這次規模空前的瘟疫，給人們心理投下了陰影，對民眾信仰與社會心理帶來變化。兩漢時代以經學政治倫理為主題的社會主題，迅速轉向了魏晉時代關注存在意義和生命真偽，進一步導致清談和玄學的興起。
另一方面，由於傷寒流行，一些方士便以符水方術為人治病，道教迅速傳播，貴族信奉佛教逐步成為潮流。公元183年，張角、張梁、張寶三兄弟趁大疫流行，以妖術教授，立太平道，咒符水以為人療病，民眾神信之。十餘年間，徒眾數十萬。隨後，他們發起著名的黃巾起義。
持續多年的大瘟疫，還對三國格局產生影響。建安十三年（公元208年），孫劉聯軍與曹操戰於長江赤壁一帶，擁有數十萬大軍的曹操，敗給只有五至六萬的孫劉聯軍。曹操兵敗赤壁，最終三分天下，其中一個原因就是曹軍發生大疫所致。
曹操兵敗北撤後感慨：自頃以來，軍數徵行，或遇疫氣，吏士死亡不歸；曹操給孫權書信曰上說：赤壁之役，值有疾病，孤燒船自退，橫使周確虛獲此名。指出大火是曹操自己放的，同時指出放火燒船原因在於瘟疫疾病無法預防救治。要不然河中的大火怎麼會燒到岸上軍營？
東晉的自然災害和戰爭頻發，正是瘟神橫行的溫床，石勒攻佔襄陽之後，也是因為部隊瘟疫發作，減員太厲害，最後不得不撤軍。所以劉丹對於部隊的飲用水，駐紮環境和對於蚊蟲的防疫提出了嚴格的要求。劉丹還為部隊準備了口罩、酒精、蚊帳、蚊香等一些醫藥用品，當然還有“清瘟解毒丸”。井水、河水、溪水等飲用水都要過濾、燒開消毒，糞便都要掩埋，有條件的話最好用石灰消毒。
防止瘟疫的最好辦法是預防為主，劉丹寫了一本小冊子《送瘟神》，把他知道的一些傳染病的種類，傳播途徑和預防隔離措施都寫出來，連同《傷寒雜病論》等一些醫藥書籍全部刊印發行，免費發放，要求兩州的所有基層幹部群眾都要組織學習。同時劉丹要求各鄉村和城市要大搞衛生運動，除四害，修建廁所，清理垃圾、溝渠和下水道。特別是地牢監獄等一些關犯人的地方，因為營養太差，衛生條件不好，終日曬不到太陽，容易滋生疾病，尤其要重視。
至於野生動物劉丹就無能為力了，現在很多人還是以打獵為生，特別是蝙蝠，當地人把蝙蝠稱為“石燕”，有一些到蝙蝠洞裡掏蝙蝠，拿到圩鎮上賣，一枚銅錢一個。你說蝙蝠傳染病毒，他才不鳥你——我家祖宗三代打獵，也沒出什麼事。
劉丹準備讓襄陽府衙派出工作組到農村檢查工作，一方面調查基層組織的運作情況，另一方面也是檢查當地的衛生狀況。現在最大的問題是醫生的缺乏，農村裡大都是用一些草藥偏方，遇到大病就沒有辦法了。
劉丹還讓人重新規劃了襄陽城和樊城的下水道。說到排水系統，就不得不提到江西贛州的福壽溝。贛州三面臨水，千年不澇的謎底，一直以來被認為是得益於宋代修建的排水系統——福壽溝。歷經近千年，全長12.6公里的福壽溝現在依然護佑著贛州的安寧。因此，當年親自設計並修建福壽溝的知州劉彝受到群眾的擁戴，他的銅像如今坐落在贛州城北的宋城公園。
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這座宋代留下的拱形下水道使用是桐油、黃泥、沙石（俗稱三合土）和青磚、麻條石等建築材料修建的，這些磚石在地下也會老化甚至
