在這種危機時刻，天皇芳朗不得不放棄先前制定的一號作戰計劃，轉而決定進行極度瘋狂的二號作戰計劃。而二號作戰計劃的核心就是將聯軍死死的吸引在東京地區天皇宮0公里範圍以內的核心區域，利用那顆即將完成的原子彈強大破壞力，將入侵的聯軍主力全部化為灰燼。
同時為了防止殘存的聯軍從海上逃跑，當炸彈啟動後，隱藏在水下的潛艇部隊將藉此混亂之機，對港口內停靠的聯軍登陸艇和運輸艦進行自殺式攻擊。就算不能將這些船隻全部擊沉，只要能耽誤一下時間，那麼資料中提到的所謂核輻射也足夠讓那些沒有任何防護的聯軍士兵都去見上帝了。
只不過人算不如天算，原本計劃周密的行動卻因為李峰在資料中預先隱藏的病毒而功虧一簣。為了吸引三國聯軍皇宮被摧毀後天皇芳朗親自駕駛著一臺紅色鬼王機甲加入了戰鬥，憑藉著特製機甲的強悍效能幹掉不少聯軍士兵，甚至還用其特有雙聯裝防空飛彈擊落了兩架盟軍的維和轟炸機.......。不過如此招風的目標，自然是遭到了聯軍的重關照物件了。
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但是也正因為如此，使得核爆東京的計劃被提前啟動了。只不過意外的是，襲擊港口的迷你潛艇部隊並沒有完成它們的任務。港口中意外出現的華國反潛驅逐艦讓這次奇襲前功盡棄。雖然在對方自殺式的衝擊下，擊沉了幾艘運輸艦和十幾艘登陸艇。但這些對於港口內停靠的龐大運輸船隊比起來，完全是是九牛一毛的損失。對於阻止聯軍的撤退毫無任何意義可言。
而此刻在損失了將近一百多萬臺爆裂機器人後{這東西早就上黑名單了,根本就是強偵啊！}，天皇芳朗終於得到了港口的戰況，只不過讓其揪心的是港口內的聯軍的損失連計劃中要求的百分之十還沒有達到。
在這種情況下，天皇同學為了儘可能的挽留三國聯軍，只好命令在包圍圈外的旭日帝國部隊停止對皇宮方向的反攻。全部掉轉方向進攻港口，如有機會一定要儘可能的摧毀港內一切運輸艦艇。即使無法攻破也要給我在中間死守半個時，絕對不能讓城裡的聯軍與港口內的敵人會合。
結果外圍的一百多萬旭日帝國大軍，在接到命令之後就不顧傷亡的衝向了華國所守衛的港口。這些部隊先是被外圍部署的各種地雷炸彈蹦的死去活來，隨後又遭到了港口內的大量遠端武器一陣密集的轟炸。還沒靠近第一道防線，進攻部隊就損失了將近三分之一。
隨後的陣地攻堅戰更是被部署在上面密集的防禦武器打的慘兮兮的，在40萬克隆人守軍與聯軍留守部隊的緊密配合下，一度將旭日帝國進攻部隊打的全線崩盤。不過問題是這一百多萬旭日帝國部隊中絕大多數都是仿生人，怎麼可能如此輕易的就被打敗呢！很快對方就憑藉兵力上的優勢再次殺了回來，而天皇芳朗同學為了儘快拿下港口拉更多的聯軍做墊背的，自然是將所有掩藏的力量全部派了過來。
