扶桑的“都察院”是以大目付為首的各種目付組成，其中大目付直屬老中，目付直屬若年寄，大目付負責對皇室的小朝廷、諸侯、高家和大身旗本進行監督和舉報，下一級的目付負責監督普通旗本和各級御家人，屬下專治巡視和刺探的是巡見使、隱者等。
中華三院六部的六部是吏、兵、禮、戶、刑、工，幕府對應的機構如下：
吏部這麼高上大的東西不適合扶桑，幕府用人全靠提名，做到了內舉不避親，役職候選人靠內外共舉，夠資格的都可以提名，高層役職和重要職位拍板靠將軍和老中，中下級職位靠上層拍腦袋。
至於外舉不避仇，反正肉爛在鍋裡，大家相愛相殺兩百多年，誰還沒有兩個死對頭。
扶桑的兵部比較復雜，因為分封制，幕府有自己的部隊，諸侯有自己的部隊，幕府的旗本也有自己的私人部隊，只有御家人哭暈在廁所。
幕府的直屬部隊分為大番頭組、新番頭組、御小姓組、御書院組、留守居組和各地代官的直屬部隊，以上都是常備軍，上下都是幕府的旗本和御家人。
幕府大番共十二組，駐紮在江戶，受老中和若年寄直接指揮，每組包含番頭一名、組頭四名、番士五十名、與力十名、同心二十名，加上足輕每組總兵力約四百，十二組大番總兵力約五千人——直秀街坊鄰居的祖上都是大番組成員。
新番頭組是將軍的出行護衛；御小姓組顧名思義是將軍的親兵“小姓”——小慄忠順赫然在列；御書院組負責守護將軍人身安全，類似中華的大內高手；留守居組負責江戶城的警備，類似中華的皇城警衛。
各地的御領，也有部隊。
除了常備軍，後備軍是全體幕府武士，既然被稱作武士，那如果幕府有事，所有的旗本和御家人都有責任上陣。
因為沒有科舉，而且皇室的小朝廷也舉行祭祀活動，因此幕府的禮部就萎縮成高家、奏者番、詰眾和官學。高家是一種特殊的旗本等級，多是失地的有名大名後代，奏者番和詰眾是大名，一般作詰眾的大名其領地石高相對較低。
幕府官學是昌平簧，也稱昌平板學問所，除江戶本校外，還在御領各地設有分校，如長崎的明倫堂、甲府的徵典館、駿府的明新館、佐渡的修教館、日光的學問所等，本校、分校都以儒學教育為主，由本校派遣教師授課，五代將軍綱吉命林羅山的三代孫林鳳岡為昌平簧的大學頭，之後由林家世襲主持這所學校。
有趣的是，幕府官學昌平簧不但對各大名的藩學所沒有直接管轄權，對御領內的民間學校寺子屋和私塾也沒有直接管轄權。
另外，扶桑的“禮部”還包括天文方、書物奉行所及天文方下屬的蕃書和解御用所。未來幕府開國後，又成了洋學所、開成所、語學所等學術機構。
扶桑的“戶部”由勘定奉行和勘定吟味役為首的武士組成，人選一般從大身旗本中選拔。勘定奉行定員四人，兩人為勝手方
【新章節更新遲緩的問題，在能換源的app上終於有了解決之道，這裏下載 huanyuanapp.org 換源App, 同時查看本書在多個站點的最新章節。】
，兩人為公事方，勝手方負責管轄財政與幕府直轄領地，統領御領的郡代、地方代官和藏奉行。
其中比較有趣的是公事方，公事方專門負責訴訟事務，這和御領的奉行所除了民政也管訴訟有關。
勘定吟味役定員四至六人，同樣分勝手方和公事方，官員也是旗本出身，職責和勘定奉行一樣，可以看作是勘定奉行的助手，但主要負責審計工作，歸老中、若年寄直屬。
有趣的是，扶桑因為分封制，導致民間戶籍管理混亂，詳盡的戶籍管理反而要依靠寺廟，形成了“寺請制度”，也叫做“檀家寺請”，生老病死、婚喪嫁娶、旅行、搬遷都要寺廟開證明文書。至於其中是否有藉助佛教來抑制起源於皇室的神教之意，這個就屬於仁者見仁智者見智的事了。
扶桑的宗教勢力強大，幕府對此專門設立了寺社奉行，管理御領的寺社，下屬手留役、寺社役和檢使，並且在御領各地的奉行所也設定了寺社奉行。
寺社奉行和勘定奉行、江戶町奉行合稱三奉行，在老中、若年寄屬下的文官中居首， 其中寺社奉行從任過奏者番的譜代大名中選拔。
類似工部的幕府機構是由下三奉行領導的，下三奉行是作事奉行、普請奉行和小普請奉行，下面各有手下，作事奉行負責營造修繕等事務，普請奉行負責城池修築與河道疏浚，小普請奉行負責將軍家廟的寬永寺、增上寺修繕相關事務。
