馬仲英的意思很明確，這次北伐，楚軍的主攻方向乃是河南和川陝，而東線的李漢明部，只是為了牽制淮揚清軍而已。
兵馬未動，糧草先行，雖然楚軍上下都對此次北伐充滿信心，但該準備的還是要準備的，在和諸將統一了進兵方略後，馬仲英下令中書省分別調撥三十萬石糧食至武昌和九江兩處行營，專供大軍征伐之用，至於淮揚方面，由於距離南都較近，所需糧草物資都由戶部直接轉運。
當然，大軍出動，所需要的可不僅僅只有糧草這麼簡單，其餘武器、盔甲、馬匹、民夫和隨軍使用的牲口等物資同樣重要，甚至可以說缺一不可。
瓊州制造局太遠，雖說從去年下半年就源源不斷地將已經生產好的盔甲武器送到武昌和九江，但卻遠遠跟不上楚軍擴軍的速度，南都制造局又是剛剛籌建不久，目前還處於試產階段，根本不足以對楚軍北伐之事提供幫助，是以，到目前為止，楚軍也只有十五個旅完成了換裝，其餘新編的五個旅和紅旗兵以及綠旗兵所使用的武器依然是繳獲於清軍。
不過這十五個旅卻可謂武裝到了牙齒。楚軍編制，每個旅下轄兩個營，每營七個步隊，分別是兩個長槍兵步隊、兩個火銃兵步隊、兩個刀盾兵步隊和一個炮隊再加上一部分營直屬衛隊。
重新武裝的老十五旅，現在已經人人著甲，尤其是擺在前面肉搏的長槍兵和刀盾兵，不光外面套了一層鐵甲，內襯還專門配置了一層用水力鍛床壓鑄的胸甲，這樣的防禦力，根本不懼怕清軍長槍兵，火銃手和炮手用的則是輕便耐用的紙甲，主要是為了防範清軍箭手和弩手。
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武器方面，許是開發時間太短的緣故，楚軍用的武器依然是白杆槍和輕重火繩槍，火炮也依然是按傳統的泥模鑄造法所制，但火力上已經足夠壓制裝備落後的清軍，為防遇到陰雨天氣，瓊州制造局還專門為火槍兵裝配了手弩和銃劍，如此一來，就是和敵軍短兵相接，楚軍火槍兵也不虞沒有一戰之力。
據瓊州方面傳來的訊息，瓊州制造局已經著手製造燧發槍，而且已經生產了一部分樣品，時下正派人解送南都，交由中書省和楚王府測試，其實瓊州制造局的葡萄牙工匠並不是研發，而是採用歐洲的技術，生搬硬套而已。
對此，馬仲英並沒不在意，因為他清楚地記得，歐洲大規模裝備燧發槍，應該在二十年後，也就是十七世紀初期的樣子，現在的技術並不是過分成熟，即使有樣品，也需要進行進一步的改良。
研發新武器，這可不是一蹴而就的事，其實大明對遂發槍也曾有研究，崇禎時期，南都兵部侍郎畢懋康就曾研造出華夏歷史上第一支燧發槍，《軍器圖說》中對遂發槍的一段說明：“銃遇風雨不便，凡銃必先開火門，乃可對敵舉放。往往有被風雨飄溼而不能一發者，有未及照星而誤發者，須將龍頭改造訊息，令火石觸機自擊而發藥得石火自燃，風雨不及飄溼，緩急可應手。”
馬仲英佔領瓊州後，也曾打算讓制造局研發燧發槍，畢竟排隊槍斃清軍的這種即視感，他也是切切期盼的，但清廷一直沒有給楚軍有緩衝的時間，為了應付清廷一次又一次的征剿，他也只能敲打火繩槍這面現鍾了。
後來楚軍開始掌握戰場的主動權，所謂趁他病，要他命，為了保證北伐順利進行，馬仲英更不可能把精力放在技術尚未成熟的遂發槍身上，是以他收到訊息後，就是傳令南都制造局先行接收測試，至於後續的開發研究，只能等到剿滅偽清政權後，再付諸行動。
除了糧食和武器以外，馬仲英還責成中書省左丞相金光祖儘快徵發十萬民夫和相當數量的車輛以及騾馬，以保障大軍的後勤補給，有閩浙士紳當榜樣，這次江南士紳可沒敢再鬧出么蛾子，反而非常配合楚王府的政令，有不少家中子弟中舉的士紳更是傾其所有，拿出了大把的錢糧。
士紳們主動投獻，一向視當地士紳為文曲星下凡的江南百姓自然不會抗拒朝廷政令。
攝於馬仲英的威嚴，這次楚軍共徵發民夫十一萬人，徵集大小車輛一萬三千輛，騾驢等牲畜兩萬六千餘匹，銀八十六萬兩，糧食八萬石。
北伐的政令頒佈後，江南士紳就踴躍參與，這令得馬仲英大為感動，是以在捐餉的名單送到他府上時，也是一個勁地拍手叫好，並放言聲稱，有江南鄉梓襄助，此次大軍北伐，定能馬到功成，待朝廷光復神京，他馬某人一定要好好嘉獎江南士紳，還要授予他們大明義紳的稱號。
前來彙報訊息的錦衣衛指揮使馬三德見馬仲英說的幾乎連自己都相信了的樣子，也沒好意思當面揭穿這事，而是在出府後才小聲都囔了一聲：“江南鄉梓鼎力相助，我呸，還不是怕死，這年頭，連鬼都怕惡人啊！”
糧食和武器的調配，楚軍花費了就有一個月左右的時間，與此同時民夫和其他物資的調派上也花費了差不多同樣的時間，直到崇武二年三月中旬，楚軍北伐的準備工作才基本準備妥當。
崇武二年三月十八日，在各項準備工作都準備完畢後，馬仲英即以大明監國楚王的名義在南都隆重頒佈了剃辮令：茲查恢復各省，剪辮者已多；至閩浙湘贛，窮鄉僻壤留辮者尚復不少。大明楚王馬仲英正告各省都撫，轉諭所屬地方，一體悉知。凡有未去辮者，於令到之日，限十日一律剪除淨盡，否則即以通奴罪論處，北方各省，天兵到日，當一體剪除，若抗拒王命，即視為漢奸，人人得而誅之。”
北方和南方不同，因是有衍聖公孔胤植帶頭投降事，清廷在北方的統治已經有了基礎，對於那些不肯剃辮蓄髮的死硬分子，馬仲英自然不會手軟，他認為，只有採用強力手段，殺掉一批，才能保證剃辮令順利推行。
《剃辮令》釋出後，楚軍控制區域的百姓都知道北伐在即了，而臨近楚軍控制區域的清廷州府卻是人心惶惶，他們知道，那支擊敗彰泰，擊敗嶽樂，全殲南征大軍、令康熙幾乎是陣喪的大明兵就要打過來了。