近代以前，福建的地位似乎並不那麼重要。
究其原因，主要是福建“八山一水一分田”，以山區丘陵為主，只在沿海地區分佈著少量平原，難以養活大量的人口。傳統中國是個農業社會，福建農業條件差，自然不會受到朝廷的重視。
晚清以後，中國沿海對外開放通商，福建北接浙江、南連廣東，重要性才日趨凸顯出來。
儘管如此，福建內陸大部分都是山區，交通閉塞，極為不便。
一個歷史冷知識是，八年抗戰期間，日寇經營臺灣已久，與福建只有一海之隔，卻只派兵佔領了福州、廈門、泉州等沿海城市。福建的廣大內陸，仍牢牢地掌握在國軍手裡。因為福建內陸山區實在太多，軍事佔領的成本太高。
革命軍進攻福建，同樣面臨著這個問題。楊烜定下的策略是，擒賊先擒王，先集中兵力攻下福州，再扶植楊國楨重掌福建，號令各府縣投降。
楊國楨做過三年閩浙總督，在福建還有不少門生故吏。他又是楊烜的叔父，由他出頭勸降內陸府縣，最是恰當不過。
正月初八，革命軍正式發動二次東征。
以往革命軍打仗，往往是水陸並行。這次東征，因為福建地形特殊，楊烜又要求集中兵力打下福州，陸軍主力只好乘坐海軍戰船，走海路直趨福州。
海軍運輸船數量有限，陸軍野戰步兵師裝備又多。革命軍只得大量動員民船，勉強滿足作戰需求。
革命軍二次東征，照例抽組形成東徵軍司令部。國事繁雜，楊烜不宜再深入前線。陸軍司令陳虹是楊烜最信任的戰友之一，此次擔任東徵軍司令，全權負責指揮二次西征。
行軍以海路為主，共編為四個梯隊。
第一梯隊由海軍南洋艦隊組成，擔任東徵軍先鋒，負責蕩平福建海面，清剿清軍福建水師。
第二梯隊由海軍陸戰隊組成，負責掃清福州外圍炮臺。
第三梯隊由陸軍步兵第四師組成，負責主攻福州。野戰步兵師人數太多，足有兩萬五千多人，缺少運載船隻，只得分出一部分兵馬走陸路。
步兵第四師三個步兵團一萬多人，乘坐戰船直趨福州，負責進攻福州。剩下一萬五千多人，從廣東潮州走陸路進入福建，負責進攻福州以南的漳州、泉州、興化三府。
第四梯隊主要由輜重隊組成，專門負責運輸輜重，保障作戰。
正月初十，東徵軍第一梯隊經過兩天航行，順利抵達泉州府廈門島。
廈門位於泉州府，與金門隔海相望。清軍福建水師提督駐地就在廈門，而金門則是福建水師金門鎮總兵的駐地。
廈門與金門，一向都是清朝在福建的海防重鎮。但福建水師廢弛已久，根本就不是革命軍的對手。
令革命軍海軍擔心的是，英國人可能會橫加幹涉。因為廈門是滿清對外通商的口岸，英國與滿清地方有過協議，由英國緝私船代為打擊中國沿海海盜、走私商。
福建地處上海、廣州兩處貿易中心的結合部，對外貿易十分活躍。加之廣東嚴禁鴉片，不少鴉片商人北上福建，帶來大量的鴉片走私活動。
滿清官府無力打擊鴉片走私，對此無動於衷。英國公使文翰徵得兩江總督同意，由英國軍艦代為打擊海盜、走私販。
英國方面的緝私船，其實只是一艘小型護衛艦“偵察”號。這艘並不起眼的蒸汽戰艦，卻把福建海盜、走私商打得丟盔棄甲。
而福建水師連海盜都敵不過，其戰鬥力就可想而知了。所幸現在克里米亞戰爭已經爆發，英國即將參戰，把遠東的軍艦都抽調到了近東。
中英已經建交，軍政府又對外宣告承認《南京條約》，繼續維持廈門、福州等地的通商口岸地位。
英國公使文翰審時度勢，下令“嚴守中立”。革命軍沒有洋人掣肘，作戰行動更加得心應手。
