文尚書》全部被廢，自然引起了軒然大波。特別是，《古文尚書》可不是普普通通的文獻，其中有十六個字“人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允執厥中”，被朱子定為“十六字心傳”，乃往聖絕學，乃儒門的無上心法，乃堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、孟相傳不息的無上玄言。現在，竟然被全部推翻了，陸揚的《尚書古文疏證》告訴大家，這些話，根本不是列位聖人說的，而是魏晉時期的那些玄學家胡謅的。
剛開始，聽到這樣的論斷，士大夫們無不是恨得牙癢癢的，紛紛準備著書立說，將陸揚的“邪說”一一駁斥。不過，駁斥的前提，是你得看看人家的東西吧，於是，書肆裡的《尚書古文疏證》被搶購一空，一時之間，洛陽紙貴，各種書販不斷地加印。令人沮喪的是，當那些立志守護“十六字心傳”的“衛道者”們，買到《尚書古文疏證》，逐字逐句地看完後，他們發現，陸揚說的都是對的，原來《古文尚書》以及《古文尚書》裡的那“十六字心傳”，都是假的。不少接受不了的，還嚎啕大哭起來。畢竟，多少年的文字信仰，一下子坍塌了，還是有很多人接受不了的，更何況，這“十六字心傳”可是朱子定下來的，那豈不是說，朱子也錯了？！朱子，那可是孔孟以下，這世間的“第一等人”，乃曠古絕今的大儒，他怎麼會錯，他怎麼能錯呢？！
陸揚對朱熹，雖然很仰慕，但他畢竟是一個現代靈魂，是一個哲學博士，曾經領略過各種哲學理念，如古希臘的蘇格拉底、柏拉圖、亞里士多德，還有古羅馬的西塞羅、奧勒留，還有中世紀的聖奧古斯丁、聖託馬斯阿奎那，還有文藝復興、啟蒙運動的馬基雅維利、霍布斯、洛克、盧梭、康德、黑格爾，乃至於現代（甚至是後現代主義）的維特根斯坦、海德格爾、哈耶克、哈貝馬斯、德里達等等，對於朱熹，他自然很難再有那種絕對的、不加質疑的崇拜。
不過，陸揚雖然不迷信朱熹，但他能夠理解朱熹在這個時代的地位，他必須要照顧別人的感情。所以，他又丟擲了以前忽悠李教諭的那一套說辭，安慰天下士子，在國子監裡，陸揚應邀，發表了一場關於《尚書古文疏證》的講學，其實也就是後世的學術報告，在報告的最後面，陸揚強調“朱子想來也未必不曾懷疑古文《尚書》，只是人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允執厥中這兩句話，說得實在太妙，深契儒學精要，朱子才將它稱作是十六字心傳，以簡明扼要的方式，弘揚儒家學統罷了”。而且，陸揚對朱熹的學說並不陌生，他上輩子便讀過錢穆的《朱子學提綱》、余英時的《朱熹的歷史世界》、陳來的《朱子哲學研究》等名家名作，為朱子辯解一二，並非難事。
果然，聽到了陸揚補充的說辭，天下學子們紛紛松了一口氣，感慨道：還好，還好，《古文尚書》與“十六字心傳”錯了不要緊，至少朱子是沒錯的。士子們對陸揚突然感激涕零起來，因為朱子，對他們來說，是一種信仰，他們感激陸揚保留了他們的信仰，沒有出現精神上的、價值意義上的崩潰、坍塌。現時現刻，他們都被《尚書古文疏證》搞得精神很是脆弱了。
看到士子們接受了自己的說辭，陸揚也是松了口氣，然後他又繼續說道：“其實，《孟子》早就有云：盡信書，則不如無書，可見不能絕對迷信文獻”，看看眾士子，有了《孟子》的話作為鋪墊，陸揚又繼續道：“《中庸》曰：君子尊德性而道問學，可見，在儒家之道中，本來便有尊德性與道問學兩個方面，猶如馬車必有兩輪方能行走一樣，兩者不可偏廢，而且，朱子恰恰是兩者兼備的聖人，往日鵝湖之會，陸象山一味地強調尊德性而漠視道問學，所以他不能理解朱子，反而汙衊朱子學不見道，枉費精神，這是何等的偏廢！”
“正是！”眾士子對鵝湖之會這樁學術公案自然不陌生，他們不由得隨著陸揚的思路走了，從而對於陸象山偏於“尊德性”，而忘記“道問學”極感憤慨。