天空中突然出現的三臺超級要塞讓港口的守軍措手不及，在加上跟隨而來的大量火箭天使，第一道防線幾乎沒費什麼勁就被徹底毀滅了。不過當這些要塞遭遇了航母上緊急起飛的一個聯隊神罰戰機時，情況就發生了根本性的逆轉。保衛要塞的火箭天使無法對空中單位使用它們賴皮一般的癱瘓束縛鞭。而其火箭發射巢發射的光子火箭對於擁有變態防禦的神罰戰鬥機來很難構成實質性威脅。結果一邊倒的大屠殺再次上演，大量的火箭天使就這樣毫無懸念的被戰機上的55毫米機關炮打的血肉橫飛四分五裂，一朵朵血霧彷彿鮮花一般不斷在天空綻放，場面極其血腥殘忍。
三座超級要塞為了避免被摧毀，不得不改變模式回到了海中。而水上模式的超級要塞反倒是發揮了奇效。幾架神罰戰機在毫無準備的情況下被要塞上突然發射的大量v脈衝導彈炸成了渣渣{有目標引導器，能夠跟蹤到死的導彈傷不起啊！}。而要塞上裝備的四門四聯裝白田50mm能量艦炮使用那極其變態高能離子燃燒彈{彈著溫度達6000攝氏度，可以擊穿任何裝甲，變態的攻擊力有沒有}對陸上的防禦部隊進行瘋狂的收割。
趕過來的聯軍艦隊也被這些能夠自動跟蹤的導彈和極度變態的能量艦炮虐的死去活來。在付出了一艘盟軍航母，三艘無畏巡洋艦，七艘各型驅逐艦{包括三艘突擊驅逐艦}，兩艘阿庫拉潛艇以及5架各型戰機{兩架世紀轟炸機，十九架維護者轟炸機，四架神罰戰機}的慘重代價下，才將這三座要塞炸成了一堆廢銅爛鐵。也正是此戰的勝利成為了港口保衛戰的轉折，使得雙方的攻守關係迅速轉換。在接下來的時間裡，依靠著聯軍艦隊強大的火力掩護，克隆人軍團在付出了極大的代價下，終於解決了這支敵軍力量。
而在旭日帝國主力部隊正在與港口的駐軍激烈交戰時，皇宮那頭的戰鬥已經有了結果。命運有些時候就是那麼巧合，為了帝國的天命甘當誘餌犧牲自我的天皇芳朗終於作死成功，被蘇軍的天啟坦克陰險的電磁拖叉碾壓成了碎片。而此時距離核爆的時間只有不到10分鐘了。
不過此刻的聯軍還矇在鼓裡，要不是天皇芳朗死亡啟用了隱藏的病毒程序，恐怕參加這次戰鬥的堡壘國防軍也會跟著蘇聯和盟軍一起遭殃。只用了不到五分鐘，旭日帝國的兩臺最強大的中央主機就已經被完全控制。緊接著關閉的傳輸裝置以及衛星也在一分鐘之內重新啟動。直到爆炸僅剩下不到4分鐘的時候，李峰才得到了旭日帝國核爆東京的坑爹計劃。只不過這時留給自己反應時間已經不多了。在從最初的驚訝彷徨中反應過來後，李峰下達的第一道命令就是撤退！使用一切手段離開爆炸核心地區。
當二號得知這一訊息後也是異常驚訝，不過由於時間太緊在加上死道友不死貧道的思想作祟，根本就沒有通知還矇在鼓裡的盟軍和蘇聯軍隊。而且對於自己的隊友也是區別對待，國防軍自然是用超時空傳送裝置直接傳回堡壘，而自己的直屬部隊克隆人軍團只能儘快穿上緊急傳送過來的三防服。而**的軍隊就有坑了，他們只是被告知部隊必須盡最大的可能向港口方向靠攏。不過四分鐘再快又能跑的了多遠呢！
由於炸彈的爆炸設定是單項的，所以一旦啟動就無法阻斷，即使控制了帝國的中樞中央電腦也無濟於事。不過炸彈的爆炸位置以及爆炸範圍已被探明，為此李峰決定進行最後一搏。使用旭日帝國僅剩的一座奈米蜂箱發射奈米蟲群屏障將爆炸隔離，可惜最後還是未能阻止聯軍大範圍的傷亡。雖然屏障減了爆炸的威力，阻止了衝擊波的蔓延，可是面對恐怖的核輻射與隨風飄散的的放射性塵埃，明顯李峰做得還是遠遠不夠的。
