【李郭之戰】
樊稠死了以後，大家已經不再是好兄弟了，雖然李傕的勢力依然強大，可是已經沒有人再聽他的了，誰也不想再做下一個樊稠。儘管郭汜以前和李傕的關係非常好情同兄弟，儘管以前他們倆天天喝酒，但郭汜也不想當第二個樊稠，於是他們倆的關係很快就不好了，然後他們開始互相猜忌，接著他們倆動起了手，結果在長安城內衝突爆發了。
由於相互之間知己知彼，李傕雖然佔優勢，但郭汜也不是很吃素的，兩個人在長安城內連續交戰數月，死了有上萬人。李傕為了對抗郭汜，任命賈詡為宣義將軍，來幫助自己。這個時候西涼軍的安西將軍楊定因為樊稠的事非常害怕李傕也對他動手，就與郭汜合謀想劫持漢獻帝到自己的營中，但計劃被人洩漏給了李傕，李傕搶先下手，派侄子李暹劫持漢獻帝到自己營中，郭汜隨後劫持了漢獻帝派來勸和的公卿，二人繼續交戰。李傕控制了漢獻帝以後乾脆封自己為大司馬，位在三公之上，以表示自己在西涼軍裡的地位仍然穩若磐石，可惜西涼軍的其他將領們並不在意。
李傕殺死樊稠之後，他的不少部下也對其不滿。在雙方的一次交戰中，郭汜便聯合李傕部下的張苞攻營，李傕方軍勢不利，李傕的耳朵更是被亂矢擊穿，李傕部下楊奉見勢引兵前來救援，將郭汜軍擊退。後來楊奉也開始不滿李傕，便與軍吏宋果等人合議謀殺李傕，不料事情洩露，宋果被殺，楊奉於是引兵反叛李傕，這一定程度上削弱了李傕的實力。到了興平二年六月（195）的時候，張濟也看不下去了，於是他帶兵返回長安，一方面想把天子接到弘農，一方面想調解李傕和郭汜之間的矛盾。
最終李傕和郭汜答應和解，想各自交換兒子作人質，但李傕的妻子十分愛護自己的兒子，不願交換，和計未定。後李傕答應各自交換女兒作人質，雙方和解。
這個時候漢獻帝也在長安受夠了，他也不想在長安再呆下去了，張濟希望漢獻帝東遷，獻帝也想回洛陽，經過張濟、賈詡等人的和，李傕也不想得罪那麼多人，於是最終決定放過漢獻帝。
【獻帝東歸】
同年七月，漢獻帝出長安東歸，李傕引兵出屯池陽，張濟、郭汜以及原董卓部下楊定、楊奉、董承皆隨天子車駕東歸，漢獻帝以張濟為驃騎將軍，開府如三公；郭汜為車騎將軍，楊定為後將軍，楊奉為興義將軍。皆封列侯。又以董承為安集將軍。沿途諸將屢有爭端，發生了很多的事情，簡直是一團糟。
到達新豐的時候，郭汜突然反悔，又想把獻帝脅迫到郿城,控制在他的手中。但楊奉、楊定等人不予理會，雙方交戰，郭汜戰敗逃走。
楊定與寧輯將軍段煨不和，在獻帝車駕進至弘農郡華陰縣的時候，他聯合同黨種輯、左靈誣衊段煨謀反，於是率兵進攻段煨的大營，久攻不克。李傕與郭汜此時也因為把漢獻帝放走而後悔了，兩人便以救援段煨為藉口，帶兵來奪回漢獻帝，張濟與楊奉、董承等人不和，於是率軍返回與李傕、郭汜聯合，大敗楊定等人。郭汜甚至命令自己的部下伍習焚燒學舍以威逼漢獻帝。此戰死亡的百官、士卒不可勝數，女眷輜重，皇室的各種器物典籍全部被丟棄。楊定本欲回藍田，但為郭汜軍所阻，轉為出逃荊州，自此下落不明。
王師大敗之後，楊奉和董承為了拖延時間假裝向李傕等人求和，暗地裡派遣使者前去河東郡招納白波軍將領李樂、韓暹、胡才以及南匈奴右賢王去卑，得到數千騎兵，憑此大破李傕等軍。獻帝車駕得以繼續東進，董承、李樂護衛左右，楊奉則與胡才、韓暹、去卑斷後保護獻帝車駕。
但李傕、郭汜、張濟等人也不是吃幹飯的，他們開始輸了不過是因為大意麻痺，幾人重整部隊後於十二月再次追了上來，雙方大戰於弘農東澗。王師再次慘敗，百官又一次慘遭大規模的殺戮。但幸運的是河內郡太守張楊後來也加入了護衛車駕的行列，他帶來了眾多的補給，河東太守王邑也獻錢糧布匹，使得漢獻帝能繼續東歸。行至安邑縣，獻帝派遣太僕韓融至弘農郡，向李傕、郭汜等人求和。李傕、郭汜、張濟等人雖然依然不想放棄，但漢獻帝東歸之心十分堅定，不得已他們放還百官，歸還了一眾御用器物，後來也在沒有對漢獻帝進行過追擊。
李傕、郭汜放棄了但並不代表路上就沒事兒了，護送獻帝的諸位將領又開始出現矛盾，互相爭權奪利，韓暹更是領兵進攻董承，董承投靠張楊，張楊讓董承前去修繕洛陽的宮殿。建安元年七月（196）漢獻帝最終得以安全地返回了洛陽。楊奉和張楊出屯護衛洛陽，董承則和韓暹留在京中守衛皇宮，並因功升任衛將軍，楊奉被漢獻帝拜為車騎將軍，並得以假節鉞，張楊回到了野王，被拜為大司馬。但將領間的矛盾並沒有減弱，不久董承為了對付韓暹便和外面的諸侯相勾結，秘召兗州牧曹操勤王，曹操於是入朝進貢，當然這已經是另外一個故事了。
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漢獻帝離開長安返回洛陽標誌著西涼軍集團的影響力進一步減弱，董卓一手創立的西涼軍集團已經走向了末路。
【李郭之死】
建安二年（197）郭汜被自己的部將伍習殺死，餘部被李傕兼併。同年十月，曹操派謁者僕射裴茂率領關西諸將段煨等討伐李傕。
建安三年（198）四月，李傕退守黃白城，被張橫、梁興等擊敗斬首，曹操下令夷滅三族。首級獻給曹操後，漢獻帝命令高掛在許都示眾，表達他對李傕的強烈痛恨。
李郭二人死後，雖然還有其他的西涼軍將領在世，但西涼軍作為一個整體已經不復存在。以馬騰和韓遂為首的涼州軍閥隨後接收了西涼軍的勢力和地盤。