趙高最終還的帶走了朱慈烺這個倒黴孩子，如果歷史沒有改變的話，等過兩天李自成攻破北京城，這個孩子被大太監帶去敲自己外公的人，然後會被外公趕走，最終下落不明。
與之一起的還有禮部侍郎方逢年，崇禎的原話是此人能力有限，但是資歷夠老又足夠忠誠，如果太子年幼不能服眾的話，有他在，平穩朝堂就很有用處。這大概也是他最後一個還能幫上點忙的大臣，剩下的那些大臣，有的已經準備投靠新主博取富貴，有點則準備殺身成仁博取名聲，從崇禎看來，後者並不必前者高尚多少。
三月十七日，崇禎最後拒絕李自成的議和條件。三月十八日，李自成親自率軍攻打九門，太監曹化淳獻彰義門，兵部尚書張縉彥獻正陽門，外城陷落。三月十九日，崇禎召集百官卻無一人至，以發覆面自縊於煤山之上。
此時的趙高已經帶著朱慈烺沿著運河到了滄州，等待崇禎殉國的這一天，趙高準備好了香案，讓小太子站在船頭，對著北方而拜，小太子驟逢鉅變，眼前只有方逢年算是老熟人，從他八歲開始就是他的老師，不由得把目光投了過去，方逢年此時雖然沒有得到訊息，但他人老成精，大概也知道發生了什麼，便示意小太子行三拜九叩大禮，自己在一旁痛哭不已，草草行過禮之後，趙高迅速把香案全都扔進了運河之中，再次趕路，他必須在南明的皇帝繼位之前把小太子朱慈烺送到南京。
好在去南京的一路上順風順水，雖然到處都是亂兵雜匪，可趙高帶出來的這五百名軍士甲冑鮮明，倒也沒有哪個不懂事的前來挑事，等船行到了揚州，與趙高的“翼軍”再次匯合的時候，已經是四月二十，此時崇禎的死訊已經傳到了留都南京，南京的文臣武將已經決議立藩王為帝，然後揮師北上恢復國土，但具體擁立何人則相互之間爭吵不休。
根據“皇明祖訓”，有嫡立嫡、無嫡立長，神宗長子光宗一脈已無人能繼位，而次子朱常漵甫生即死，三子朱常洵雖已亡故，但其長子朱由崧仍健在的情況下，按照兄終弟及、父死子繼的順序，第一人選為福王朱由崧（前有嘉靖帝繼位為例）；但錢謙益等東林黨人則由於之前的“國本之爭”事件，心存芥蒂，違背了東林黨在國本之爭中的立場，以立賢為名擁神宗弟弟朱翊鏐之子潞王朱常淓；史可法則主張既要立賢也要立親，擁立神宗七子桂王朱常瀛。三派之間互有紛爭，幾乎要兵戎相見，而復社之中，意見也早已分裂，不過相互協調之下，各方勢力還在相持著。
而此時的福王朱由崧，已經取得了大太監盧九德的幫助，又獲得了高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清以及鳳陽總督馬士英的支援，在競爭中佔足了優勢，初步定於五月初三監國，五月十五即皇帝位，連年號都定好了“弘光”。
可惜朱由崧的皇帝夢還沒開始做，五月初一的時候，趙高已經帶著朱慈烺，收服了江北諸將，來到了南京城下。
南京陪都中，見過太子的舊臣並不在少數，更何況旁邊還有老臣方逢年，更有趙高的近萬“翼軍”和剛剛收服數萬江北諸鎮的守軍，這些守軍的將領，大多都見過太子，方逢年拿出詔書，便立即收服了他們。
此時人心所思不過是一個正統的名義上的君主，原先無論立福王潞王又或者是桂王都會有人不服，相互之間就比誰的勢力更大一些誰就是勝利者。而佔據著大統名分的太子登場，其餘的人便再也沒有了機會，福王朱由崧雖然已經住在了宮殿之中，手下也有人馬追隨，就準備擇日登基了，此時有心不開城門，可在大義的名分下，連一向支援他的盧九德看見朱慈烺，也跪伏在地痛哭，就知道大勢已去，無可奈何之下，只好開城迎接。
等朱慈烺拿出那份崇禎的遺詔的時候，最後一點點名義上的瑕疵也完全消失，南明雖然現在還分為各種勢力，那只是因為缺乏一個能夠得到認可的君主，朱慈烺既有太子的名分，又有崇禎的詔書，統合起來難度也不是很大。
本來朱由崧已經準備好了登基所需的一切事物，現在是為他人做嫁衣裳，等到五月十五的時候，朱慈烺正式登基為帝，年號“光華”仍晉封朱由崧，朱常淓，朱常瀛為親王，在南京城**衛新帝，同時用復仇的口號，把所有能夠團結的勢力再次集中起來，整頓軍備軍紀，備足征戰糧草，在剔除了原先已經腐爛的朝廷眾臣之後，整個南明小朝廷竟露出了一份生氣來。
而與此同時，李自成佔據了北京，統領了中原，也同樣被放置到了火爐之上，原先朱明坐在這個位置，不得不三線作戰，由一個龐大的帝國活活的被一點一點拖垮，而攻破的北京城的李自成顯然被勝利衝昏了頭腦，自認已經天下為我所有，一紙諭令就試圖讓吳三桂投降，吳三桂稍有遲疑就砍殺了他全家立威，吳三桂本身還在猶疑之間，也只好放棄了山海關，帶著關寧鐵騎投奔朱慈烺而來；
滿清在多爾袞的帶領下，同樣以為崇禎報仇為名，攻入山海關，與李自成三戰皆勝，成功佔據了北京城和山西地區，不過此時除了原先投降李自成的官員之外，很少有人願意出仕，滿清的統治也並不穩固。
在西部，李自成派人封張獻忠為蜀王，張獻忠大怒，趁滿清和李自成交戰之際，出兵佔據了李自成的陝西和湖廣部分西部地區，進逼河南；
朱慈烺的南明也同時出兵，山東和湖廣的東部地區的部分守軍望風而降，一時之間，原先風風火火的大順，竟在三個月之間，只剩下了河南一小片地盤。
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三線作戰的朱明，堅持了近二十年，那是因為有著兩百年的積累。三線作戰的大順，只堅持了不到兩個月，就匆匆敗退，並且是一退再退。
六月十五日，提督諸營權將軍，澤侯田建秀戰死於山西，
六月二十一日，李自成的夫人，高桂英戰死於陝西。
七月一日，襄陽衛左威武將軍高一功全軍被圍，無奈之下，投降了朱慈烺，
七月九日，大將劉宗敏被困山東，突圍時被亂箭射死。
七月十一日，軍師丞相牛金星戰敗，乞降時被滿清貴族豪格擊殺。
七月十六日，李自成在河南的一片窪地中被幾名農民用鋤頭砸死，也有一種說法，李自成化妝成一名僧人，不知所蹤。
總而言之，一時之間浩浩湯湯的大順政權，在幾個月之間就煙消雲散，原先佔據的中原地區，則被三方勢力瓜分，除了幾個殘卒在山野之間充當流寇之外，宛如一首雄壯的悲歌，迅速消失在了歷史之中。