在日軍即將攻城之前，以拉貝，魏特琳等人發起建立的安全區，雖然從一開始就沒得到日方的正式答覆，也就是說日方並沒有明確表示接受有安全區這麼個東西，但是當南京淪陷之後，這些安全區還是成了生活在南京，逃難到南京的百姓以及潰兵的避難之所.
喬峰把聖瑪麗教堂設定為了類似安全區的地方.
這裡是人們以為的避難所，所以會有老弱婦孺避難於此.
但事實上，所謂的安全區並不安全.
曰軍攻陷南京中華門後，在中華門外，輪姦少女後.又迫使過路僧侶續與行奸，僧拒不從，竟被處宮刑而死。
南京婦女無不人人自危，紛紛避難於外僑所組織的國際委員會所劃定的安全區.
但曰軍不顧國際正義，竟亦逞其獸慾，每乘黑夜，越牆而入，不擇老幼，摸索強姦.
在電影裡，聖瑪麗教堂裡的老幼婦孺自然是無法避免的.
所以，攔阻曰軍逞獸性的安妮會給推倒，會挨耳光.
所以，會有學生，婦孺被曰軍侵害，或死或瘋.
喬峰想要告訴觀眾的是聖瑪麗教堂不是安全的避風港，它只是一個暫時可以為人們遮擋一下風雨的草棚，搖搖欲墜不知什麼時候就會傾覆.
原版金陵十三釵裡，對這點展現的很不夠.
在裡邊，秦淮姑娘可以嬉笑打鬧，還喝紅酒，還弄個外國人來玩曖昧，調情，最後還獻身一把.
那很不好，很不嚴肅.
在那樣的環境，那麼危機，隨時可能被侵害，死掉的情況下，沒人會有那種心情.
就算她們真的不是很清楚外邊發生了什麼，但滿大街都是死人，她們都從秦淮河上逃出來了，那大體應該是有所感受的.
怎麼可能還那麼輕鬆.
雖然，金陵十三釵是一部商業片，但既然你拍的是歷史，那麼起碼要尊重一下歷史.
所以，喬峰直接抹掉了原版金陵十三釵裡那個美國收屍人，假神父.
這裡邊不需要情愛.
還有也是金陵十三釵裡最被人詬病的一點就是最後所有的秦淮姑娘替代了學生去為曰軍獻唱.
不是說秦淮姑娘替學生們去不對.
而是說出發點無法讓人接受.
原版裡邊是說因為她們反正是混秦淮河的，做的就是迎來送往的營生，反正就那麼回事，給誰不是給.
還有什麼“沒福氣做女學生，裝裝樣子，過過癮”之類的.
當然，沒福氣做學生裝裝樣子之類的話肯定不是發自內心的，只不過是電影裡用來說服自己的一個理由.
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但是和真實歷史上差不多的，就是秦淮姑娘替學生去獻唱真的就是因為她們的出身，她們是窯姐.
只不過電影裡她們是自己決定去的，歷史上是被無可奈何的魏特琳還有其他良家逼著去的，她們只是認命了.
事實上，在那個年代，換了其他人處在魏特琳她們的那個位置，恐怕也會是做出這樣的決定.
但電影畢竟是拍給現在的觀眾看的.
不處在那個年代，那種絕望的境況下，沒人能真的設身處地的認可魏特琳她們的絕望的，無可奈何下的決定.
觀眾只會覺得憑什麼，憑什麼窯姐就要替學生，難道就因為她們是賣的，她們不是處的，她們不乾淨，而學生是處的，是乾淨的嗎?
窯姐難道就沒有人權了嗎?
是的，那時候的窯姐就是沒有人權的.
她們淪落風塵並不是自己心甘情願的，而是被賣到窯子裡邊的.
一件貨物哪有人權.
其他的人都在敵視她們，蔑視，打心底瞧不起她們，哪裡在意她們的看法.
