“臣等叩迎陛下得勝歸來！”
明弘光五年三月十日，朱由崧御駕返回南京，是日，以監國太子朱慈焈、內閣首輔馬士英為首的群臣，於觀音門進行了盛大的陛迎儀式。
“陛下萬歲、萬萬歲！我明軍萬歲、萬萬歲！我皇明基業萬歲、萬萬歲！”
在群臣三跪九叩的大禮面前，一路鞍馬勞頓的朱由崧淡然的回應道：“免禮平身！”
待一眾臣子們站起來後，朱由崧下令道：“擺駕孝陵，朕要向太祖奏報光復直隸一事！”
這是事先安排好的行程，於是一眾大臣便步行隨著朱由崧的車駕前往八公裡外的孝陵。
但八公裡的路程，對於四肢不勤的一眾文官來說太過漫長了，所以，朱由崧加恩道：“賜隨扈百官騎馬！”
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早有準備的應天府便前來馬匹，並安排衙役為百官牽馬而行----原本馬匹應該是騰驤師這邊讓出來的，牽馬的也應該是騰驤師官兵，但朱由崧不願意讓北伐功臣做牽馬墜蹬的奴僕狀，所以，一應事務就只能有應天府包辦了。
抵達了孝陵後，朱由崧在祭殿內向朱元璋的神主奉獻了包括愛新覺羅·博洛在內三百多枚滿蒙王公大臣的首級，籍此宣告自己建立了比類明初北伐驅逐蒙元的功業。
等拜祭為孝陵，朱由崧返回南京紫禁城，然後登上承天門城樓，舉行了一場面對南都百姓的獻俘禮----原本平民不能通行的左右長安門開啟了，數千名精心挑選的南京市民在外五龍橋南排列整齊，然後親眼目睹了愛新覺羅·滿達海等被俘滿清王公大臣像牲口一樣被牽到了承天門前跪拜，隨即武驤師等部參與檢閱部隊，又依次向朱由崧奉上了繳獲的各種旗幟、甲冑、武器、印璽等物件，卻是讓一眾觀禮百姓看到眉飛色舞。
完成獻俘禮後，朱由崧又於太廟獻捷，然後又祭拜了社稷壇，並派遣禮臣代自己前往天壇向上天稟告自己完成規復故土的偉業，這才宣告一整套的流程完成。
回到乾清宮，只見皇后黃氏率領一眾宮妃跪在臺階上：“臣妾等恭迎陛下得勝還朝！”
而太子朱慈焈等皇子也各自帶著妻子跪在宮妃的後面：“兒臣等恭迎父皇得勝還朝！”
看著妻兒們，朱由崧臉上露出了喜悅的笑容：“都起來吧，許久不見，朕想你們了······”
與妻兒歡聚兩日後，朱由崧召開朝會。
朝會伊始，兵部首先做了當前軍事局面的報告，系統的闡釋二期北伐以來收復的各處國土，並就未來如何收復陝西、徹底消滅李自成匪軍做了初步的說明！
兵部說完後，吏部就新光復區的官員任命、部分軍功將士的晉爵做了介紹。
戶部則在稍後就接下來如何對光復區的救撫工作進行了說明，並且還就朱由崧提出的遷移南方無地百姓移居北方的旨意的落實進行了工作匯報。
在戶部之後，禮部報告了該部奉旨派遣考官於光復區進行特別鄉試的具體安排。
最後，刑部和大理寺又就大赦範圍及今後刑徒流放地位置的改變進行了情況說明。
雖然其他部門並無特別要緊的事務，非得在今天彙報，但光兵、吏、戶、禮、刑、大理寺等單位的報告就幾乎用去了整整一個上午的時間。
午膳後，朱由崧召集內閣大學士、司禮監秉筆、六部尚書、六部侍郎及六科都給事中進行了一場小規模的會議。
在這場會議上，朱由崧正式提出了對大明行政機構進行改革的設想！
對於朱由崧改動大明行政機構的設想，吏科都給事中王燦成出列進言道：“陛下，《韓非子·解老》中說到:烹小鮮而數撓之，則賊其澤；治大國而數變法，則民苦之。是以有道之君貴靜，不重變法。”
朱由崧身邊的司禮監秉筆、都知監掌印李諳當即反駁道：“秦之前可有三公九卿？漢之前可有尚書？隋唐之前可有三省六部？元之前可有行省？為何諸朝幾多變異官職，非獨樹一幟標榜與前朝不同，而是確實需要，如今陛下欲改動官職，實也是形勢所需！”
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兵科都給事中高演出來支援王燦成：“本朝二百餘年來，體制穩定，驟然變異，只怕上下不安！”
司禮監秉筆、中官監掌印段煒立刻駁斥道：“國朝二百餘年來，體制一直是在變動之中的，否則就不會有內閣、總督、巡撫了！”
每到提及祖制時，朱由崧總會把內閣扯出來說一遍，這讓文臣們很是無奈，好在朱由崧沒有讓段煒繼續發揮下去，而是直接宣佈道：“朕意已決，卿等遵旨就是了！”
朝臣們根本無法對抗挾北伐大勝而歸的朱由崧，所以，即便內心極其牴觸，在場的臣子們也只能無可奈何的跪倒受命。
朱由崧讓幾人平身，然後笑道：“卿等放心，即便是更定官職，朕也不是拍腦門子決定的，少不得還要內閣、吏部、吏科會同商定才是！”
與會者這才安心了一點，此時就聽朱由崧繼續道：“先說，可以保留的官職吧！宗人府算一個！”
宗人府是管掌管宗室名冊，並負責按時撰寫帝王譜系，記錄宗室成員子女的嫡庶、名稱封號、嗣職襲位、生卒年間、婚嫁、喪葬諡號等事務的，歷朝歷代都需要這樣一個機構，所以，當然不需要改動。
“三公三孤及東宮三公三孤也應該保留，不過品階要改一改，三公三孤皆為正一品、東宮三公三孤皆為從一品，並為大臣加銜！”
原來少師、少傅、少保都是從一品，太子少師、太子少傅、太子少保都是正二品，朱由崧這次是這六個官的級別都抬了一級。
“但以上加銜，不可越級授予。”朱由崧沉默了片刻，補充道。“太子賓客仍為正三品。”
宮職官本身是高階大臣的加銜，而今的改動也不大，所以，在場的人都知趣的沒有反對。
“內閣，依舊予以保留！”朱由崧看了看馬士英等內閣大學士，隨即說出了他們最想聽的話。“但殿閣大學士的品階一律提升為正二品，名實相符嘛······”