章惇暗中派遣親信對常安民說道：“你本來是以文學而聞名，為什麼喜歡談論別人的長短，甘心結怨？如果能稍自安靜，必定以高位相報。”常安民呵斥道：“你是為當道的人來做說客嗎？煩你傳話，我只知忠君，不知媚相。”章惇沒有立刻排擠常安民，本來留有餘地，有意籠絡。可是常安民一味強硬，章惇自然不能相容。章惇於是讓御史董敦逸，彈劾常安民，說他與蘇軾兄弟，素來是同夥。常安民便被謫去滁州，令監酒稅。
門下侍郎安燾上書救解，毫不見效，反觸怒了章惇，被出任鄭州。蔡卞重修神宗實錄，大力推翻前案。之前的史官範祖禹，以及趙彥若、黃庭堅等，相繼被降官，安置在永、澧、黔州。因為呂大防曾經監修神宗實錄，也受到牽連，被徙安州居住。範純仁請求釋放呂大防，大忤章惇之意。於是範純仁也貶知隨州。章惇記念蔡確，可惜他已死，便囑咐蔡確兒子蔡渭喊冤。哲宗即追復了蔡確官職，並贈太師，予諡忠懷。
章惇執政後，首先議論修復水磨。哲宗於是下詔京、索、大源等河為之，以孫迥提舉，重新命令兼提舉汴河堤岸，改差役製為僱役制，章惇逐步恢復了免役法、保甲法、青苗法等。在章惇主持下，以常平、免役、農田水利、保甲，類著其法，總為一書，定名為《常平、免役敕令》，頒行全國，熙寧新法基本恢復。
章惇又舉薦名士彭汝礪、陳瓘、張庭堅等，劉奉世等三十一人，或貶官奪恩，或居住安置，輕重有差。其彬州編管秦觀，移送橫州。章惇又用邢恕為御史中丞。邢恕用北齊婁太后曾廢她的孫子少主，而立兒子常山王高演的事，假託司馬光，對範祖禹說道：“如今主少國疑，北齊宣訓事仍可憂慮。"
章惇引誘高士充上書，說高士充的父親高遵裕臨死時，屏退左右，對高士充說：宋神宗彌留之際，王珪派高士充來問道：不知皇太后想立誰為帝。我斥責高士充離開。章惇追貶司馬光、王珪，贈高遵裕為奉國軍留後。再追貶呂公著、司馬光，責呂大防、劉摯、梁燾、範祖禹、劉安世等過嶺，意猶未慊，仍用黃履疏高士英狀，追貶王珪，皆誣以圖危上躬。其言浸及宣仁皇後，帝頗惑之。最後起同文獄，將全部誅殺元佑大臣。
章惇讓宦官郝隨幫助自己，想追廢宣仁後。上奏說司馬光，劉摯、梁燾、劉大防等，曾勾通崇慶宮內侍陳衍，密謀廢立。崇慶宮是高太后所居，陳衍是宮中幹役，當時已獲罪，發配朱崖。還有一個內侍張士良，從前也是和陳衍一樣的職位，他被外調郴州。章惇遣使召回張士良，令蔡京、安惇審問。
蔡京、安惇高坐堂上，旁邊放著鼎鑊刀鋸，非常嚇人。接著把張士良帶了進來，大聲說道：“你肯說一有字，即可官復原職。如果說沒有兩字，國法刑具都在，請你試一試！”張士良仰天大
哭道：“高太后不可汙衊，天地神祇不可欺，我情願受刑罰，不敢亂說！”蔡京等人再三逼迫，張士良抵死不認。
蔡京與安惇無供可錄，只得上奏陳衍離間兩宮，斥逐隨龍內侍劉瑗等人，翦除人主心腹羽翼，意圖謀逆，離應處死！哲宗本來就不喜歡依附高太后的這夥人，於是批准，章惇、蔡卞遵命草詔，呈入御覽，議廢高太后為庶人。哲宗在燈下展覽，遲疑未決。忽然有內侍宣向太後的旨意，傳他入見。
向太後是青州知府向經的女兒，向敏中曾孫女，河內人。治平三年，她嫁給潁王趙頊，被封安國夫人。治平四年，英宗駕崩，潁王趙頊即位，她被立為皇后。為立太子之事，神宗一直猶豫不決，向皇后便稱讚第六子安郡王 趙煦之妃賢達。趙頊於是定建儲之議，趙煦成為太子。
元豐八年，神宗駕崩，趙煦即位，尊向皇后為皇太后。高太皇太后命修繕慶壽故宮給她居，向太後推辭道：“安有姑居西而婦處東，瀆上下之分。”因此不敢徙居，只是把慶壽後殿為隆佑宮居之。
哲宗要選擇皇后及諸王納婦，向太後令孃家向氏家族不要讓女兒參選。族黨有人想援引先例，以恩換取合適的職位，又為選人求京官的，說有特旨，向太後說道：“吾族從來沒有用此例，何庸以私情撓公法。”一概不肯。向太後對高太后極為尊敬，因此聽說哲宗要追廢高太后，就叫人去請哲宗。
