西晉的軍事制度沿襲曹魏，採用世兵制。晉武帝頒佈去州郡兵及封國制，並任眾王都督諸州軍事。東晉沿襲西晉軍事制度，但已有變化。因為皇權衰微，中軍往往有名無實，同駐京師的還有揚州都督所屬軍隊。外軍大多由世族的軍隊組成，統軍將領稱霸一方，其中荊州軍甚至超越中央。東晉多次北伐，確有助鞏固偏安之局，但如果方鎮具有野心，往往藉此篡位。關於兵源方面，因為戰亂軍戶大減，兵員改以募兵補充，或直接徵兵。
劉縣一個小小的地方竟然有五千脫產士兵，不能不說這是個怪胎，這也是因為劉縣的畸形產業撈取了大量的錢糧，為這只軍隊的存在奠定了物質基礎。這次新招募的軍隊當然不能全部脫產，只能算是半脫產，大部分招募的軍人還要參加農業生產。但是這和魏武的軍屯又有區別，相當於後世的生產建設兵團。
生產建設兵團是指中國建國後陸續組建的各類生產建設兵團，是中國透過軍墾這種特殊體制達到鞏固邊防，發展經濟，安置人員的目的，兵團成為黨、政、軍權合一，工、農、兵、學、商五位一體的半軍事化組織和社會經濟體系。這種屯墾戍邊、寓兵於民，平時搞生產，戰時能打仗的體制隨著國內外形勢的變化而越來越多的納入領導層的戰略考慮。
劉丹決定由獨立團第七營為骨幹在南陽郡設立南陽生產建設兵團，以第二營為骨幹建立襄陽生產建設兵團，以第一營為骨幹建立梁州的魏興和上庸二郡生產建設兵團。南陽兵團主要是為了抵禦北方和西方的入侵，同時為進攻前趙西安作準備；襄陽兵團只要是為了鞏固襄陽的統治，窺探荊州和江州；魏興、上庸兵團主要是為進攻漢中，拿下成漢政權準備。除了農業生產之外，劉丹還準備把一些工業生產技術如磚瓦廠、水泥廠、造紙廠、木材廠和家具廠等等投入進去，讓這些兵團的經濟儘快成長起來，自己養活自己，最終能夠帶動一方經濟。
其實北方的塢堡也可以看作一個建設兵團，只不過這個兵團基礎和規模太小，主要靠農業生產支撐，又是孤立存在，生存和發展的潛力有限，和劉丹的建設兵團差的太多。而且建設兵團的這種模式在開拓和建設邊疆的過程中發揮了巨大的作用，後世的新疆、內蒙古、黑龍江、蘭州、雲南、廣西等都有設立了兵團，為祖國的邊疆建設發揮了巨大的作用。
其實在中國古代就有屯墾，戍邊的傳統，劉丹也準備用建設兵團這種方式一步步地把版圖擴充套件開來，寓兵於民，這樣軍隊就不會成為一個沉重的財政負擔。因為兵團是地方和軍隊雙層管理，避免了兵團淪落成為軍官的私人財產，最後搞成我大明衛所那樣的怪胎。其實明朝的衛所也不只是貪官汙吏的問題，誰不想富國強兵？只是國家沒有錢，邊防軍都要自己養活自己，軍人全部變成軍奴，只會幹活不會打戰，不這樣幹活不下去。
隨州戰役震動了江南，火槍火炮的巨大威力震動江南，首先反應過來的是王敦，一萬軍隊全軍覆沒讓他驚慌失措，急忙率領大軍從姑孰退至潯陽和武昌，把持荊州、江
州和湘州三地，準備負隅頑抗，同時派出使者和劉巖和談。對此劉巖的態度很曖昧，虛與委蛇。
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建康司馬紹也派人過來洽談，商量聯合作戰一起圍剿王敦，最後要求採購一些火器。劉巖的表態是隨州戰役襄陽軍的損失也很大，暫時沒有能力對王敦用兵，而且襄陽地方狹窄，物質匱乏，養活不多少軍隊。至於火槍火炮，這個東西製造很複雜，消耗的生鐵很多，襄陽軍現在自己也沒有全部裝備，很多士兵都在用長矛，暫時沒有出售的可能。
此時江東會稽的虞潭在餘姚起兵，傳檄討沈充，明帝即授虞潭為會稽內史。前安東將軍劉超，宣城內史鍾雅，亦皆募兵舉義，與沈充為敵。義興人周蹇，殺死王敦所署太守劉芳，平西將軍祖約，亦逐敦所署淮南太守任臺，彼此俱效命朝廷，交口討逆。兗州刺史劉遐，臨淮太守蘇峻，已各率精兵萬人，同來勤王。明帝連夜召見，慰勞有加，並出庫帛分賜將士，眾皆踴躍。
王敦退守潯陽，讓沈充的處境變得尷尬和危險，明帝特遣廷臣沈禎，往說沈充，許為司空，勸令投誠。沈充嘆息道：“郡公識人不明，劉家小兒，斷乳未幾，致使疥癬之疾終成心腹大患。三司重任，我何敢當。帝所求唯我項上人頭爾。”遂自刎而死。沈禎帶其首級覆命。虞潭請誅沈氏全族，明帝不許。
