第一階段，卡卡西共培養了十種不同的神秘細胞；
第二階段，才進入到真正的研究階段。如果說培養期一共花了半年時間，那麼研究期持續了整整一年。哪怕卡卡西的本體並不在，卡卡西的木遁分身們也會一絲不苟完成研究與記錄！
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第一個研究課題，神秘細胞自身到底是一種什麼樣的特性？
為此，卡卡西分別準了單獨神秘細胞，以及各種不同特性催生快速成長神秘細胞。無一例外，這一細胞竟然具有極其強大吸收特性，更準確來說它會吞噬一切查克拉物質。強大的特性，吞噬比較緩慢；較弱的特性，吞噬極為快速。
是輪迴眼能力，讓自己的身體細胞同樣具備了吞噬一切查克拉特性強大本體。還是這樣身體，才孕育出了類似眼睛？
這個答案，卡卡西更親睞後者。就算是再強大種族，也不可能天生就能開啟六勾玉輪迴眼。最好例子，長門擁有最為優秀的漩渦一族血統，成年之後也不過是勉強使用輪迴眼基本能力。所以，是身體先一步影響到了眼睛的開啟，而後眼睛才影響到身體進一步完善成長。
因此，卡卡西的研究計劃在理論上是可行的。只要卡卡西讓自己的身體來到最適合眼睛提升狀態，眼睛自然會因為身體的改變發生改變！
第二個研究課題，一尾、三尾、九尾、十尾分別培育出來的神秘細胞，有什麼差別？
單純一尾細胞特性進行培育，需要消耗的一尾細胞特性非常之多，以至於卡卡西多次拜訪了砂忍村我愛羅；
同樣，單純三尾細胞特性進行培育，需要消耗的三尾細胞特性不在少數。一段時間，卡卡西在水之國找到了三尾本體；
九尾就地取材，一如九尾強國其它尾獸太多，九尾細胞特性對前面兩者產生了碾壓效果；
星忍村的“星”最後還是待在卡卡西實驗內，將單獨十尾查克拉培育與前面三者進行比較。卡卡西發現了一個異常有趣現象，十尾查克拉特性竟然是最高度契合神秘細胞的那一個！
第三個研究課題，一尾、三尾、九尾，共同催生培育出來的神秘細胞。一尾、三尾、九尾，十尾共同催生培育出來的神秘細胞。二者，有什麼差別？
首先，必須承認神秘屍體細胞本身，對尾獸查克拉有著非常好適應性，彷彿刻在細胞裡烙印。哪怕是一尾、三尾、九尾，亦或是一尾、三尾、九尾、十尾這樣的組合查克拉特性，最終都要被神秘細胞化為自己的生長養分；
其次，如今的十尾細胞特性就像是一個空殼，當它吸收到了一尾、三尾、九尾之... ...