崇禎十七年四月二十三日，李自成山海關大戰潰敗的第二日，崇禎皇帝朱由檢在太子朱慈烺，錦衣衛指揮使周世顯，兵部尚書史可法，以及數千護駕兵馬的陪同下，乘坐龍舟抵達了南京城外的燕子磯。
聖駕在浦口大營登船，近百艘大小船隻橫渡長江，宛如從天際而來，浩浩蕩蕩，可謂是“氣派非凡”。
南京的官紳數千人，還有無數城中百姓都早已經在城外等候多時，天子聖駕，在這個時代，是神聖無比的，江南又向來富饒，閒人也多，又有官紳安排，自然引得無數人來圍觀朝見。
崇禎皇帝之前在淮安的時候，已經把這些官員敲打得服服帖帖了，南方堆積如山的政務在他宵衣旰食，夜以繼日的幾日批閱之下，重要的事情也已經基本處理完畢。
因此，此時整個南京上上下下，除了中央的官員之外，還有不少周圍省份的巡撫和將領，也都受詔，前來覲見天子。
朱慈烺好幾日之前便連續往返於南京和浦口之間，他受崇禎的命令，負責祭祀的準備工作，又提前檢閱了南京京營，準備演習之事，可謂是忙得連軸轉。
不過，這也給了他機會，提前和南京的實權太監們熟悉了起來，還有京營裡的勳貴們，朱慈烺稍稍丟擲了橄欖枝，便有人直接跪了下來，要跟隨他建功立業。
畢竟，這樣的機會可不多，說不得一輩子就這一次，別人就是想跪，恐怕也沒這個地跪。
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當然，朱慈烺也並未要與文官作對，那不是他的敵人。只不過是為了避免朝堂失衡，他必須早有準備，李邦華和倪元璐就是他的人，史可法也算半個，這些都是他快速實現自己練兵計劃的巨大助力。
崇禎皇帝登岸之後，先是拜謁了孝陵，然後從南京城的朝陽門進城，沿途群情激動，熱鬧非凡，看得崇禎和周皇後都滿心歡喜。便是朱慈烺看了，也不由得佩服起了這個時代的官員，在虛張聲勢，搞面子工程方面，比後世還要強。
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因為南京城的皇宮還沒有修復完全，崇禎的聖駕暫時停留在了內守備府。等到第三日的時候，崇禎才得以移駕皇宮，由此也正式頒諭天下，在南京重建朝廷。
而後，崇禎皇帝依照之前和大臣商議的結果，在南京皇宮正式頒佈了南京朝廷的各級官員任命。
原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼兵部尚書，入閣辦事；原都御史李邦華為東閣大學士，仍任原職；原戶部尚書倪元璐加東閣大學士，兼任戶部尚書；馬士英加東閣大學士、令右副都御史銜，仍任鳳陽總督；
與此同時，南京原本的各級官員也做了些許調整，以原詹事府詹事姜曰廣為禮部左侍郎，以張慎言為吏部尚書，以高弘圖為戶部侍郎，以劉宗周為都察院左都御史，其他衙門官員亦先後作了安排。
按照史可法，李邦華，倪元璐等人的意思，這是要讓“正人”佔據要津，才能使得朝廷有一番新氣象。當然，實際上就是要兼顧北京隨駕重臣和南京一派的勢力分配，以免激起不必要的內部矛盾。
而崇禎皇帝自然不是朱由崧這樣的軟骨頭，他駕馭群臣的手段可不容小覷，手中更有朱慈烺的兵馬，既然一開始這樣安排，讓不少人都得以如願以償，平衡了朝廷的力量，之後很長一段時間就不會變了。
與此同時，崇禎在南京重新掌權之後，史可法和馬士英兩人既沒有原本歷史上的矛盾，也沒有原本歷史上的地位。馬士英更是沒有原本歷史上的擁護之功，讓他入閣，其實只是崇禎皇帝拉攏這支力量的手段罷了。
文官安排妥當之後，就輪到了原本歷史上的“江北四鎮”，不過因為朱慈烺的到來，他們都沒了原本的威風，同樣也沒了所謂的擁護之功，加上朱慈烺麾下大軍的威懾，如今一個比一個乖。
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軍事方面的事情崇禎不懂，似乎也真的是吸取了教訓，沒有再胡亂指揮，全權交給了皇太子朱慈烺來謀劃。
相較於原本歷史上的安排，朱慈烺根據當前的局勢和自己的需要，在駐防地上，稍稍做了一些改變。