不過唯一幸運的是嚴密的海上封鎖導致了製造核彈的鈾礦石嚴重不足，而旭日帝國本土又沒有鈾礦可以開採。所以核彈的爆炸威力並不大只有10萬噸當量。而爆炸最終也只造成了5平方公里的城區遭到毀滅性破壞，而這範圍和整個東京000多平方公裡的面積比起來根本就不算什麼。
那些不知道核爆的友軍自不必了，除了一部分負責押送俘虜的聯軍乘坐直升機及時的趕在爆炸之前到達橫濱，其餘在爆炸核心附近的部隊大都葬身於此了。巨大的爆炸瞬產生的高溫一下子就將他們徹底蒸發乾淨了，一痛苦都沒有。反倒是那些處在爆炸核心外圍的部隊，雖然一部分僥倖活了下來。不過由於接觸輻射塵埃太久，已經沒有治療的意義了，他們反倒是在痛苦和折磨中走完了短暫的一生。
兩支聯軍的指揮官運氣比較好，由於自己身在後方指揮所以並沒有趕上這一驚天一爆，不過精神上卻暫時出了一問題。當最終傷亡統計出來後，結果讓人非常震驚！這次爆炸至少造成了15萬人的直接死亡，存活的人中大部分又受到輻射的損害，在今後的幾個月裡又有超過40多萬人付出了寶貴的生命。還好李峰資料裡傳給對方的只是第一代原子彈的資料，要是第二代氫彈的話那光是爆炸後產生的電磁脈衝就夠聯軍部隊受的了。
這場爆炸可以震驚了三國領導人，特別是蘇聯的查丹科總理更是被嚇得不輕。這傢伙可太知道畫面上傳回來的場景是什麼東西造成的了。作為現在僅存的歷史改寫者{一死一失蹤}，對於核子武器的招牌畫面蘑菇雲那是太清楚不過了。
而華國的軍隊在爆炸4分鐘前的意外移動，以及隨後派出解救聯軍的三防部隊更是讓這只老狐狸嗅到某種不一樣的味道。因為這次襲擊傷亡最的就是華國部隊{只有不到萬人，蘇聯8萬，盟軍5萬}。於是基於先入為主的觀念，在加上對於核彈恐懼。查丹科總理做出了一件十分錯誤的決定！
於此同時在朝鮮與華**隊作戰的旭日帝國皇太子達郎，在得知東京發生的一切後。強忍著內心悲痛與復仇的渴望，做出了極其明智的決定。那就是投降，徹底投降三國聯軍。不過他的決定並不能讓所有人理解，在沖繩島與美軍鏖戰的指揮官長間晉三就是其中之一。他並不贊同達郎的決定，不過沖繩島上的大勢已去，自己也只能坐著迷你潛艇偷偷的返回自己的封地，積聚力量為接下來的戰鬥坐著準備。而在庫頁島與蘇軍鏖戰的天西賢治，得知訊息後也偷偷的從前線返回了自己的大本營大阪，並開始整軍備戰，為接下裡可能發生的一切坐著準備。不過這兩人還不是最大的麻煩，一位前任火箭天使第一營的指揮官佐藤高良才是聯軍佔領軍今後最大的麻煩來源！
查丹科總理在旭日帝國皇太子達郎宣佈投降後，就十分迅速的同意了對方的請求。隨後的盟軍也為了儘快結束戰事{實際是傷亡過大，國內反戰呼聲太嚴峻}也乾脆同意了旭日帝國的請求，在這種情況下華國也只能隨波逐流的在停戰協議上籤了字。
只不過一波為平一波又起，剛解決了旭日帝國這個大麻煩！而我們不甘寂寞的查丹科總理又再次挑起是剛剛平息的戰火，發動了前所未有的逆襲！