海軍南洋艦隊新裝備了一艘200噸級的鐵甲艦，定名為1853式炮艇。這艘炮艇正是楊烜巡視桂北時，乘坐的那艘試驗艦。
戰鬥中，這艘鐵甲艦一馬當先，衝入清軍福建水師泊地。福建水師戰船仍以老舊的趕繒船為主，火炮落後。炮彈打到鐵甲艦上，只留下一個輕微的彈印，就被彈了回去。
對鐵甲艦稍有威脅的，是炮臺上的重炮。為對付炮臺，海軍陸戰隊在炮臺兩翼登陸。這一屢試不爽的方法，居然在廈門再次奏效。
南洋艦隊在廈門、金門掃蕩一天，基本消滅了福建水師主力戰船。
廈門以西的泉州府、漳州府清軍風聲鶴唳，以為革命軍將要進攻泉州、漳州兩府。
不曾想，南洋艦隊在廈門休息了一晚，第二天早上直接北上，目標直指福州。蒸汽戰艦在海上來去自如，清軍只能望洋興嘆。
正月十二，南洋艦隊抵達馬江，在此與福建殘餘水師發生戰鬥。
馬江，實際上就是閩江。從福州東南烏龍江與南臺江匯合處，至入海口的一段的閩江，俗稱為馬江，又名馬尾。
馬尾有一處天然良港，四周群山環抱，港闊水深，可泊鉅艦。列強軍艦在福建海面遭遇颱風，常常駛入馬尾躲避風浪。
歷史上，左宗堂擔任閩浙總督時，看中了這處海港，在此建立了馬尾造船廠、福建船政學堂。
馬尾距離福州僅百里，又是福建的重要屏障，戰略地位相當重要。
南洋艦隊司令李銳率艦闖入馬尾，與福建水師殘餘戰船交火，再次大勝。他被馬尾的地形所吸引，當即產生了以馬尾為軍港的念頭。
從馬尾往西至福州，沿岸皆為崇山峻嶺，清軍在此設有多座炮臺。但清軍的大炮實在過於拙劣，以發射實心彈為主，射程又短，威力相當有限，對革命軍戰船威脅不大。
倒是清軍在閩江上鑿沉戰船，阻塞航道，有效遲滯了革命軍的行動。
兵來將擋，水來土淹。革命軍派出潛水員潛入閩江，在沉船船艙內安裝高能炸藥，使用爆破法清除水中沉船。
怡和公司已經發明了高度穩定的高能炸藥。這種炸藥成品為膠質，可製作成各個形狀，即便撞擊都不會引爆。要想引爆這種炸藥，只能透過雷管。
歷史上，雷管是由諾貝爾於1865年發明的。諾貝爾使用雷酸汞製作雷管。雷酸汞十分活潑，受潮後容易引發事故。楊烜則指導怡和公司彈藥廠，使用疊氮化鉛製作雷管，安全性、穩定性大為提高。
清軍只見革命軍在水下沉船處進進出出，卻不知道他們要以新式炸藥作水下爆破，以疏浚河道。
不少民船堵塞在閩江上游，躲在遠處圍觀兩軍交火。清軍堵塞河道，民船受阻，船民皆敢怒不敢言。
下午三時，水下炸藥敷設完畢。革命軍對外發出警報，驅散沉船附近的民船，自身各戰船也撤到安全距離以外。
三時二十分，南洋艦隊司令李銳一聲令下，引爆水下炸藥。只聽“咚咚咚”一連串巨響，閩江江面上掀起巨大的水浪。
沉船被高能炸藥炸得粉碎，木船碎屑浮上水面，順著水流飄向下游。清軍、船民都驚得目瞪口呆。
在時人的認知裡，炸藥都為黑火藥，黑火藥遇水受潮將失效。不知革命軍裝備了什麼火器，能夠在水下爆炸？威力大到能夠炸碎清軍的沉船？
不等清軍反應過來，南洋艦隊已經冒險透過沉船區，向閩江上游的福州進發。
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清軍守衛福州，以沉船、炮臺為憑恃，卻都被革命軍輕易突破。閩浙總督瑞麟聽說清軍接連敗北，守軍人心渙散，心裡早就慫了。
瑞麟聽取了徐師爺的計謀，決定移駐杭州。他把福州防務託付給福建巡撫王懿德，自己帶上囚犯楊國楨，經福州北門逃往浙江。