明妮·魏特琳擔任金陵女子文理學院院長和教育系主任，身後留下了一部日記，其中詳細記載了她親身經歷的侵華日軍南京大屠殺的罪行，以及此後數年間日軍在南京實施殖民統治的情況。
“1937年12月13日，日軍從南京坍塌的城牆缺口蜂擁而入，日軍開始持續六週的大屠殺，強姦、搶劫、焚燒。此時婦女和兒童蜂擁來到金陵女大的難民收容所，一個個驚恐萬分。“
日軍屠城的第二天(1937年12月17日星期五)：“又有許多疲憊不堪、神情驚恐的婦女來了，說她們過了一個恐怖之夜。曰本兵不斷地光顧她們的家。從12歲的少女到60歲的老婦都被強姦。丈夫們被迫離開臥室，懷孕的妻子被刺刀剖腹。”
如1937年12月16日(星期四)的一段日記：“我不知道今天有多少無辜、勤勞的農民和工人被殺害。我們讓所有40歲以上的婦女回家與她們的丈夫及兒子在一起，僅讓她們的女兒和兒媳留下。今夜我們要照看四千多名婦女和兒童。不知道在這種壓力下我們還能堅持多久，這是一種無以名狀的恐怖。”
“我們怎麼也忘不了在校門口目送妻子、女兒進入收容所的那些丈夫、父親的面容。”
“一天中的大多數時間我都像衛兵一樣守衛在前門或是被叫去處理其他問題———跑到學校的其他地方去對付進入校園的一批又一批日本兵。”
“今天看到一個中國小男孩戴著一個臂章來給住在金女大的姐姐送飯，便上前對那小孩說：“你不用佩戴太陽旗，你是中國人，你們的國家沒有亡！你要記住是哪年哪月戴過這個東西的，你永遠不要忘記！”之後我將臂章拋在地上.“
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“我們這些人認為戰爭是民族的罪行，是違反在天地萬物心靈深處創世精神的一種罪過，但我們可以把自己的力量奉獻給那些無辜受害者，以及獻給那些家庭被燒、被搶，或是那些在戰爭時期被大炮、飛機炸傷的人，幫助他們康復。”
“從軍事角度而言，佔領南京也許會被認為是日軍的一個勝利，但從道義方面而言，這是失敗，是日本民族的恥辱。”
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“魏特琳幾次拒絕了美國大使館讓她撤離的建議，最後更是在美國大使館最後一次召集所有尚滯留南京的為數不多的美國公民，警告他們：“再不撤離，以後我們將無法保證你們的生命安全。”魏特琳再次堅定地表示.
“我不能在這個時候拋開中國！”然後，她在大使館出示的“無論如何也不離寧”的證書上簽上自己的姓名———這是她第四次鄭重拒絕了美國大使館要她離開南京的要求。
1937年12月13日，日軍攻入南京城，一直生活在和平環境與工作在學校中的魏特琳第一次目睹了日軍令人髮指的暴行，感到震驚與憤怒。12月16日她在日記中寫道：“今晚一輛載有8———10名女子的車子從我們這兒經過。當車子開過時，她們高喊‘救命，救命’。街上和山下不時傳來的槍聲，使我意識到又有一些人遭受悲慘的槍殺命運，而且很可能他們不是士兵。”
12月13日晨，日軍首批由中華門入城後，到處姦淫掠燒殺。此時婦女兒童蜂擁而來金女院的難民收容所。有青年婦女裝扮成老婦的，有女扮男裝的，還有老婦、兒童和男人，一個個驚恐萬分。
魏特琳守著大門勸說，為了多保護一些年輕女子和兒童，請男士和老婦回家。難民們哭著求著，只要能在草坪上有一個立足之地。保護上萬婦孺的人生安全，在當時特殊的環境裡，談何容易！
魏特琳面對的是一群比野獸更為兇殘的日本侵略兵，他們不可理喻。美國教會學校的牌子，國際安全區的佈告，對他們沒有任何約束力。在日軍進城的頭10天裡，每天至少有10到20群日本兵到金女院抓人，強姦婦女、搶劫錢財。
他們不僅從學校的大門、側門強行入內，還有翻越圍牆進校園，更有夜間從學校低矮的籬笆上爬過來，在無燈光的大樓裡，樓上樓下亂摸一氣，摸著哪一個就對她強姦。
魏特琳一面組織校內教職員工巡邏校園，一面請來在“國際安全區”服務的外籍男士輪流守夜。她自己更是日夜操勞，不是守在門房，就是被叫去阻止進校來奸掠的日兵，從他們手裡奪回中國婦女。
她整天無法吃上一餐安頓的飯，無法睡上一個安頓的覺。不少日兵因此惱怒，拿著血跡斑斑的刺刀威脅她；還有的野蠻地打她耳光。華女士都忍受了，她自覺地承擔了保護萬餘名中國婦女兒童的重任，她說，金陵女院就是我的家，我絕不離開。
可是就是這樣的一個救助了那麼多中國人的友人卻在1940年的時候被某些媒體無端誣陷.
1940年4月初的一天（即汪精衛偽政府在南京成立後不久），《紫金山晚報》上刊登了一篇名為“真正的罪犯”的文章，將矛頭對準在南京大屠殺期間幫助中國難民度過困難難的西方人。
自稱“真相衛士”的作者表示：“讓我們看看那個所謂的慈悲女菩薩吧！明妮·魏特林其實是一個人販子，一個出賣中國人的叛徒。我們必須揭露她，必須把獻給日軍的那些婦女和姑娘們的帳算在她頭上。”（事實上，日軍幾乎把所謂“金女大”當成一個妓院對待，1937年的平安夜，日軍的某一高階軍事顧問表明：“我們從1萬難民中挑選100名妓女。”並且，魏特琳要求對方必須“許諾不會抓走良家婦女，並且要讓姑娘們自願。
或許很多人確實接受不了這樣的選擇，但是這在那種時候確實是最無奈的一個選擇.
在猖狂的曰本人的槍炮之下，能保住一些人已經是魏特林能做到的最大限度的努力了.
而因此她也遭受著無邊的自我良心的譴責和折磨，就在被媒體汙衊栽贓之後幾天魏特琳遞交了辭職報告。她患上了嚴重的精神抑鬱症。