歷史上關於荀彧的評價因為其最終勸阻曹操封公，所以是有著很大的爭議，在《三國志·注》和《資治通鑑》裡裴松之和司馬光都對於荀彧做出了自己的評價。
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【荀彧之評】
據《獻帝春秋》記載：董承之誅，伏後與父完書，言司空殺董承，帝方為報怨。完得書以示彧，彧惡之，久隱而不言。完以示妻弟樊普，普封以呈太祖，太祖陰為之備。彧後恐事覺，欲自發之，因求使至鄴，勸太祖以女配帝。太祖曰：“今朝廷有伏後，吾女何得以配上，吾以微功見錄，位為宰相，豈復賴女寵乎！”彧曰：“伏後無子，性又兇邪，往常與父書，言辭醜惡，可因此廢也。”太祖曰：“卿昔何不道之？”彧陽驚曰：“昔已嘗為公言也。”太祖曰：“此豈事而吾忘之！”彧又驚曰：“誠未語公邪！昔公在官渡與袁紹相持，恐增內顧之念，故不言爾。”太祖曰：“官渡事後何以不言？”彧無對，謝闕而已。太祖以此恨彧，而外含容之，故世莫得知。至董昭建立魏公之議，彧意不同，欲言之於太祖。及齎璽書犒軍，飲饗禮畢，彧留請間。太祖知彧欲言封事，揖而遣之，彧遂不得言。彧卒於壽春，壽春亡者告孫權，言太祖使彧殺伏後，彧不從，故自殺。權以露布於蜀，劉備聞之，曰：“老賊不死，禍亂未已。”
然而後世裴松之對於這裡一些言論卻頗有爭議，他認為袁曄在《獻帝春秋》裡關於荀彧的記載不真實，其具體記載為：
臣松之案獻帝春秋雲彧欲發伏後事而求使至鄴，而方誣太祖雲“昔已嘗言”。言既無徵，回託以官渡之虞，俯仰之間，辭情頓屈，雖在庸人，猶不至此，何以玷累賢哲哉！凡諸云云，皆出自鄙俚，可謂以吾儕之言而厚誣君子者矣。袁曄虛罔之類，此最為甚也。
陳壽給荀彧的最終評價是：荀彧清秀通雅，有王佐之風，然機鑑先識，未能充其志也。
這裡裴松之也給出了自己的看法：世之論者，多譏彧協規魏氏，以傾漢祚；君臣易位，實彧之由。雖晚節立異，無救運移；功既巍俊遠ァ俊緣恪俊孕 俊運擔琺.↗.co√mヒ澹兌嗑窩傘３率洗似潰且嗤跏朗丁３妓芍暈寡災鰨銜吹悶湓洞笳咭病癲恢何渲酒撬ズ褐瓿莢眨苛家雜謔蓖醯蘭任ⅲ崍饕鴨酆闌⑹櫻嘶騁煨模揮脅β抑剩趟持裕蠔菏抑齪鮒睿字嚅逡印７蠐碓奘庇ⅲ豢鑀馱耍撬谷酥攵朐眨渴槍示詡輩。艟壬硎祝媚芏趲M中，至於大亨，蒼生蒙舟航之接，劉宗延二紀之祚，豈非荀生之本圖，仁恕之遠致乎？及至霸業既隆，翦漢跡著，然後亡身殉節，以申素情，全大正於當年，布誠心於百代，可謂任重道遠，志行義立。謂之未充，其殆誣歟！
從中我們可以看出裴松之對於荀彧還是頗為推崇的，無獨有爾，後世另外一位大歷史學家司馬光在《資治通鑑》中也是對於荀彧讚美有加。
司馬光認為：“孔子對於評價仁德是非常重視的。即使是子路、冉求、公西赤這些傑出的門人，令尹子文、陳文子這些諸侯的賢能大夫，都不夠資格，而唯獨稱讚管仲的仁德，豈不是因為他輔佐齊桓公，對百姓有很大的恩德嗎？齊桓公的行為像豬狗一樣，但管仲並不以為羞恥而輔佐他，是因為他知道，沒有齊桓公，百姓就不能得到拯救。漢末天下大亂，百姓災難深重，假如沒有絕的才能，便不能拯救百姓。既然這樣，那麼荀彧捨棄曹操，還能去輔佐誰呢？
