三天之後，劇組完成在了美國的拍攝，前往廈門拍大學部分。
1990年，高曉松在暑假的時候，到廈門大學體驗生活，和當時在廈大讀新聞廣告專業的女孩紅結識。在見面一瞬間，高曉松就抑制不住自己狂熱的心跳，瘋狂愛上了這位大他兩歲的紅。
一個早晨，高曉松在為紅梳頭的時候，突然說了一句“有了”，他來不及找紙，就在一本書的封底上，記下了他瞬間的靈感，留下了《同桌的你》的初稿。這首由初戀女友帶來創作靈感，相伴著初戀優美而略帶憂傷的動人旋律，成了高曉松的成名作。
由於《同桌的你》是在廈大創作的，高曉松在寫《同桌的你》劇本第一稿的時候，把故事放在了廈大。可由於《一起去看流星雨》在廈大取經拍攝，帶來了極為惡劣嚴重，導致廈大拒絕了《同桌的你》到學校取經的要求。
《同桌的你》劇組沒料到會出這種狀態，劇組已經在北平的攝影棚中，按照按著廈大的樣子搭了很多景。如果不能在廈大拍攝，換成其他大學，那搭的景將全部作廢，不但會浪費一大筆錢，而且拍攝週期會大大延長。
萬般無賴之下，劇組想出了一個辦法，在廈門的集美大學和華僑大學取景，用這兩所大學的建築來冒充廈大，畢竟觀眾不知道哪些建築是廈大的，哪些是其他大學的。
這種做法其實很不地道，但劇組確實沒有更好的辦法。
由於得到集美大學和華僑大學的大力協助，劇組的拍攝工作進行得非常順利，不到兩週的時間便完成了在廈門的拍攝。隨後劇組回到北平，開始拍高中和大學的室內戲。
當時間來到11月中旬，經過將近兩個月的拍攝，《同桌的你》拍攝終於走向尾聲。這天下午，劇組開始拍攝《同桌的你》最後一場戲。
在非典的時候，林一因為出現感冒發燒的症狀，被關進了隔離樓。周小梔聽到隔離樓有人被醫院救護車拉走，非常擔心林一被感染。她叫上好朋友們，將林一從隔離樓裡救了出來，他們也都因為這件事集體背上了處分。
周小梔聽到隔離樓有人被拉走，以及林一牽著周小梔的手逃出隔離樓，在校園裡奔跑躲藏的部分都已經拍完。今天拍攝的正是周小梔透過樓梯爬到二樓窗戶前，打破窗戶玻璃，說服林一，讓他跟自己走的部分。
由於這部分不方便在學校拍攝，劇組便按照廈大隔離樓的真實樣子，在攝影棚裡專門搭建了一棟樓。說一棟樓不準確，其實只搭了三層。從外面拍大樓，只能拍到第三層。要是再往上拍，就會穿幫。
下午五點，劇組開始拍最後一個鏡頭。
方致遠快步走到周東雨面前，憤怒地咆孝道：“你瘋了嗎？你！”他手忙腳亂的撒開一個醫用口罩外面的熟料袋，把口罩取出來，飛快地給周東雨戴上：“我都和你說了，這樓裡面有病毒！如果我被傳染怎麼辦？”
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周東雨的態度非常堅決：“我不管！要病就一起病！”
方致遠大聲命令道：“你馬上給我回去！馬上！”他又衝陪周小梔一起來的朋友喊道：“李瀟，把她給我帶回去！”
周東雨毫不退讓地道：“要是你不出來，那我就進去！”
方致遠簡直快瘋了：“你怎麼這麼倔啊！”
周東雨目光突然變得溫柔起來：“你不是說，要帶我去一個只有我們兩個人的地方嗎？”說到這裡，她的眼眶有些紅了，聲音也有些哽咽：“要是你有什麼三長兩短，誰陪我去啊！”
方致遠怔怔看著周東雨，眼眶瞬間噙滿淚水。
周東雨深情地道：“哥哥，我把十三分鐘還給你！”說到這裡，她流著淚將右手伸向方致遠：“跟我走吧！”
方致遠眼淚一下滾落下來，他伸出右手，緊緊握住了周東雨的手。
監視器後杜洋眼眶紅紅的，但臉上卻掛著姨母般的笑容。她覺得這一幕美麗至極，也動人至極，相信等到電影上映的時候，很多人都會被深深打動。
郭凡也露出了笑容，覺得方致遠設計的這個伸手的動作極其巧妙。
非典的時候，周小梔冒著風險來找林一，她向林一伸手，並對他說跟我走吧。十年之後，當週小梔婚禮的時候，林一向周小梔伸出手，對她說，跟我走吧！他們最終作出了相同的選擇，因為他們心裡都還有對方，都深深的愛著對方。
郭凡將監視器畫面調出來仔細看了看，方致遠和周東雨的表演都極為出色，幾乎沒有任何瑕疵。他們的表演層次清晰，而且情感極為真摯，給人極強的代入感。而這場戲本來是比較簡單，不需要作深入發掘，不需要一遍遍拍。
