面對天災造成的損失，“聯軍”上下自然是不甘心的----想想也是，已經到了江戶灣門口了，這個時候撤退，只能說是功虧一簣----然而，部分船長卻對江戶灣的地形表示了擔心，因為江戶灣實際是不長的口袋，進去容易，出來就難了。
若是“聯軍”是完好的狀態，自然是不懼什麼日本水軍封堵的，但現在可謂是傷兵滿員，非要以現在的狀態強行衝入江戶灣的話，極有可能會有一部分船隻遭到滅頂之災。
或許對於整個艦隊來說，只要迫使德川將軍答應開國要求，損失幾艘乃至十幾艘船也是值得的，但對於單條船來說，誰也不想接受自己倒在黎明前的結果，更何況，整個艦隊並非是整體，而是各國商人拼湊起來的，這些商人、船長自然是不希望犧牲自己，成全別人的。
因此，經過近似吵架的爭辯後，“聯軍”高層不得不做出終止這次進攻，各船返回馬尼拉及澳門修整，來年再組織艦隊來扣關的決定······
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“聯軍”就這麼乘興而來，敗興而退了，只給江戶幕府留下了一地雞毛及對來年“聯軍”再來的擔憂；於是，江戶幕府火速批准了長崎奉行榊原職直遞交的向福海號採購遠端紅夷大炮的建議，決定以每門炮金6000兩的價格向福王府採購100門寇菲林式10磅長炮----貨款三分之一為金銀、三分之一為銅料、三分之一為鐵料----稍後這100門長炮中會有20門佈置在長崎、40門佈置在大阪灣、另外40門佈置在江戶灣內。
另外，為了給這些大炮找合適的射擊陣位，德川幕府還決定斥巨資、立刻在大阪灣和江戶灣內填海修建海中炮壘。
由於幕府也沒有在政務上保密的傳統----這麼大一筆交易也保不了密----所以向福王府購買長程火炮的事情也引起了除鯨海（日本海）沿岸諸侯及內陸諸侯以外的各藩諸侯的興趣，這些藩國諸侯後來也陸陸續續的向福海號訂購了100多門同口徑大炮（薩摩藩購買了1門、荻藩購買了5門、土佐藩購買了10門、紀州藩購買了15門、尾賬購買了10門、水戶藩購買了10門、仙台藩購買了15門、德島藩購買了8門、伊予松山藩購買了7門、高松藩購買了5門，等等等等），卻是讓朱由崧這邊一下子賺翻了，大大的補了回血。
不過，對於福王府來說，更重要的是，鑑於洋夷迫在眉睫的威脅，幕府不得不暫時停止了對日本國內出現的中國走私商品的追查，這就讓祥福瑞的走私貿易得到繼續，進而為福王府源源不斷的輸入必要的資金，以應對未來更大的危機。
而這場功敗垂成的“洋夷入侵”其實還有一個尾聲，這不，一部分不甘心與家鄉擦肩而過的海外日本人慫恿包括幾名大明海商在內的部分“聯軍”船長，準備在日本家門口設立一個前進基地，其中有個別船長和船主選擇了奄美大島作為據點，結果這批船長和船主便陷入了與島津家無止境的糾纏之中。
還有3條戎克船、1艘重型槳划船、1艘輕型槳划船、1艘卡拉維拉型武裝商船的船主準備帶著船上500多名海外日本人、馬來水手準備奪取濟州島，控制中日北方航線，自然也是一頭撞上了鐵板，被10艘淮丙船一通胖揍，最後不是被擊沉了，就是被迫投降，成為了出乎福王府軍意外的收穫。
再加上回航的路上，“聯軍”再一次遇到了颱風的洗禮，所以，曾經浩浩蕩蕩的40艘出戰船隻，最終只有三分之一回到了馬尼拉和澳門······
“南藤先生、瀨目先生，由於此次出擊的不順利以及日本教會覆滅的現狀，我十分遺憾的代表馬尼拉教省通知你們，未來的2~3年裡面，教省是沒有能力再組織類似的進攻了。”
回到馬尼拉後，何塞·貝納維德斯大主教的代表便找了上門，向日本教會代表南藤昭信和海外日本人代表瀨目龍三說明了教會的態度和苦衷。
南藤昭信沒有說話，但瀨目龍三卻怒不可遏的回應道：“此次出征，雖然損失很大，但相當一部分船主都撈到了好處，難道，這還不能彌補他們的損失嗎？”
在這次出擊中，“聯軍”可是洗劫了日本多處繁華的港口，還打破了一些城堡、搶劫了某些諸侯的財物，再加上在大阪勒索的停火費，出擊的30多名船主至少每人都獲得了不低於3萬兩金花銀的利益，某些搶的多的，甚至還有4`5兩的好處，因此，即便不能完全抵消支出和損失，至少也不會虧到哪裡去的，教會拿損失來說話，顯然就有些不合理了。
代表何塞·貝納維德斯大主教來通知南藤昭信和瀨目龍三的加利亞神父苦笑道：“錢，也許是足夠抵消損失了，但問題是，船的損失怎麼補充啊！”
這話也不假，畢竟在遠東這個地方，無論荷蘭人、西班牙人都是沒有船場的，澳門有，但每年能下水的船隻也是非常有限的，全部26艘艦船的損失----其實此時還沒有損失那麼多，有3艘船是留在奄美大島，暫時沒有回來----補充完整得猴年馬月了，就算船主們現在緊急向歐洲，向果阿等地訂購，沒有2~3年，也是送不到亞洲的。
瀨目龍三啞殼了，倒是南藤昭信對加利亞神父說道：“請告訴大主教，我不會輕易放棄，希望大主教能在3年後，再次發出遠征日本的倡導。”
加利亞神父點點頭：“我相信大主教會的。”
是的，就算何塞·貝納維德斯大主教到時候不同意，或到時候何塞·貝納維德斯大主教的離任了，來了新的大主教，在西班牙、葡萄牙等國權貴的推動下，也會改弦更張或蕭規曹隨的----誰也不會想到，幾年後葡萄牙獨立了，兩國東方殖民地也隨之分道揚鑣了。
承諾了一番後，加利亞神父關心的問道：“南藤信士，接下來你是準備留在菲律賓嗎？”
“不，”南藤昭信坦然的回應道。“我會去大明，去尋找新的資助者。”
“那，瀨目信士呢？”
瀨目龍三回覆道：“我要去安撫那些失去家人的海外日本人，並鼓勵他們不要喪失信心。”
加利亞神父在胸前畫了一個十字：“願聖母瑪利亞保佑你們都能實現自己的使命，那麼，我們三年後再見······”