齊桓公的時代，週期王室雖已衰敗，但還沒有像建安初期的漢朝王室那樣。建安初期，全國大亂，漢朝朝廷連一尺土地、一個百姓都沒有。荀彧輔佐曹操而使他興起，推薦任用賢能的人才，訓練軍隊，裁決機要，制定策略，征伐四方，連續獲勝。於是轉弱為強，化亂為治，佔有了天下的十分之八，荀彧的功勞難道還不如管仲嗎！管仲沒有為子糾而死，但荀彧卻為漢朝王室而死，他的仁德又在管仲之上了！”
可是，杜牧卻認為：“荀彧在勸曹操攻取兗州時，把他比作高祖劉邦與光武帝劉秀；在官渡之戰時不讓曹操撤退回許都，則比作楚漢相爭。等到大事已經完成，荀才想在漢代留下盡忠的聲名。這就好比教偷去挖牆破櫃而不與偷分贓，能他不是偷嗎？”臣認為，孔子：“文勝質則史。”所有撰寫歷史的人，在記載歷史人物的言語時，都會加以修飾。那麼，把曹操比作劉邦、劉秀以及楚漢相爭等，只是史學家的文字，怎麼會都是荀彧所的話呢！根據這些話來貶低荀彧，是冤枉人。而且，假使曹操稱帝，那麼荀彧將成為最大的開國功臣，會受到與蕭何一樣的賞賜。荀彧不貪圖這樣的富貴，而犧牲生命換取的名聲，難道是人之常情嗎！”
【荀彧之惑】
不管裴松之和司馬光對於荀彧多麼推崇，但有一不可否認，荀彧是選擇了幫助漢室天子，並且最終站在了曹操的對立面，在這種情況下曹操不戀舊情選擇除去荀彧是無可厚非的。
然而荀彧這麼做是非常令人疑惑的，荀彧和其他人不一樣，他是從曹操佔據東郡開始就一直追隨曹操的元老級人物，並且可以是曹魏的奠基者之一，他的地位在曹魏集團中長時間以來可以就僅次於曹操一人而已，從這個層面上來荀彧沒有任何理由站在曹操的對立面，曹操被封為魏公，荀彧反而應該由衷的高興才對的。
而以荀彧的才能，他也不可能不知道漢室衰落已經成為定局，曹操封公，封王也是大勢所趨，然而荀彧卻選擇背道而馳，和大勢所對抗，因此得罪了曹操，最終一命嗚呼。
那到底是什麼原因讓荀彧對於大漢對於獻帝忠心到這個地步呢？
我個人認為這個問題就出在“居中持重”上面，曹操在遷都許昌後，經常在外面領兵作戰，其內部的政務和朝廷的管理就都交給了荀彧，而這一恰恰導致了荀彧和天子漢獻帝長時間的接觸，因為當時荀彧是曹操的代言人，而獻帝則是國家名義上的領導者，他們之間必然會有溝通的。
而這個時間有多長呢？從建安元年（196）開始，一直到建安十七年（1）荀彧去世，他和獻帝在一起待了快二十年，這麼長的時間下來獻帝對於荀彧怎麼可能沒有影響，由於和天子的朝夕相處，使得荀彧對於天子產生了同情心裡，這在對外方面沒有問題，但在對內上面，荀彧就可能無法做到以曹操的利益為最優先了。
最終在曹操對於皇權產生直接威脅之時，荀彧被迫和曹操決裂，這無論對於曹操而言，還是對於荀彧而言，都是一個悲劇。