趙構接著下詔表示只追究苗傅、劉正彥、王鈞甫、馬柔吉、張逵等的責任，其他軍官士兵皆不追究，於是赤心軍背叛了苗傅。王鈞甫想率軍投降，其部下張翼等斬了王鈞甫、馬柔吉投降。王世修則是接受審判後，被斬於市。
趙構想大加褒賞，朱勝非單獨進見道：“臣昔日遇到變故，本當即當時就死去，偷生至此，正為今日。現在聖駕已安，臣情願退職。”趙構說道：“朕知卿心，卿不必辭職。”朱勝非堅持辭去。趙構道：“卿去了之後，何人可以代替？”朱勝非道：“呂頤浩、張浚都可繼任。”趙構問二人優劣如何？朱勝非道：“呂頤浩幹練而脾氣暴躁，張浚喜歡做事而粗心。”
趙構說道：“張浚太過年輕了。”朱勝非道：“臣之前被召來，把軍旅錢穀的事情都付給張浚。就是今日勤王，也是由張浚創議，陛下不要認為張浚年少不更事。”趙構點頭。等朱勝非退下之後，趙構於是召呂頤浩為尚書右僕射，免了朱勝非之職，李邴為尚書右丞，鄭彀籤書樞密院事，韓世忠、張浚為御前左右軍都統制，劉光世為御營副使。
凡是參與勤王的僚屬將佐，各加秩進官，又禁止內侍干預朝政。重新恢復三省官名，詔左右僕射，並同中書門下平章事，改中書門下侍郎為參知政事、省尚書左右丞。
張浚等人請趙構回駕，趙構從杭州出發，向江寧行進。臨行之時，趙構又命韓世忠為浙江制置使，與劉光世一起追討苗、劉。趙構到了江寧，改江寧為建康府，暫行駐紮，立兒子趙旉為皇太子。
韓世忠受命追討苗、劉，就由杭州西進，出衢州和信州，南下到了浦城縣內的魚梁驛，剛巧與苗傅、劉正彥相遇。韓世忠徒步上前，仗著一支戈矛，衝入對方陣裡，把他們分開兩旁。那些人望見是韓世忠，大驚失色道：“這是韓將軍，我等快逃生罷！”當下左右逃竄，潰不成軍。
劉正彥還不知死活，揮劍來敵韓世忠。兩人交戰數合，但聽得韓世忠大喝一聲，已將劉正彥刺倒。苗翊漣忙裡救，早已不及，眼見劉正彥被他擒去。韓世忠見了苗翊，自然也不肯罷手，乘勢用戈刺去。苗翊向旁邊一閃，腰帶已被韓世忠扯著，順手一拉，苗翊已跌入韓世忠懷中，一舉拿下。
還有苗竬，見兄弟被捉，舞著大刀，來與韓世忠拼命。韓世忠正想與他交手，後面閃出一人道：“主帥少息！這件功勞讓給末將吧。”話音未落，一將早已衝過韓世忠，去鬥苗竬。韓世忠一看，卻是裨將王德。王德與苗竬交戰十合，賣個破綻，將苗竬擒住；又殺了進去，砍死馬柔吉。
苗傅見不可敵，早已三腳兩步的跑走了。韓世忠追趕不上，只得擇地駐營。他又傳檄各州縣，懸賞緝拿苗傅。不過數日，果然有一個建陽縣人詹剽，將苗傅活捉，押到軍前。韓世忠依著賞令，給了詹剽賞金，把苗傅等押去行營。
苗傅、劉正彥、苗翊在建康被磔棄市，劉正彥在行刑時還大罵苗傅不用自己計策，因而失敗。趙構封韓世忠為少保、武勝、昭慶兩鎮節度使，御書“忠勇”讚揚其忠心，封其夫人梁紅玉為護國夫人。張浚則自請前往川陝一帶防守，被封為宣撫處置使。趙構追贈王淵開府儀同三司，追康履“榮節”諡號。韓世忠因在卑微時，曾受王淵賞識，此時知恩圖報安葬了王淵。
不料太子趙旉還在襁褓中，就跟著逃難建康。途中不小心受了寒，因此得病。一個宮女不留意碰到地上的金鑼，突然發響，驚動了太子，於是導致他抽搐而亡。趙構悲憤交加，諡趙旉為元懿太子，隨即命人將宮女杖斃，連保母也一併處死。
趙構正在哀悼的時候，張浚進宮安慰，乘機稟告密謀。趙構屏退左右，與張浚談了多時，張浚這才告辭而出。趙構即位後，命令嚴懲僭偽之人，張邦昌等人都已伏法。只有都巡檢範瓊，自恃麾下有不少兵馬，駐守洪州。苗傅被押送京城的時候，範瓊從洪州入朝，請求免去苗傅的死罪。
趙構沒有答應，把苗傅正法了。於是範瓊進宮責問趙構，態度非常倨傲。趙構不禁害怕，只得向他示好，暫時授他為御營司提舉，暗中卻召來張浚密議，囑令張浚設法除掉範瓊。張浚於是和劉子羽商定秘計，暗中命張俊率一千人多渡江，謊稱是防禦其他的盜賊，都拿著兵器前來。