在確定錄音和攝影沒問題後，郭凡重重地呼出一口氣。他站起身來，拿著步話機大聲宣佈：“這個鏡頭過了！《同桌的你》正式殺青！”
整個攝影棚瞬間成為歡樂的海洋，掌聲歡呼聲響成一片。很多關係不錯工作人員擁抱在一起，畢竟劇組只是個臨時單位，電影拍完劇組就會解散，大家就要各奔前程，下場見面不知道要到什麼去了。
殺青宴是電影殺青的標準流程，國內劇組是避免不了的。《同桌的你》自然不會例外，專門在酒店準備一場豐盛的晚宴犒勞大家。
方致遠是電影的男主角，跟杜洋、郭凡、周東雨他們坐在一桌。殺青宴開始後，郭凡端起酒杯對，眾人道：“《同桌的你》正式殺青了！短短兩個月的時間，我們從國內拍到國外，輾轉了四座城市，真的很不容易！大家都辛苦了！我提議，我們大家幹一杯！”
眾人都將酒杯端了起來，互相碰了碰杯，一飲而盡。
郭凡的第一部電影《李獻計歷險記》票房慘澹，如果不是杜洋讓他拍《同桌的你》，那能不能拉到投資，甚至連能不能拍電影都要打個問號。他對杜揚非常感激，因此第一杯酒敬給了杜洋，隨後他開始依次敬酒。
輪到方致遠的時候，郭凡端著酒杯由衷地道：“致遠，你能來演林一，真的是我們這部戲最大的幸運。你不但奉獻了極為精彩的表演，讓這部戲的表演熠熠生輝，而且提了很多很好的建議，讓劇本得到了很大的改善！我相信你未來不但會成為頂級的演員，還能夠成為頂級的導演！我把話放在這裡了，我下一部戲還要做你做來演！”
方致遠心想你下一部戲是《流浪地球》啊，找我來演，是讓我吳精那個角色呢，還是屈楚蕭那個角色呢？他跟郭凡碰了碰杯，笑著道：“那我們說定了啊！到時候只要你說一聲，我肯定來。我是科幻迷，你也是科幻迷，如果可能，我希望我們合作的是科幻片！”
等到杜洋他們跟方致遠碰杯後，周東雨將自己的杯子端了起來：“方大學霸，我敬你一杯！你是我見過最厲害的演員，跟你一起拍戲，我學到了很多！我真的很少服人，但對你，我是心服口服！希望以後還能繼續合作！”
方致遠上一世跟周東雨是朋友，知道她雖然看上去驕傲小可人，但實際上是男孩子性格，內心極為強大，不會輕易認輸。他非常認真地道：“你現在只是經驗太少，閱歷不夠豐富，像你這種天賦型演員只要閱歷上來，肯定會成為其他人仰望的物件！”
周東雨無語地道：“我怎麼感覺你在罵我啊，如果我是天賦型演員，那你是什麼型演員，是怪物型演員嗎？你才是天賦型演員！跟你一比，我感覺自己毫無演戲天賦！”
眾人被周東雨的話逗樂了，都哈哈大笑起來。
郭凡笑得尤其誇張：“東雨，你說得太對了！致遠真的不是天才型演員，他就是怪物型演員！爾冬升導演不是說了嘛，他是一隻會演戲的妖怪！”
今年上半年上映的青春片《致青春》取得了7.2億的驚人票房，而《同桌的你》是根據耳熟能詳的歌曲改編，又有方致遠和周東雨兩位當紅明星出演，製片人杜洋和光線影業對這部電影寄予了極高的期望。
杜洋和光線影業在宣傳上也下足了功夫，十月份劇組在美國時代廣場拍攝時候，專門搞了一場百人齊唱《同桌的你》的快閃活動。不但美國當地的華人媒體進行了報道，國內媒體也都進行了相應的報道。
現在電影正式殺青，杜洋他們便第一時間通知了媒體。第二天早上，國內各大媒體都報道了《同桌的你》殺青的訊息；到了中午，電影殺青的訊息還被登上了新浪微博的熱搜。
方致遠原本打算好好休息幾天，養精蓄銳，然後為下個月月底開拍的《智取威虎山》作準備。《智取威虎山》是紅色經典，很多觀眾對這個故事是倒背如流，對其中的人物極為熟悉。只要表演上稍微出點偏差，都會引來觀眾質疑。
《智取威虎山》講的是解放前東北剿匪的故事，由於時代不同，生活環境不同，大家思維方式都存在著明顯差別。要演好這部戲必須瞭解當時的社會，理解劇本、理解人物，必須作大量的桉頭工作。
方致遠打算休息幾天，就開始分析劇本，做桉頭工作。
沒想到就在這天晚上，方致遠接到了徐客的電話。徐客笑呵呵地表示：“致遠，我看報紙上說《同桌的你》拍完了。你好好休息幾天。下週星期一，你過來試試妝。《智取威虎山》是戰爭戲，演員必須進行為期半個月的軍訓，時間是下個月月初。”
方致遠爽快的表示：“沒問題。”