南宋初年，趙構精簡機構，軍器監下轄的東西作坊併入御前軍器所，地方都作院也歸軍器所統轄，軍器監併入工部，但不久又復設，而御前軍器所雖然名義由工部和軍器監管轄，實際上卻由宦官提領。
軍器監和工部及戶部的權力紛爭很大，軍器監管理都作院之前，轉運使司統管地方財政，統籌地方資源進行各項建設，軍器監成立後兵器事務，都歸軍器監管理。
在行駛職能的過程中，軍器監只注重政績成效，卻忽略了財政上的負擔，軍器監發布命令，令地方修造兵器所造成的財政缺口，是軍器監和戶部矛盾的關鍵，因此他認為軍器監、都作院是戶部之害。
蘇轍提出將作監，都水監，軍器監都應隸屬戶部，由戶部決定其事之可否，費之多少，而工部決定其功之苦良和程作的遲速，如此方能使得工部無法辭其譴，而戶部也無從逃避責任，天下利出於一。
其核心內容是在中央把將作、都水、軍器三監交由工部、戶部共同監督，由戶部審定各項工程的預算，工部決定可行性，地方上原屬三監的事務由轉運使司負責。
宋初強幹弱枝，對地方財政嚴格控制，哲宗朝後國庫日益空虛，地方轉運使司所支配的錢財有限，加上都作院製造兵器的消耗，財政捉襟見肘，因而戶部和管理都作院的軍器監的矛盾不免激化，於是將財政消耗的原因歸罪於軍器監。
蘇轍的建議被朝廷採納，軍器監開始同時受到工部和戶部的監管，以後軍器監遇有修造之事必須申請戶部，同意後方可進行，軍器監主導兵器修造的地位逐漸被架空。
對於軍器監和各個機構，在監管兵器事務上的矛盾，宋人記載中有明確的體現。靖康年間，金兵南下，勢如破竹。
時“有炮五百餘座在郊外，不收入城，兵部則曰屬朝廷系樞密院合收，樞密院則曰自有所屬耳，軍器監，提舉官，內侍也方以罪去。京城所則曰，京城所掌守禦也，未守禦，何預於我哉。或謂駕部當理會，駕部則曰庫部何不收，終不能搬入城，既金人至城下，盡為攻城之用”。
金人兵臨汴京城下時，宋廷的各個機構依舊是相互掣肘，其事權不一，責任不明的弊端暴露無遺。
宋代重文抑武和政治變化對軍器監的影響也很大。
首先來看傳統儒家思想和重文輕武方針對軍器監的影響。
北宋立國，重文抑武，而文臣是靠科舉進入仕途的，深受儒家思想的影響。
儒學的發展和官僚政治的完善相輔相成，有宋一代，由於國家政策對文臣的明顯傾斜，文官的地位達到了歷史高峰。在這樣的方針之下，儒家思想對國家各項政策的制定和實踐產生了很大影響。
傳統儒家思想認為“國之大事，在祀與戎”，對於軍事國防是十分重視的，也會留意軍器修造事務。
宋代，儒家士大夫官僚對於軍事國防也是十分在意的，《武經總要》的編纂者曾公亮就是仁宗年間的進士，是真正的儒家士大夫，而熙寧變法的主導者，提倡強兵的王安石更是當世大儒。
可以認為，儒家思想對軍事國防和兵器修造，起到過有正面的作用，儒家官僚士大夫對於軍事技術的進步也是有所作為的。
但是這並不能說明把兵器事務放到十分重要的位置，儒家思想的核心理念是透過科舉考試，成為官員，為國家貢獻自己的力量。
宋代重視儒學和文化發展，文官待遇優厚，而科舉考試所必須的知識是儒家經學，在這樣的理念之下，士大夫即使是重視兵器事務，也僅僅是重政務而輕技藝。
儒家思想一方面對技術從根本上重視不足，另一方面從潛意識裡又拒絕變革。作為儒家禮法的核心，祖宗崇拜的原則和實踐，對於中國古代的政治、法律、社會等諸多方面，都產生了深遠的影響。
在宋朝，這種原則即所謂的祖宗之法，而嚴守祖宗之法在實踐中的表現之一就是“期於慎守”，對於改革採取一種保守的態度。面對變革，守舊派會搬出祖宗之法的論調，表示反對變革。
熙寧變法時期，宋廷重視並大力發展軍事技術，建立了以軍器監為核心的兵器生產管理模式，一定程度上改善了兵器生產狀況，軍器監在兵器研製和改良方面，也取得了一些成果。
而哲宗即位後，守舊派當政，新法各項措施絕大多數被廢除，軍器監雖然未被罷廢，但也被嚴格限制。
宋代統治者對於軍事政策是矛盾的，即認識到軍隊重要性的同時，又擔心其威脅自身統治而對其加以限制，透過提高文臣地位來抑制武將，形成全社會重文之風，這樣的矛盾政策，必然影響軍事技術政策的制定和發展。
北宋建國初年統一戰爭之際和熙寧變法時期，朝廷比較重視軍事技術，新兵器的研發和民間進獻兵器的記載屢見不鮮。
但是由於重文政策的影響，知識分子對科舉入仕趨之若鶩，將注意力都集中在科舉考試上，對於軍事技術，縱然不輕視，也不會重視，即使湧現出各類的新兵器，多數也未能投入大規模生產，在實戰中的價值也不高。
宋代兵器生產和管理機構多由文官負責，文官僅是重政務輕技藝，發展技術不是其所長。縱然有如曾公亮、沈括等能夠對軍事技術發展有所貢獻，也只是鳳毛麟角。
重文輕武理念之下，消極防禦的戰略意圖也影響了軍事技術，即偏向防禦，趨於保守。
北宋時期火藥兵器雖然出現，但在實戰中運用並不普遍，由於整體趨於防禦的戰略意圖，宋代的防御型兵器獲得了發展，典型的是以弓弩為代表的射遠類兵器，如床子弩，神臂弓等，偏向於防守。
儒家思想和重文輕武理念，對於宋代軍事，正面和負面均產生了影響，總體上講，弊大於利。
再有就是宋朝的政治變化對軍器監影響也很大。
軍器監成立之初，正值以“富國強兵”為目標的熙寧變法開展之時。統治階級對軍事技術政策也十分重視，軍器監成立後即由變法派重要人物呂惠卿任負責人，可見當時宋廷對軍事技術的重視。
在國家政策的鼓勵下，民眾進獻武器的熱情比較高，由於統治階級對軍事技術的重視，在兵器生產過程中嚴格監管，兵器質量與之前相比有了很大提高，對宋朝的軍事行動也做出了貢獻。
哲宗即位後，太皇太后高氏聽政，守舊派當政，數年之間將新法廢除殆盡，兵器生產的措施自然也不能倖免。
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元祐元年又下詔令太僕少卿高遵惠會同工部官員、軍器監內外作坊以及及諸州都作院監官，大幅削減兵器製造數量，之後對各個作坊也幾乎不再檢查監督，“並權住勿造，於是數年之間，督責少弛，不復以戎器為事矣”。
兵器生產在這個時期幾乎處於停滯狀態，軍器監雖然沒有被罷廢，但是其職權被嚴格限制。
哲宗親政後，開始恢復神宗時的政策，徽宗即位後，更將之達到巔峰。紹聖三年，有司言：“州郡兵備，全為虛文，恐緩急不足備禦，請稍推行熙寧之詔，從之”。
元符二年，“臣僚奏起造神臂弓，於是軍器監所造歲益千餘弓”，但是各級官吏為儘速升遷一味奉承，只求速成上級任務而不顧及實際效果。