突如其來的爆炸起因於坩堝中未能得到及時攪拌的沸騰藥劑。所有人注意力都集中在亞瑟與艾薩克的談話內容上，變故就這樣發生了。
教堂的牆壁被轟出個大窟窿，圖書館塌了一半。幸得亞瑟身手敏捷，安妮才沒有被落下的磚石砸到。三個孩子都受驚不小。
實驗室是徹底毀了。艾薩克像丟了魂兒，茫然地坐在廢墟瓦礫之間，過了很久，他和安妮才被聞訊趕來的藥劑師克拉克領走。
威廉則又一次見證了家庭矛盾的大爆發。老爸跟叔叔吵得不可開交，托馬斯老爺甚至威脅說不準亞瑟再回到家族在格蘭瑟姆的莊園。冷靜下來之後兩兄弟跟上次一樣進入房間密談——這回威廉由管家看住不準偷聽——卻再度不歡而散。
威廉滿腹疑惑，但這些疑惑沒能得到解答。因為亞瑟當夜就乘馬車離開了格蘭瑟姆，甚至沒有與他道別。
後來他才從擠奶工老約翰那裡聽說，亞瑟臨走專程見了一個人。
坩堝佬艾薩克。
或者是好奇心驅使，又或者嫉妒心作祟，威廉鬼使神差地溜出家門（亞瑟走後托馬斯老爺已經對此睜只眼閉只眼），打算找艾薩克問個清楚。
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他原本要往教堂圖書館的方向去，但忽地想起秘密實驗室已經在爆炸中摧毀；於是又溜達到高街克拉克藥劑師的店鋪，卻被告知艾薩克天不亮就出門去了，至今未歸。
前所未有的挫敗感差點把威廉打垮。好在他很快重振旗鼓，敲定了一個大膽的行動計劃：從隔壁樓的屋簷翻到二樓，再開啟窗戶進到艾薩克寄居的小閣樓。
一切進行得很順利，沒人發現他的蹤跡。藥劑師和他的妹妹依然在為樓下的鋪子操勞繁忙，無暇上樓巡視。
即便是在白天，閣樓裡的光線也顯得過於昏暗。威廉躡手躡腳摸到油燈將它點亮，伴隨火焰升騰，溫暖的光籠罩了小小一個角落。
威廉低低地驚呼一聲。這時候他才意識到自己正身處艾薩克一手打造的奇妙世界中——牆上掛著依靠發條和重力執行的擺鐘；擺錘帶起空氣流動，形成的微風吹動一架紙風車；風輪與鏈條連結運轉，拉動微縮汲水裝置將蒸餾器中的液體抽出、注入至密閉的玻璃梨形罐開始化學反應；承託梨形罐的天平因重量變化而倒向一側，拉動活塞放出流水，將銅管內的小球沖走……這是一套維持著自運轉的微型系統，在有限的小天地內依照艾薩克給它們設定的規則循環往復。
威廉舉著油燈在忙碌運轉的閣樓生態裡漫步，不住發出驚歎的聲音。
縈繞在艾薩克身上的猜疑和謎團由此一點點淡去，他慢慢理解到另一個男孩內心孤獨傲岸的世界。在沒有親人、沒有朋友的陌生地方，大概只有這些不會言語卻又服從指揮的小玩意能帶給他慰藉。
威廉真心實意為自己的惡作劇感到愧疚，對艾薩克的欽佩也在同一時間悄悄滋生。如果有機會，他真想挨個問清楚眼前這些神奇精巧的小東西到底要怎樣才能僅靠一雙巧手製作出來！
他小心翼翼地繞行，避開閣樓地板上鋪滿散落的手稿。紙上寫滿複雜的計算公式、叫人眼花繚亂的天體執行軌跡，以及眾多難以讀懂的拉丁文名詞。
在紙堆當中，威廉發現了許多統一署名為“無形學院”的信件。它們的筆跡大相徑庭，顯然出自不同人之手。每封信均以“願玫瑰在你的十字上綻放”開頭，內容中反覆提及“翡翠石板”、“大煉造”這樣的詞彙，似乎是一群人正在為某項實驗工作進行激烈的研討。
難以想象，平素沉默寡言的艾薩克竟然與這麼多人保持著密切的通訊往來。或許在他的精神世界裡，探求知識和宇宙真理所帶來的吸引力要遠遠大於跟無知愚昧的同齡孩子玩耍。
就好像遠飛的雄鷹不會在意枝頭燕雀的嘈雜聒噪、深潛萬里的長鯨不會耽於水底魚蝦的繚亂紛擾，別人眼中的行事怪誕與離群索居，恰恰是因為他不屑於浪費精力辯駁和自證。
一封墨跡尚新的信箋靜靜躺在地面的手稿中間，威廉心底彷彿有只驚醒的小獸微微一跳。
他拾起這封信湊到油燈下細讀，認出了熟悉的字跡。
“日安吾友：
願玫瑰在你的十字上綻放。
在我看來，讓你收到這封信還為時尚早。你的確有令人驚訝的天分，但莽撞行事並不會帶來益處。我知道勸誡之言難以對你的想法產生改變。與其放任你孤身一人在黑暗的懸崖邊摸索，不如藉此信為邀請，將知識與真理之門向你敞開。
倘若今後有足夠的時間，我很願意與你談談你過去的經歷。我對你充滿了好奇，同時也心懷警惕。直到真正落筆寫這封信的一刻，我依然無法確定是否真的要將我們掩藏多年的脈絡完全展現在你眼前。
我必須提醒你，請確保自己再三思量後再做決定。在你收到本函的翌日，我的信使會準備一輛離開格蘭瑟姆的馬車。假使你抱定決心要尋找我們、融入一個神秘未知的群體，務必於日落前登上馬車。屆時你需要拋棄一切身份過往，重新塑造人生軌跡。
再次重申，請慎重選擇。從私心上講，我不希望看到你出現在我面前。
須知我們隱匿於眾生，終歸於無形。
自，
無形學院”
毫無疑問這是叔叔亞瑟·托馬斯的手跡。多年書信往來，威廉熟知他運筆書寫的習慣。習慣很難改變。
他在離去時對自己未著一言，卻對另一個素昧平生的人發出邀約，為之敞開那扇連威廉都無從知曉的大門，以及它背後的秘密。
失落與失望如同兩個不懷好意的寄生幽靈，它們從心底嫋嫋浮升、竊笑低語，嘲弄他一廂情願的熱忱可笑又可憐。
他突然有點能體會到艾薩克坐在實驗室廢墟裡無所適從的心境。
彷彿是被爬牆翻窗的系列冒險行為耗光了精力，威廉放下信紙長嘆一聲。他退到牆邊，背靠在櫃門上緩緩滑坐在地。
正在他垂頭喪氣的光景，身後隔著木板傳來指甲抓撓的窸窣輕響。
威廉訝異地回過頭。藉著搖曳的燈火，他透過櫃門縫隙看到一雙小鹿般瞪大的眼睛。