“尊德性，德也；道問學，學也”，陸揚繼續道，“吾輩非生而知之者，豈能不學而知，整日默坐，不學而思，那是禪宗心法，不是吾輩儒門心法！”
“受教了”，眾人肅然道。自從陽明心學在泰州學派的激進推動下，“心學”幾近乎禪宗，強調整日默坐，以求頓悟。聽了陸揚的話，在這樣一個特殊的語境下，眾人皆是突然有如醍醐灌頂，覺今是而昨非，對往日的偏廢，有了深深的反思。是啊，“心學”不就如陸象山一樣，只知道“尊德性”，而不知道“道問學”嘛，而且，“心學”本來便是陸象山開創的，是與朱子爭鋒相對的思想。由此可見，唯有兼重“尊德性”與“道問學”的朱子，才是儒門正道。
得到了士子們的肯定，陸揚將“道問學”的方法，講得越來越深，眾人聽得如痴如醉，此時，講學的目標，已經遠遠超出了《尚書古文疏證》原始範疇，最後，陸揚提出了那個振聾發聵的思想、學術口號“經學即理學”。正式提出了“尊德性”與“道問學”兼重、“內聖”與“外王”並駕、“宋學”與“漢學”齊驅的理念。引起了士林轟動，一時間，陸揚之名，名滿天下。
不過，讚譽之聲有之，反對之聲，亦在所多有，“尊德性”與“道問學”、“內聖”與“外王”、“宋學”與“漢學”如何兼容幷蓄，這可不是一個容易的事兒，反對者嗤之以鼻，宣稱陸揚不過是口號上喊喊，他們才不相信陸揚能做到呢。
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陸揚提出“經學即理學”，其目的，不是簡單的一個學術命題，他要建立的，是一種漢代“通經致用”、“經世濟用”的精神理念，另外，他還希望藉助考據學這種“樸學”，建立實證主義的科學方法論基礎，為自然科學、技術的引進，奠定思想、學術的文化基礎。這是一個很宏偉的目標。自然不能停留在口號上，而是要拿出具有示範意義的作品，來說服天下讀書人。
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接下來，幾個月，陸揚在翰林院，在同科榜眼劉若宰的幫助下，開始了大規模的文獻整理，至於那位探花何瑞徵，則對陸揚持冷眼旁觀、等著看笑話的態度，沒有參與。回到府中，顧炎武不是也陪著來了京師嘛，有顧大師在，雖然顧大師現在還是一個翩翩少年，但架不住他天賦異稟，一點便透，也幫陸揚做了很多學術上的工作。最終，陸揚先後寫出了不少重要的作品。
當然，這些作品，其實也都是在後世作品的基礎上，“寫”出來，或者說是“還原”出來的，如陸揚在戴震原書的基礎上，寫出了《孟子字義疏證》，作為以考據學方法闡明經學義理的典範作品。此書出後，陸揚又以錢穆的《論語新解》為核心主軸，輔之以程樹德《論語集釋》中的各家註釋，兼採後世名家學者的各種註疏，如楊伯峻、孫欽善、李澤厚等等，又“寫”出了一本《論語疏證》，成為了在朱子的《四書章句集註》以後，集註《論語》的又一部集大成之作。
然後，在禮部尚書徐光啟的批准、支援下，陸揚又招募了一些學術助手，來到翰林院輔助陸揚，例如先前東林黨人黃尊素的兒子黃宗羲，在陸揚的“指導”下，其實也就是他提前告訴黃宗羲若干年後黃宗羲自個兒的想法，於是，黃宗羲提前完成了《明儒學案》的編撰，全書首冠《師說》一卷，列方孝孺等二十五人，次以有所授受者分為各學案，以特起者、後之學者、不太著名者總列為《諸儒學案》，最後為《附案》。而《明儒學案》各卷的卷首“按語”則幾乎全部出於陸揚筆下。
特別是，陸揚還親筆撰寫了《明儒學案》中的“王陽明傳”，陸揚在其中寫道：“王守仁，字伯安，學者稱為陽明先生……先生之學，始氾濫於詞章，繼而遍讀考亭之書，循序格物，顧物理、吾心終製為二，無所得入，於是出入佛老者久之。及至居夷處困，動心忍性，因念聖人處此，更有何道？忽悟格物致知之旨，聖人之道，吾性自足，不假外求。其學凡三變而始得其門。自此以後，盡去枝葉，一意本原，以默坐澄心為學的……隆慶初，贈新建侯，諡文成。萬曆中詔從祀孔廟，稱先儒王子”。