宣德朝以後大學士都有宮職，早就不是什麼五品官了，所以朱由崧這番改動只是順應現實，因此是不會有人跳出來反對的！
在馬士英等內閣大臣領旨後，朱由崧往下說道：“詹事府與翰林院一併保留，作為朕及內閣的諮詢機構！”
詹事府原本應該是太子的輔弼機構，但為了避免後世皇帝對太子的忌憚，所以，朱由崧決議把詹事府變成自己和內閣的輔助單位----過去，在沒有太子的時候，詹事府一職是翰林官升遷時寄名的地方，但現在朱由崧要進行一些改變。
“今後，翰林院學士定為從三品、定員一人，侍讀學士定為正四品、定員一人，侍講學士定為從四品、定員二人，侍讀為正五品、定員三至四人，侍講為從五品、定員五至六人，修撰為正六品、編修為從六品、檢討為正七品，以上不定員，至於翰林院五經博士、典籍、侍書、待詔、孔目等一如過往。”
朱由崧等於增加了翰林院的編制，並給翰林院官員升官了，在場的人自然也不會反對的。
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“今後翰林院承擔三項工作，第一，組織庶吉士培訓，第二，編寫起居錄和國史，第三作為朕和內閣的諮詢機構，為朕和內閣的決策提供過往經驗；另外，各級翰林，以前例，從庶吉士中留用。”
朱由崧頓了頓，繼續道：“詹事府詹事定為正三品、定員一人，少詹事定為從三品、定員一人，左右春坊大學士降為左右春坊學士，定為正四品，各一員，左右庶子定為從四品，各兩員，左右諭德定為正五品，各兩員，左右中允為從五品，各兩員，左右贊善為正六品，各兩員，左右司直郎為從六品、各兩員，左右清紀郎為正七品，各兩員，左右司諫為從七品，各四員；司經局冼馬為正五品、置一員，司經局校書正九品、司經局正字為從九品，無定員，府丞、主簿、錄事一如過往。”
朱由崧隨後補充道：“詹事府詹事、少詹事、左右春坊學士、左右庶子、左右諭德、左右中允、左右贊善、左右司直郎、左右清紀郎、左右司諫具都要有地方施政經驗、且大計為上佳者方可入選；以便就朝廷政策是否符合地方施政情況提出建議。”
“今後，內閣票擬、司禮監批紅時都應多徵詢翰林院、詹事府，以免偏頗！”
朱由崧雖然保留了詹事府，但對詹事府的改造不可謂不大，所以，面對這麼多的信息量，在場的大臣小臣們一時間有些懵圈。
但朱由崧卻不管不顧的往下說道：“都察院和六科亦要保留；其中，六科類比唐時門下省，所以都給事中定為正五品、每科一員，六科左右給事中定為正六品、每科兩員，六科給事中定為正七品，暫時先按現有規模設定人員，日後再根據官職改革措施進行必要修訂；都察院這塊，左都御史一員、正二品，右都御史一員、從二品，左副都御史一員、正三品，右副都御史無定員、從三品，左僉都御史三員、正四品，右僉都御史無定員、從四品；各道置監察御史三人，其中一人出為本道巡按，任期兩年，剩餘兩人可參與巡鹽御史、巡漕御史、巡城御史的選拔；巡按、巡鹽、巡漕及巡城御史為從五品、普通監察御史為從六品。”
“六科即為唐之門下省，選官當由久歷政務之官員充任，今後，內閣決議下達前由六科審定，凡六科覺得不妥當的依舊可以照例駁斥，但決議下達後，六科無權再做質疑和反對；此外，六科可就同一決議駁回三次，若內閣不做修訂或第三次修訂後仍不能使六科滿意卻依舊要強行施行者，六科相關官員去職，相關決議由後續繼任者審定，若後續繼任依舊駁回，則內閣相關倡議者去職！”
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與其說朱由崧改革後的六科像唐代門下省，還不如說，更像另一時空的議會和議員，但這個議會和議員只有審核權，沒有提案權，並且一應審核權都是針對內閣的，對於皇帝旨意並無多大反抗能力。
所以，朱由崧說完之後，心思敏捷的兵科都給事中唐沂就探問道：“陛下，若六科覺得旨意不妥，怎麼辦？”
朱由崧身邊的司禮監秉筆、御用監掌印田楷沿道：“言之有理有據者亦可駁回兩次，但第三次，總要尊重君上大權的。”
明代大臣總是想騙廷杖，所以一直喜歡與皇帝硬頂，但朱由崧並不慣著他們，因此，田楷的話聽起來沒有特別的，但內中殺機隱現，非局內人不足以體會。
唐沂一下子啞殼了，於是，朱由崧繼續道：“今後御史一職，當與給事中一樣，授予有足夠多施政經驗的官員，並且在朝廷決議施行前，御史不得反對，但可以在施行後，就不良結果對內閣、各部寺院、六科進行彈劾。”
也就是說，今後六科管事前，御史管事後，至於御史風聞奏報的權力，也沒有被限制，但至少減少了噴子一半的口水。
說起來，對於給事中、御史的地位提高，在場的六科都給事中們的感受是複雜的，這是因為隨著給事中、御史的地位提高，他們肯定要離開現在的位置，而不是因為機構升級自己也跟著升級了，所以，看著單位蒸蒸日上，自己卻分不到好處，甚至不能拒絕，自然有些不平了。
朱由崧也不管六科都給事中們怎麼想的，自顧自的說道：“國子監、通政司、中書科、行人司、欽天監（國家天文臺）、上林苑監（國家育種所），這些都可以保留下來，但細微之處還要進行必要的調整。”
在場人聽明白了，朱由崧要改的是六部五寺這些具體行政部門。
“至於僧錄、道錄、教坊各司，也可以保留，但朕的意思，應該歸併在禮部名下。”朱由崧說到這，停了下來。“行了，關於官制更定，今天就說這麼些，現在說些別的······”