崩塌，但是只要維修人員換掉壞的那幾塊，一疏通就好了，這就是為什麼900年的福壽溝能夠沿用至今的原因。
顯微鏡的發明也把農業技術推廣到細胞的層次，劉丹把自己知道的中學生物課本知識發給農科所，讓他們研究囷種、雜交水稻、大白菜等一些品種。雜交水稻劉丹也不清楚是如何培育的，只是看網絡小說知道是透過和海南島的
野稗雜交培養出來的。能不能搞出來劉丹也不指望，全碰運氣。
法常和他的師兄們對於劉丹提出的《百丈清規》完全接受，準備在峴山建造大型的佛家寺院和佛學院，將襄國的一部分僧人轉移到襄陽來。修建寺廟的費用劉家和習*家等襄陽豪族分擔一部分，大部分還是法常他們自己承當，在後趙佛教是國教，他們手裡有的是錢。劉丹不可能把佛教立為國教，還是道釋儒三教分立比較好，而且要以儒教為主，因為儒家是經國濟世的，管理國家還得儒生。
佛道兩家的辯論經過很快編印成書，叫《襄陽辨偽錄》，劉丹弄了一篇序文：
“夫三聖人教列於中國。猶鼎足而峙以扶皇化。夫子之言仁義者。軌於不道之士也。老子之守謙退者。息於躁竟之徒也。釋氏之談性命者。欲令返本歸源也。仁義行則人人蹈於君子之徑矣。謙退行則人人杜於貪吝之求矣。性命明則人人達於妙道之源矣。不如是者何為達士君子乎？
為學有三要：所謂不知春秋，不能涉世；不精老莊，不能忘世；不參禪，不能出世。此三者，經世出世之學備矣。缺則一偏，缺二則隘，三者無一，而稱人者，則肖之而已。雖然，不可以不知要。要者，宗也。故曰：言有宗，事有君。言而無宗，則蔓衍無統；事而無君，則支離日紛；學而無要，則渙散寡成。是故學者，斷不可以不務要矣。
然是三者之要在一心。務心之要在參禪，參禪之要在忘世，忘世之要在適時，適時之要在達變，達變之要在見理，見理之要在定志，定志之要在安分，安分之要在寡慾，寡慾之要在自知，自知之要在重生，重生之要在務內，務內之要在專一，一得而天下之理得矣。稱理而涉世，則無不忘也，無不有也；不忘不有，則物無不忘，物無不有；物無不忘，物無不有，則無入而不自得矣。故曰：天地與我並生，萬物與我為一。會萬物而為己者，其惟聖人乎？噫，至矣盡矣！妙極於一心，而無遺事矣！是故學者，固不可以不知要。
天師道士專尚夸誕。以譎詭不經為奇異。以誑妄不真為妙門。棄二篇之醇濃。雜三張之穢術。害王風以顛狂為至德。不識道之淵源。而有五逆、六極之罪。禁經上價，是其一逆：安稱真道，是其二逆；合氣釋罪，是其三逆；挾道作亂，是其四逆：章書伐德，是其五逆。
畏鬼帶伏妖法之極第一：制民課輸、欺巧之極第二，解廚墓門不仁之極第三；度厄苦生虛妄之極第四，夢中作罪頑痴之極第五，輕作寒暑兇佞之極第六……”
這本書一出版，引起社會極大的震動，桓宣釋出政令，宣佈取締天師道，查抄天師道觀，準備已久的獨立師官兵奔赴各個道觀，開始抄沒道觀的財產。這時大家才發現，原來道觀內儲存著大量的糧食和錢財，有的甚至藏有兵器和女人，真不愧為“米賊”。劉丹也是喜出望外，沒想到發了一筆橫財，現在襄陽各地的基建工程大規模鋪開，糧食消耗非常大，特