在不得不犧牲的情況下，不犧牲她們犧牲誰.
甚至，很多人會認為她們那不叫犧牲，那就是她們的命運.
但現在的觀眾肯定是沒辦法接受這樣的觀念的.
就像斯皮爾伯格在聽了喬峰講的關於魏特琳日記裡邊，她們鼓勵，甚至是逼著那些藏在安全區裡的妓女，把她們送給曰本人的時候厭惡的說那是在犯罪一樣.
不管出於什麼理由，讓人替別人去遭罪，去死在我們看來那都是不對的，那就是在犯罪.
即使在電影裡表現出來的是秦淮姑娘自願替學生去，那也不對.
就因為出身不好，是妓女，所以要替別人死，而且還心甘情願的去死，這表達的觀點就不對，三觀就不正的.
強行以身份的不同，以一種妓女就是一種原罪，只有他們犧牲了才能洗白自己，才能贖罪來昇華主題，觀眾看了就會覺得膈應，就算說不出來為什麼，可是心中就是有一種想法，這個理由站不住腳.
所以，喬峰改了，安排了聖瑪麗教堂裡還有一些別的婦孺難民.
一來是要營造那種城破後滿目瘡痍，流民遍地的悲愴感.
不能說像原版一樣，一開始竟然像一個能喝酒，嬉笑打鬧的世外之地.
二來就是為後來替學生去獻唱打的伏筆.
十三位女學生被曰軍軍官要求去獻唱，秦淮姑娘裡的老大玉墨提議她們代替學生去.
可是除了小跟班紅菱外，別的姑娘並不願意.
“好，有種你們就在這裡藏到底，佔人家地盤，吃人家口糧，看著日本人把那些小丫頭拖走去禍害！你們藏著是要留給誰呀？留著有人疼有人愛嗎？”
玉墨像個潑婦，一句話出口，好幾頭捱罵，但又不能確定她究竟罵誰。“藏著吧，藏到轉世投胎，投個好胎，也做女學生，讓命賤的來給你們狗日的墊背！”
一頓劈頭蓋臉的罵，有的被罵的認命了，但有的依然不願意.
這才是人之常情.
畢竟事關生死，一番話就能說的大家都認命，所有姑娘都同意去狼窩，那真的太假了.
有句話說的好，人不為己天誅地滅，讓所有人都心甘情願違背別人付出生命，你就是人民幣也做不到啊.
更何況只是一個窯姐裡的大姐大.
十三位學生，本身秦淮姑娘的人數就不夠，還有人死活就不願意的，人數不夠怎麼辦?
這時候幾十個婦孺裡邊有人站了出來.
因為在玉墨罵了其他姑娘之後，有的改變了主意同意替學生去的姑娘是這麼說自己改變的原因的，我們好歹活了二十大幾了，她們才十來歲，於心不忍這麼小的孩子就要面對那些慘事.
我替她們，讓她們替我們好好的活著.
這樣的話觸動了大家，婦孺中有很多人都表示為了孩子願意替孩子們去.
看，這麼一來主題就和原來大不一樣了.
同樣都是替孩子們去遭受凌辱，去死，現在有秦淮姑娘，有普通女人.
姑娘們一開始拒絕，那是因為她們有基本的人格尊嚴.
後來有人又同意了，還觸動了婦孺中的不少人站出來，那是因為大人保護小孩這是一種任何時候都有的普世價值觀.
因為這個理由大家犧牲，觀眾不會覺得無法接受，特別是裡邊還有普通女人，觀眾也就不會下意識的認為是因為身份的不同，因為是妓女的身份所以電影才會讓這些人去犧牲的.
劇本進行了大幅度的改動，原版金陵十三釵裡不合理的讓人詬病的地方都進行了改動補充.
喬峰和斯皮爾伯格就拍攝取景等問題進行了細緻的溝通，然後斯皮爾伯格回去準備建組，喬峰則負責選演員以及和內地部門進行溝通.