進行重大工程時，幕府通常下令由諸侯助工役，稱之為“手伝普請”，這和幕府有事要求的出兵相助及參覲交代構成了諸侯對幕府的三大義務。
幕府是沒有所謂的“刑部”的，民間的民事訴訟和刑事訴訟都由各地的奉行所直接審理，一般不接受上訴，重大案件交由評定所審理。
評定所負責幕府所屬的旗本、御家人的訴訟，以及不同身份階層之間的訴訟，例如江戶町民、僧侶、武士之間的訴訟，是幕府的高階法務機構。
評定所直屬於將軍，一般主審官員由一名老中或若年寄，再加上一名寺社奉行、一名勘定奉行公事方、一名江戶町奉行組成。
至於大名和各藩之間的爭執和糾紛，就需要由幕府的老中評定會決策，再由將軍最後拍板。
幕府的中樞機關基本上就這些，譜代大名組成的老中評定會高高在上，而大身旗本擔任的各奉行和各番頭掌握實際權利，御三家、御三卿和德川親藩“御一門”負責撈好處和打小報告，監督老中評定會運轉的怎麼樣，聽到什麼訊息就跑到將軍和大奧哭訴，“這德川家吃棗藥丸啊”。
至於外樣大名，幕府役職屁也吃不到，只能老老實實地手伝普請、出兵相助和參覲交代，平時時刻準備著被幕府找茬。但作為屬下的福利就是出了事情可以向幕府求助，借糧、借錢和借兵，挨了鄰居的欺負也可以到江戶哭訴，幕府肯定管，至於結果不好說——伊達全殲友軍不是也屁事沒有。
也不是沒有例外，
一些外樣大名甚至外樣大名的手下也成了幕府高官，但結果都不怎麼美妙。
例如元祿二年（1689年），土佐新田藩的藩主山內豐明備受當時將軍德川綱吉的信任，被提拔為若年寄，之後綱吉要繼續提拔豐明為老中，豐明扛不住幕府內外的壓力而堅決推辭，綱吉大怒，土佐新田藩就此廢藩。
江戶作為將軍駐蹕之地，江戶南北町奉行的權利很大、地位很高，類比宋朝的開封府尹，從大身旗本中挑選，由老中評定會管轄。
至於幕府的地方官，有遠國奉行、國代、郡奉行、地方代官等等，除了京都所司代、伏見奉行、大坂城代、大坂定番、大坂加番等是由譜代大名或御一門擔任外，其它重要役職都是由旗本擔任。
德川幕府早期的時候，一些國代也由譜代大名擔任，但後來比例漸漸降低，旗本成了國代的主要人選來源。
幕府早期一直想方設法削減外樣大名的領地，結果除了基本盤——關東平原、濃尾平原、近畿平原和東海道一帶外，零零碎碎又在扶桑各地搞了不少小塊地盤，江戶中期幕府的郡代與領代加起來有四十七國一千二百多個。
幕府由旗本擔任的各種代官裡，就屬國代和遠國奉行最為尊貴。 旗本擔任過遠國奉行後，再往上就是勘定奉行和江戶町奉行，所以小慄家屬於一等一的旗本家族。
德川幕府早期和中期，皇室的小朝廷和外樣大名被壓的透不過起來，當時幕府內部的明爭暗鬥僅僅是發生在將軍側近的內朝、以老中為首的外朝之間和各自內部之間，因為扶桑沒有宦官，譜代大名和大身旗本經常在內朝和外朝之間來回轉換，所以也可以看成是譜代大名和大身旗本組成的各個派系之間的內鬥。
德川親藩“御一門”有時還能撈個好役職，御三家、御三卿就只能幹看著，只有在將軍絕嗣的時候才能爆發一把，從分家家主過繼成將軍，然後一大堆原來的家臣雞犬升天。
江戶城的大奧，作為將軍的老媽和老婆們，有時候也起到不可思議的作用，枕頭風很厲害，或者因為作為與忠並列的孝，老媽的話不聽不行，就起碼裝裝樣子，因此很多譜代大名和旗本也走大奧的路子上進，普遍認為能不得罪堅決不得罪大奧。
尤其是在將軍絕嗣的時候，大奧往往爆發出令人側目的力量，一句“選出來的西丸樣怎麼也要我看好吧”，將軍都要絕嗣了，作為老婆、老媽的話，在此時說出格外引人同情，違背的話人情天理都說不過去，因此往往達成一票否決的效果。
幕末的時候，外部壓力造成幕府內部鬥爭更加激烈，譜代大名和大身旗本組成的各個派系各自尋找外援，有的尋求實力強大的外樣大名的支援，有的尋求皇室小朝廷的支援，同時大身旗本和中下級武士的矛盾也越來越大，江戶時代末期的幕政爭鬥就是個大漩渦，從譜代大名和大身旗本開始，把扶桑的上上下下都捲入進來，最後裡外一起把幕府這條大船鑿沉了。