別是王敦把荊州的倉庫都搬空了，荊州人民嗷嗷待哺，這些糧食搜刮出來正好可以填補這個大窟窿。
襄陽政府的措施引起了道士和教民的反抗，有一些是整個家族的人都起來造反，最後被獨立師血腥鎮壓下去了。作亂的道士和宗族全部貶為罪民，遷徙到礦山挖礦或者修路，家產全部沒收充公。
其中梁州的魏興郡和上庸郡天師教的教民最多，大宗族絕大多數是天師道世家，他們在天師道中往往佔據治頭、祭酒的領導崗位，除了田地的收成之外，教民還需要給他們繳納一份天師道的錢糧供奉，可以說是富得流油。實行襄陽新政，他們本身就心懷不滿，這次取締天師道，他們再也忍不住了，紛紛起來造反，殺害鄉村幹部，破壞鄉村組織。
劉丹也知道兩郡是天師道的重災區，派遣法明和特戰隊協助劉勇對天師道的清剿。天師道民剛起事被獨立師第一團迅速撲滅，少數頑固分子逃入深山妄圖負隅頑抗，最後被特戰隊一一殲滅。在此戰役中，第一團繳獲了大量的武器和糧食，還有軍用*弩*床和弩砲，看這架勢他們早就準備造反了。現在兩郡的社會體系全部崩潰了，劉丹乾脆在兩地搞起了打土豪分田地的運動，把那些家族的土地和財產全部分配給農民，把這些大家族連根拔起，同時也平息了下層教民的怨氣。參與叛亂的各大家族500餘戶全部遷出兩郡，分散到南陽和襄陽各地農場和墾殖場，為首者全部到礦山勞動改造，因為人數太多，劉丹還專門建了一個勞改農場。
天師道就像一顆毒瘤，劉丹禁止天師道的行為，把這顆毒瘤挑破了，讓這些壞死的膿血擠了出去。只是讓劉丹沒想到的是自己的行為完全激怒了成漢國的天師道徒，他們紛紛起來要求成漢的皇帝李雄出兵進攻襄陽，除魔衛道，把劉家全部剿滅。
劉家宣佈取締天師道也引起了建康一些天師道世家的不滿，如琅琊王氏、孫氏，陳郡謝氏、殷氏，高平郗氏，會稽孔氏等等一些世家大臣紛紛向朝廷上表，要求免除劉巖的梁州和荊州的梁州刺史，同時勒令襄陽太守桓宣取消禁止天師道的政令。鑑於事情的起因是佛道之爭，請求朝廷禁止佛教的傳播，燒燬佛經，取締寺院，勒令僧人還俗。
天師道徒對江南佛教的反撲讓一些佛教信徒不滿，也紛紛上書要求維護佛教的道統，他們拿出來的證據就是《襄陽辨偽錄》和《百丈清規》，如果按照《百丈清規》來管理寺院和僧人，對於整個社會根本不會產生危害，還有利於社會的安定，畢竟相信因果，敬畏報應能讓百姓不敢造惡。
於是乎江東也興起了佛道之爭。
明帝司馬紹沒想到劉巖沒一刻消停，又折騰出這麼大的一件事情。襄陽快訊刊登了佛道論辯的經過，同時列舉天師道的十幾宗大罪，其中挾道作亂，制民課輸是說到點子上了，這天師道對於朝廷來說就是一顆毒瘤。黃巾軍張角就是以天道的名義造反，“不以民賤之輕，欲圖帝貴之重；作雲響於幽竇，發妄想於空玄。破國壞民。豈非凶逆？”
在梁州和荊州查出天師道觀藏匿糧食，兵器，不是意圖造反是什麼？只是天師道根深蒂固，哪有這麼容易清除？明帝也為劉巖敢於直接對天師道動刀子讚歎不已，自己不是不想，而是不能啊！劉家有一支自己訓練的絕對忠誠的新軍，而自己呢？
看來沒有一支忠於自己的軍隊還是不行啊！