手下兵馬較強，也忠心耿耿的黃得功駐守廬州府，和州府，劉良佐駐守在鳳陽府西南，兩人互為犄角，防範來自河南方面的敵人。鳳陽總督馬士英統制兩人，帶著他的兵馬駐守於兩人之後，協助防守。
馬士英原本手中兵馬不少的，但是被盧九德陰了一招，幾乎半數精銳都被朱慈烺吞併了，他還不敢問對方要回來，更不敢有一絲抱怨，根本就是“啞巴吃黃連，有苦說不出”。
當然，和他一樣遭遇的，還有劉澤清。馬化豹最終趁亂逃往河南了，這讓他受人以話柄，只能夾著尾巴做人，眼睜睜地看著自己手中最精銳的千餘兵馬被朱慈烺帶走了。
同時，實力在四鎮中最為強悍的高傑所部駐紮在鳳陽府東北的州縣，以及徐州府，劉澤清還是被分配在了淮安府，兩人結成了抵禦來自山東之敵的防線。巡撫淮揚的路振飛統制兩人，同樣帶著他的巡撫標兵營協助防守。
而揚州府，鎮江府，應天府則成了朱慈烺麾下大軍的駐防地，這一次，高傑也不敢再來搶奪揚州了，這可是皇太子的地盤，除非他是想要另外三鎮和馬士英，路振飛兩個大人升官快點，懷著大無畏的精神，主動獻出自己的生命和兵馬。
朱慈烺也順勢安排了麾下兵馬的部署和訓練，並把之前封給他們的官職和部隊的最終編制給落實了。
這個時期明軍的軍隊編制十分混亂，各地方將領的個人喜好在其中又發揮著相當大的作用，使得各支軍隊的編制差異巨大，相互之間的配合作戰更加困難。
不過，他們大多都參考了戚繼光當初在北方的練兵方略，甚至就是戰場軍陣的佈置，也在很多方面可以看到當年北方戚家軍的影子，這也讓同樣使用戚繼光練兵之法的朱慈烺省事了許多。
塔讀@ 而朱慈烺的軍制調整其實也談不上什麼大改，就是藉著訓練新兵的機會，將兩萬縴夫和收攏吞併而來的近五千兵馬重新打散重整，各營兵馬按照編制補充完整，形成基本標準，以期充分發揮大軍的最佳戰鬥力。 按照朱慈烺的設想，最核心的主力野戰軍主要分成了戰兵營，騎兵營，混編營三種型別。 戰兵營以步卒戰兵為主，火槍，長槍，刀盾為主要武器，並配備虎蹲炮，四磅炮等輕型火炮，組成炮隊，滿編人數在兩千七百人左右。 虎蹲炮是大明工匠就有能力生產的，四磅炮或許還需要等到湯若望從澳門把工匠帶回來，但朱慈烺這個編制原本就是為了將來很長一段時期設立的，所以如今早做準備也沒有錯。 騎兵營則是弓弩，長槍刀斧為主要武器，並配備有重量較輕，發射霰彈的虎蹲炮，滿編人數同樣在兩千七百人左右。 朱慈烺還計劃給一部分騎兵營配上短銃，但現在火器工坊的生產力還遠沒跟上，這個計劃目前和四磅炮一樣，還停留在了設想階段。 而且，以朱慈烺目前擁有的戰馬，他現在最多湊出一個獨立的戰兵營來。 至於混編營，則是在一個戰兵營的基礎上加上兩個千總，一千四百餘騎兵，以及一個上百人的炮隊，使得其具有綜合攻擊能力，可以脫離主力兵團單獨執行作戰任務，總兵力接近五千人。 除此之外，按照朱慈烺的計劃，他的部隊還要有水兵營，車營，輜重運輸營等，這些都是主戰部隊之外的兵種補充，在大戰中或許不顯眼，但都是不可或缺的存在，否則戰兵，火槍兵，騎兵的威力都難以發揮。 其中，水兵營朱慈烺目前還沒有頭緒，南京水營他是不信的，那些船可以用，但是人就算了，他打算拉攏鄭成功之後，再把這個明末海戰第一強者用上。到時候打造一支所向披靡的水師，絕對不成問題。 對於大軍整編而言，其實現在最嚴重的還是相對應的火器配備問題，雖然南京府庫裡還有不少刀槍，但是火炮火槍都不堪一用，無論是大型火炮，還是將來配備到各營的中小型火炮，還是得朱慈烺想辦法生產，而數以萬計的火槍需求，更是讓他頭疼不已。 不過，這種事也急不來，朱慈烺還得協調各部，從廣東，福建招攬工匠，還要等湯若望啟程，前往澳門。 而他當下首要解決的，還是官制問題，那個時候崇禎封的官都太高了，只是唬人用的，實際上那麼用，今後立了功，就沒法再加封了。 於是乎，朱慈烺私底下又給他們重新設立了一套符合實際的官職，同時也是為了確立自己對這支軍隊的絕對領導權。 他們是皇太子的兵，不是皇帝的兵，這是朱慈烺要明確告訴手下每一個將領的。若是誰敢逾越了這一條，那可別怪他不念情份，痛下殺手了。