朝廷水師也不算弱，在經過一番蒐羅之後，山東、江蘇和廣東水師的大部分都匯聚到了應天府，成了朝廷水師的基礎，這些船隻雖然大小各異，品類異常繁雜，但好歹也有近百艘。
正是因為數量夠多，朝廷對水戰有著極大的信心，所以他們一次性全部投入到了對唐軍長江艦隊的攻擊中。就在劉闖率領五艘鐵甲艦前往武漢之後，朝廷與唐軍的水戰開始了。
儘管自身只有十五艘，但全身覆蓋鐵甲的艦隊卻毫不畏懼的主動迎戰。朝廷的水師戰船因為結構不算結實，所以大多只在船首安置一門紅衣大炮或者佛朗機炮，威力也在千斤和三千斤之間。
這些已經落後的火炮，註定會被時代所淘汰，當他們的炮彈落在鐵甲艦上的時候，直接就會被鐵甲彈開，根本無法造成更大的傷害，而唐軍鐵甲艦的炮火，卻幾乎是一炮就能摧毀對方。
這樣的戰鬥是一邊倒的，尤其是奉化江號、大塘河號和飛雲江號都有水下撞角，他們仗著皮糙肉厚不怕火炮的特點，直接衝入對方的艦隊中，依靠強大的蒸汽機動力，撞得朝廷戰船紛紛破碎，極大的攪亂了朝廷水師的隊形。
戰鬥僅僅經歷了三個小時，朝廷水師就全軍覆沒了，三千多水師官兵，除了六百多戰死，三百多人逃走之外，剩下的兩千多人都成為了俘虜。消滅了朝廷水師，唐軍完全掌控了長江水道，長江艦隊甚至派出五艘火炮口徑最大的鐵甲艦，上溯到南京城外，進行了一次對城牆的炮擊。
“唐軍已經逼近，諸位大人以為當如何應對？”弘光帝朱由崧聽到炮聲已經快被嚇死了，他連忙召集全體大臣議事。
“臣以為當召江北四鎮勤王，擊退唐軍叛逆。”張慎言當先說道。這個老頭子也算是運氣好，因為惹怒了崇禎而遭到發配應天府，結果如今在南京他又登上了右都御史的職位。
“不可。江北四鎮需防備清軍南下，如果將其全部抽調萬一清軍從北方而來如何抵擋？更何況江北四鎮皆是步兵，如今江面被唐軍控制，他們又如何渡江？”兵部尚書史可法當即反對道。
“我看還是先讓馬士英大人回來再說，至少兵力多一些。”戶部尚書姜曰廣提議道。
“也只好如此，只是唐軍水師太過厲害，我們又當如何應對？”朱由崧點頭問道。
“不如設攔江鐵索。”阮大鋮也沒有辦法，結果只能把水師作戰很傳統的一種作戰方法說了出來。
“試試看吧，或許有用。”史可法也不確定是否可行，實際上他也並不懂軍事，尤其不擅長水戰。
兵部很快發出文書，急召馬士英返回救駕，與此同時左良玉也給兒子左夢庚發出了差不多的訊息。當五艘鐵甲艦抵達了武漢江面，這個被江水分割成三部分的城市已經沒辦法防守了。
第二天早上，田見秀依靠五艘鐵甲艦完全掌控江面的機會，利用大量小船在漢江上搭起了浮橋。有了這條溝通漢江兩岸的浮橋，漢陽已經守不下去了，不過左良玉還不甘心。武漢的繁華難以割捨，更何況這幾天時間已經讓各地軍隊陸續彙集到武漢，此時左良玉手中還有近四萬人，足夠他拼上一次。
逃回的馬士秀被左良玉指定負責漢陽保衛戰，他所擁有的是近兩萬守軍。有了這麼多人，馬士秀有有了些許底氣，他很快利用此處的地形，積極部署防守陣地。
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唐軍憑藉水上優勢，在琴斷口建立了浮橋，開始源源不斷的將軍隊輸送到漢陽鎮，隨同而來的還有團屬和營屬的大量2公斤行營炮。江岸被唐軍佔領，更何況江面上有鐵甲艦的重型火炮掩護，湖廣軍根本無法靠近。
見到江岸難以防守，馬士秀率軍退守三眼橋，在橋東的仙女山、米糧山、鍋底山、湯家山、磨子山、扁擔山一帶構築起防禦陣地。
唐軍火炮難以射擊太高的山頭，步兵只好拉開隊形直接往上攻。山頭上的湖廣軍依靠地形優勢，用羽箭密集的攢射唐軍衝鋒隊伍，唐軍也用燧發槍進行還擊，雙方在這一線的山頭上展開了攻防戰。
田見秀知道全面進攻不如突破一點，他集中兩個營的兵力從米糧山發起了進攻。唐軍作戰勇敢，士兵們依靠著山間的樹木石頭作為掩護，逐步向著山頭進攻，湖廣軍也依靠羽箭和礌石進行壓制，企圖將唐軍壓在山下。
唐軍的燧發槍仰射雖然無法及遠，但這只是滑膛槍的射程，那些神槍手使用的來復槍不在此列。他們能夠輕鬆的從山腳下精準射擊，命中山頂上正在射箭的湖廣軍官兵，遭到火力壓制尤其是大量下級軍官被射殺，湖廣軍只能縮了回去不再亂伸頭放箭了。
少了對方的箭矢壓制，唐軍得以迅速接近山頂，靠近到有效射程的唐軍連續射擊，用密集的彈雨壓制著對方，殺得湖廣軍節節後退。端著上了刺刀的燧發槍，唐軍一鼓作氣衝上山頂，與湖廣軍展開了肉搏戰。
唐軍使用的都是燧發槍上的卡扣式刺刀，如今的卡扣式刺刀已經進化到了第二代，其造型變成了三稜形。
三稜刺刀功能單一只能用於刺，但是其優點也很大。因為三層刺刀擁有三道血槽，在刺入敵人身體的時候會刺出類似於方形的窟窿，會造成身體組織的大規模破壞，救治時很難進行傷口處理。
血液隨著血槽大量流出，能夠造成短時間內的大量失血。此外因為是刺刀是三稜形，有利於削減體內負壓，也讓肌肉的收縮無法吸住刺刀，這樣刺刀能夠輕鬆拔出，對連續作戰很有好處。
這種刺刀最大的一個好處，卻在於其刀身呈圓柱狀，在同等鋼質下能夠將刺刀做得更長。在冷兵器作戰中可謂是一寸長一寸強，往往因為武器短上半寸都有可能因此丟了命。