明帝欲御駕親征王敦，被眾臣勸阻，中壘將軍溫嶠諫曰：“王敦兵強馬壯，雖遭小挫，主力猶在，加之潯陽長江天險，易守難攻，若堅壁相持，曠日持久，我竭彼盈，萬一蹉跌，雖有申胥等投袂起義，何補既往，奈何舉天子為孤注？當緩緩圖之。”
申胥即申包胥，春秋時楚國大夫。前506年，昔日好友伍子胥以吳國軍力攻打楚國，攻入楚都郢，楚昭王出逃到隨，伍子胥掘楚平王墓鞭屍。申包胥逃到山裡，派人責備伍子胥。為了復國，申包胥來到秦國請求幫助，一開始不被答應，申包胥便在秦城牆外哭了七天七夜，滴水不進，終於感動了秦國君臣，史稱“哭秦庭”。秦哀公親賦《無衣》，發戰車五百乘，遣大夫子滿、子虎救楚。吳國因受秦楚夾擊，加之國內內亂而退兵。楚昭王復國後要封賞申包胥，他堅持不受，帶一家老小退入山中隱居。從此申包胥被列為中國的忠賢典範。
明帝曰：“王敦謀逆，狼子野心，劉巖身負利器，虎視眈眈，終成朝廷心腹大患。為之奈何？”
郗鑑奏曰：“王敦在武昌、潯陽囤積兵馬，我們不若批亢搗虛，出兵收復鄱陽、豫章兩郡，斷其江州糧草兵源，進而攻入湘州長沙郡和荊州武陵郡。同時下令襄陽劉巖進攻江陵，留下孤零零的武昌和潯陽，困坐愁城，可不戰而下。”
明帝曰：“如此用兵曠日持久，師老民疲，此乃下策。劉巖多番推脫， 包藏禍心，恐怕不聽指揮啊。”
溫嶠曰：“不如任命劉巖為荊州刺史，勒令出兵，同時派一能臣為襄陽太守，窺其虛實。”
明帝嘆曰：“如此一來，這劉巖又是下一個王敦，朝廷這是飲鴆止渴，養虎為患啊。暫時只能這樣，準了！襄陽何
人可往？”
溫嶠曰：“譙國內史桓宣開濟好施，謙善篤厚，可擔此任。”於是詔桓宣為襄陽太守，即刻赴任。
明帝發兵奪取鄱陽，王敦回到武昌，害怕明帝和劉巖聯合出兵，終日憂心忡忡。後來聽聞隨州一半的兵馬撤回襄陽，同時襄陽軍在隨州大興土木，築高城牆，大笑曰：“劉巖父子包藏奸心，偷取襄陽，不思進取，此自守之賊，不足為慮也。”遂派大軍救鄱陽，與王師連番大戰，曠日持久。
朝廷詔桓宣為襄陽太守的訊息傳到襄陽，眾人都非常警惕，這桓宣可不是盞省油的燈，不好打交道。劉巖為荊州刺史？這是讓我們跟王敦死磕呀！
桓宣是譙國銍縣（今安徽省濉溪縣）人。建興元年（313年），琅琊王司馬睿擔任左丞相、大都督，任命桓宣為丞相府舍人。當時塢主張平自稱豫州刺史，樊雅自稱譙郡太守，各自佔據城池，擁有數千兵眾。司馬睿認為桓宣誠實忠厚，而且和張平、樊雅是同鄉，於是改任桓宣為參軍，派他前往收撫張平、樊雅。張平與樊雅因此派軍主簿跟隨桓宣到丞相府請求投降，司馬睿給他們都加四品將軍官銜，讓他們統領所部兵馬，防禦北方敵軍。後來，南中郎將王含聘任桓宣為參軍，受命協助祖逖招降張平、樊雅，遷譙國內史。
建武元年（317年）三月，司馬睿即晉王位，建立東晉政權。同年六月，豫州刺史祖逖率軍北伐，屯駐在蘆洲（今安徽亳縣），派遣參軍殷義拜會張平和樊雅。殷乂瞧不起張平，看到他的房舍，說將拿來作馬廄，看見一口大鍋，要用來熔鑄鐵器。張平說：“這是帝王的大鍋，天下清平時才能使用，怎麼能輕易毀壞！”殷義則說：“你不能保有自己的腦袋，卻吝惜什麼鐵鍋！”張平大怒，在座位上斬殺殷義，然後率軍固守，以抵禦祖逖。
祖逖率軍攻打他們，一年多未能攻克。祖逖便誘使張平部將謝浮，讓他殺掉張平，祖逖進軍佔據太丘。當時樊雅還佔據著譙城，與祖逖對抗。祖逖由於力量薄弱，因此久攻不下，於是向王含請求援兵。王含派桓宣率兵五百人援助祖逖。祖逖對桓宣說：“你先前已經勸說張平、樊雅，在他們那裡很有信義。請再次替我勸說樊雅。樊雅如果肯歸降，不但可以免死，還要提拔任用他。”
桓宣於是一人獨騎，只帶二人隨從於後，進見樊雅說說：“祖逖正準備蕩平劉聰、石勒，需要仰仗你作為後援。先前是殷義輕薄無禮，並非祖逖本意。現在如果和解，忠勳就可建立，富貴就可保全。如果還要固執，東府憤怒再派遣猛將，憑著你手下的烏合之眾，依據一座危城，強賊在北邊窺伺，國家從南面進攻，萬無一全。希望好好地權衡一下。”
樊雅設酒筵與桓宣結為朋友，派其子跟隨桓宣拜會祖遜。數天之後，樊雅親自前往祖遜拜會，請求歸降。祖遜讓樊雅返回安撫其部眾，樊雅的部眾都說前度數次辱罵祖逖，擔心怪罪不敢投降，樊雅因而再次閉城自守。祖逖率軍前往攻打，同時派桓宣進城勸說樊雅。樊雅斬殺異己之人，於是出城投降。