袁術自立之後，孫策和其斷絕關系，許昌朝廷下令孫策和呂布、陳瑀一同討伐袁術，孫策率軍前往匯合，卻發現陳瑀在暗中謀劃聯合嚴白虎等人趁機奪取自己的地盤，孫策於是大怒，轉而討伐陳瑀，消滅了嚴白虎，第一次聯合討伐袁術就這樣不了了之。
【聯合伐袁】
建安二年（197）袁術決心自立，孫策對此持反對態度，並且還讓張紘寫信勸諫袁術，可惜袁術根本不聽，於是孫策和其決裂。
脫離袁術之後，孫策開始謀求許昌朝廷的支援，從而獲得天子的認可。這年夏天朝廷派議郎王浦給孫策下令討伐袁術，孫策遂聽令。
據《江表傳》記載，王浦先是給孫策加官進職，書雲：“董卓逆亂，兇國害民。先將軍堅念在平討，雅意未遂，厥美著聞。策遵善道，求福不回。今以策為騎都尉，襲爵烏程侯，領會稽太守。”
接著才給孫策下達了討伐袁術的命令：“故左將軍袁術不顧朝恩，坐創凶逆，造合虛偽，欲因兵亂，詭詐百姓，〔始〕聞其言以為不然。定得使持節平東將軍領徐州牧溫侯布上術所造惑眾妖妄，知術鴟梟之性，遂其無道，修治王宮，署置公卿，郊天祀地，殘民害物，為禍深酷。布前後上策乃心本朝，欲還討術，為國效節，乞加顯異。夫縣賞俟功，惟勤是與，故便寵授，承襲前邑，重以大郡，榮耀兼至，是策輸力竭命之秋也。其亟與布及行吳郡太守安東將軍陳瑀戮力一心，同時赴討。”
當時孫策認為騎都尉一職太了，希望得到一個將軍的職位，於是派人向王浦微露其意。王浦當即以皇帝的名義宣佈孫策權代明漢將軍。
孫策為了和呂布、陳瑀一起商量如何對付袁術，遂領兵出發。
【敗陳滅嚴】
孫策一心為國，但有些人卻在暗中謀劃對其不利。
當時陳瑀駐紮在海西，他在得知孫策行動之後，不僅沒有配合孫策一同討伐袁術的意思，反而暗中謀劃奪取孫策的地盤。
陳瑀是陳登是叔叔，在很多資料上記載，他曾經被袁術任命為揚州刺史，後背叛袁術被其趕了出去，後來被朝廷任命為安東將軍兼任吳郡太守。也就是陳瑀在勢力範圍上和孫策有著根本的衝突，所以他會趁機謀取孫策的地盤也是理所當然的事情了。
《江表傳》記載，陳瑀派遣都尉萬演等人密謀過江，持印三十餘枚給丹楊、宣城、涇、陵陽、始安、黟、歙諸等諸縣的山賊，其中包括祖郎、焦已和吳郡烏程的嚴白虎等人，讓他們作為自己的內應，準備在孫策發兵之時，奪取孫策的地盤。而孫策到錢塘之後，發覺了這個事情，於是派呂範、徐逸攻打在海西的陳瑀，大破其軍，其麾下大將陳牧被梟首，俘獲其麾下官吏家屬四千餘人。
另據《山陽公載記》記載，陳瑀最終成功逃出，並且單騎去了冀州，歸附了袁紹，被袁紹任命為故安都尉。
而討伐袁術之事也因此最終不了了之。
但孫策並沒有因此停下進擊的腳步，他徹底掃蕩了吳郡，擊敗了嚴白虎，穩固了自己的後方。
嚴白虎佔山為王，早先吳景等人就準備討伐他，而孫策認為嚴白虎不足為慮遂先行討伐會稽，這時嚴白虎又和陳瑀勾結在一起，孫策已經不能忍了。
在《吳錄》中有關於孫策平定吳郡諸賊的詳細記載。
當時除了嚴白虎之外，吳郡還有烏程鄒他、錢銅及前合浦太守嘉興王晟，都各自聚集數千上萬人佔領一方，孫策派兵撲討，皆攻破之，除了王晟因為和孫策父親孫堅有舊，同時又得到了孫策母親吳氏的求情被孫策放過之外，其他人基本都被孫策滅族。
而後孫策親自討伐嚴白虎，嚴白虎當時是吳郡最大的賊寇，甚至還得到了原吳郡太守許貢的投靠，不是一個勢力。
當時孫策先派吳景出陣大敗嚴白虎，遂將嚴白虎包圍，嚴白虎看到情勢不利就派自己的弟弟嚴輿求和。
嚴輿和孫策會面時，孫策用利刃向坐席砍去，嚴輿看見後身體晃動了一下。孫策笑著對嚴輿：“我聽您可以坐著跳躍，身手矯捷，所以跟您開個玩笑罷了。”嚴輿回答道：“我一見到兵刃，就會變得這樣。”孫策聽了他這句話，知道他其實很無能，於是立刻用手戟擊殺了嚴輿。嚴白虎等人聽以勇力聞名的嚴輿被孫策殺死，非常驚恐。
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嚴白虎抵抗不住，和許貢一起往餘杭抗奔許昭。程普請求孫策發動攻擊，孫策“許昭有義於舊君（指盛憲），有誠於故友（指嚴白虎），此丈夫之志也”，於是放棄攻擊。
嚴白虎此後再無記載，就此退出了歷史舞臺。
【外和朝廷】
孫策獨立於袁術之後，其外部環境並不好，江東的諸侯都將其視為敵人，北方是已經將自己恨的牙癢癢的舊主袁術，西邊是和自己有殺父之仇的劉表，周邊的勢力也均將自己視作危險，所以這個孫策急需一個強力的外援。
而這個外援理所當然最好就是曹操，哦不，是天子，是佔據大義的許昌朝廷。
所以孫策在獨立之後一直在向朝廷示好，甚至聽從朝廷的命令討伐袁術，據《江表傳》記載，建安三年（198）孫策再次派出使者向朝廷進貢，禮物是建安元年的一倍，也就在這一年，朝廷升孫策為討逆將軍，改封其為吳侯。
一年後，孫策還派出張紘到許昌結交朝中大臣，宣傳孫策在江東的功績，以表達對漢室的忠心。
當然了曹操會給孫策一字侯不僅僅是因為孫策的善意，後來劉璋也倒貼曹操，也沒見曹操對劉璋有這麼好，主要是曹操當時也需要孫策的支援。當時曹操雖然掌控天子，但外部環境也很差的，就以南方為例，朝廷當時根本無法觸及，袁術和劉表也都和曹操關係極差，所以曹操也需要南方有個強力的棋子。在這種情況下，曹操和孫策自然而然形成了牢固的盟友關係，他們雖然沒有明確結盟，但至少在這段時間內已經相互守望。