張浚當即密報趙構，請召張俊、範瓊、劉光世等同到都堂議事，就此拿下範瓊。趙構於是命張浚寫詔召入，而且預備了降罪範瓊的詔書，交給張浚帶出。張浚先傳會議的詔旨，約定次日午前商議。到了次日，張俊、劉子羽先到，張浚也跟著進來。百官等相繼到來，範瓊騰騰地至晌午才到。
都堂中特別準備了午餐，大眾已經吃完，等待商議政務。忽然劉子羽拿出黃紙，來到範瓊面前，大聲說道：“有詔書下來，令將軍去大理寺置對！”範瓊驚愕地說道：“你說什麼？”話沒有說完，張俊已召衛士進來，將範瓊擁出了大門，送到獄中。劉光世又出來安撫範瓊的部屬，說道：“範瓊之前在圍城中，甘心歸附胡虜，劫了二帝去北方打獵，罪跡昭著。現在奉旨誅殺範瓊，不及他人。你們都受的是皇家俸祿，並非是範瓊豢養，一概不連坐，各自回營待命！”大眾齊聲應諾，丟下兵刃而去。範瓊下獄認罪，當日就被賜死。他的子弟都被流嶺南。趙構下旨令範瓊的舊部，分散到御營各軍。
張浚既然除了範瓊，又上書談及中興要計，他認為應該自從關、陝開始。如果關、陝全部丟失，東南也不可能保全，臣願為陛下前驅，肅清關、陝之地。陛下可與呂頤浩同來武昌，以便相機赴陝。趙構點頭同意，於是命張浚為川、陝、京、湖宣撫處置使，可以便宜行事。張浚拜命之後，就與呂頤浩交接，剋日出發。
不料邊警再次傳來，金兀朮大舉南侵，接連攻
破了磁、單、密諸州，並佔領了興仁府城。趙構得報，不免大驚失色，連忙派遣兩個使者去金國。一個是徽猷閣待制洪皓，另一個是工部尚書崔縱。洪皓臨行之前，趙構令他帶書給粘沒喝，表示願去尊號，用金國年號為正朔，自比藩鎮。
粘沒喝與洪皓相見，卻脅迫洪皓投降。洪皓不肯答應，被流放到冷山。崔縱到金國請和，並通問二帝，金人傲然不為禮。崔縱以大義相責，還想把二帝迎回，於是激怒了金人，把他徙居荒涼之地。後來崔縱病死，洪皓紹興十二年才回。
呂頤浩送別張浚，本想奉駕去武昌，聽說金兵南來，於是改變之前的決議，說道：“武昌道遠，糧餉難繼，不如留在東南。”滕康、張守等人也說道：“武昌有十害，決不可往。”趙構於是把杭州當京城，升杭州為臨安府，先授李邴、滕康二人，權知三省樞密院事，奉隆裕太後往洪州。
當時東京留守杜充，因為糧食將盡，就想離任南行。岳飛勸阻道：“中原土地，尺寸不應丟棄，現在一退步，此地恐怕就非我有了。將來再想取回，不勞師動眾數十萬，是不易得手的。”杜充不從，竟然擅自迴歸。趙構又也沒有加罪於他，反而令他為副樞密。
趙構另命郭仲荀、程昌寓、上官悟等，相繼代替杜充。這些人徒有虛名，毫無能力。趙構派遣京東轉運判官杜時亮以及修武郎宋汝為，同赴金國都城，申請金國緩慢進兵，並給粘沒喝書信，書中所說的話，無一不是哀求的語句，幾乎令人不忍過目。
趙構在書信裡寫道：古之有國家而迫於危亡者，不過守與奔而已。今以守則無人，以奔則無地，所以鰓鰓然，惟冀閣下之見哀而已。故前者連奉書，願削去舊號，是天地之間，皆大金之國，而尊無二上，亦何必勞師遠涉而後快哉！看了此書，不由令人作三日嘔。
從前趙匡胤的時候，江南曾經乞請罷兵。趙匡胤不肯，說臥榻旁不容他人鼾睡。宋使屢次求和，金兵只管南下。起居郎胡寅，見趙構這般畏縮，於是放膽直陳，極言趙構從前的過失，並羅列七策，上請施行：一是罷和議而修戰略。二是置行臺以區別緩急之務。三是務實效，去虛文。四是大起天下之兵以圖自強。五是都荊、襄以定根本。六是選宗室賢才以備任使。七是存紀綱以立國體。
他的這一篇上奏，約有數千字，直說得淋漓透徹，慷慨激昂。偏偏趙構不以為然，呂頤浩也恨他切直，竟然將胡寅外謫，免得他多話。不久後，寇警日益緊迫，風聲鶴唳。趙構召集文武諸臣，會議要逃跑的地方。張浚、辛企宗請求從鄂州、嶽州去長沙。韓世忠說道：“國家已失河北、山東，如果又棄江、淮，還有何地可以駐紮？”呂頤浩道：“近來金人的謀畫，專伺皇上所至，為必爭之地，今當且戰且避，奉皇上移去樂土，臣願留在常、潤死守。”
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