哲宗去見向太後，向太後道：“我曾日在崇慶宮，伺候過高太皇太后。天日在上，哪有廢立的遺言？我本來已經就寢，突然聽說了此事，心中不安。試想太皇太后，對你甚厚。如果有不測的變動，他日還有我嗎？”說完臉帶慘容。哲宗對向太後的話，卻並不怎麼相信。向太後無奈，只得讓哲宗去問他的生母朱太妃。
朱太妃的父親崔傑，是一個平民。在她年紀很小的時候，父親就去世了。她母親李氏改嫁朱士安，將她託付給一位姓任的親戚撫養，因此她就有了三位父親。後來，她被選為宮嬪，得到神宗寵幸，先後生下二子一女，就是宋哲宗趙煦、蔡王趙似、徐國公主。宋哲宗即位，因為當時高太皇太后、向太後稱尊，她沒被尊為皇太后，只被尊為皇太妃。
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朱太妃性格溫順恭敬，對人十分溫和，從不干預朝政，也不以自己是皇帝生母而自傲。高太皇太后卻不怎麼欣賞她，還經常訓斥她。在對待朱氏的問題上，朝中有人想降低皇帝生母的等級，以討好垂簾的高太皇太后；有人卻主張尊崇朱氏，以顯示天子的孝道。但高太后一直壓制朱氏，直到元祐三年秋，才允許朱太妃的輿蓋、儀衛、服冠可與皇后相同。趙煦親政後，立即下令母親的待遇完全與向太後相同。
元豐八年，朱太妃護送神宗的靈柩前往鞏縣陵區安葬，途中在永安駐留。時任河南知府
的韓絳擔任過宰相，知道朱太妃的身份，對她十分尊重，親自從洛陽趕到永安迎接，禮儀侍奉極其周到。朱太妃非常感動，回宮後念念不忘，忍不住向身邊人訴說此事。
高太后知道後，居然勃然大怒，當面訓斥道：“韓絳是先朝老臣，你如何配受他的禮遇！”朱太妃當場被罵哭，不停地向婆母謝罪。一些善於拍馬的大臣顧不得朱太妃的身份，竟立即羅織了幾條所謂朱氏的罪名上奏，要求嚴懲朱氏，以討好高太后。
高太后的侄子高公繪為姑姑對朱太妃的態度深感不安，而起居舍人邢恕也勸高公繪應多為高家的未來打算。他說道：“太妃是當今皇帝的生母，理所應該受到尊崇。小人挑撥離間的風氣，絕不能繼續。高太后對太妃的態度，如果被皇帝知道，你們高家以後麻煩就大了。”並將自己寫的一份尊崇太妃的奏章拿給高公繪，要他抄一遍，由他出面勸姑姑高太后禮遇太妃。
高公繪照辦，高太后閱罷奏摺，頗感驚訝，問高公繪道：“你平素不多識字，如何寫出這等文章？從實講來！”高公繪不敢隱瞞，據實以奏。高太后大怒，當即將刑恕貶到湖北隨縣。但是冷靜之後，高太后覺得刑恕和高公繪的話，無論從禮法還是自己的長遠利益考慮，都有道理。這才在元祐三年下詔：“《春秋》之義，母以子貴，其尋繹故實，務致優隆。”朱太妃在輿蓋、仗衛、冠服的待遇得到提高，和皇后一樣。
高太后不喜歡朱氏，令她萬萬料不到是，正是這個兒媳婦朱太妃，在她身死後的危急時刻，挽救了她和高氏家族的命運。 高太后死後，蔡京為了獻媚於宋哲宗，誣衊高太后想立自己兒子為皇帝，有廢哲宗的陰謀。哲宗即位時只有十歲，記不起舊事，信以為真，要廢掉祖母高氏的皇后之位。於是向太後出面，要朱太妃出面解釋。
朱太妃是一個性格善良、心胸寬厚的人，沒有因為婆母高太后曾經看不起自己而記恨，她向兒子力辯高太后在此事上無可非議。哲宗聽了生母的話，這才相信高太后是冤枉的。當蔡京等人再次請求廢黜高氏的時候，哲宗怒斥道：“你們堅持誣陷高太皇太后，是不是一定想陷我於無視祖宗之地，使我死後無面目進英宗之廟？”,蔡京等人被迫放棄了廢黜高太后的計劃。最終，高氏的皇后地位保住了，高氏家族也有驚無險地躲過了這場滅頂之災。
由於孟皇后是由高太皇太后指定的人選，而哲宗對高太皇太后卻沒有什麼好感。因此相貌平平的孟皇后，沒有得到哲宗的喜愛，哲宗最寵愛的是婕妤劉氏。劉氏是贈太師、東平郡王劉安成之女，剛開始是哲宗的侍女，但是聰明伶俐，姿色美豔，能歌善舞，多才多藝，深得哲宗寵愛。她也孝順哲宗嫡母向太後和生母朱太妃，甚得歡心。因此很快從平昌郡君晉升到美人，生下皇三女懿康公主後，進封婕妤。