刺客信條1：
現代劇情：主角戴斯蒙是刺客世家後裔，被現代聖殿騎士組織綁架強迫透過基因記憶回憶祖先的事蹟，為了找到金蘋果1號）
12世紀，Altair被刺客導師給予刺殺9個聖殿騎士高層人物的任務，來為他犯的錯贖罪。殺完9個聖殿騎士發現導師是內鬼，最後打敗導師領導起刺客兄弟會。
刺客信條2：
（現代劇情：戴斯蒙透過露西的幫助逃離，然後躲起來回憶另一位祖先的事蹟，起初是為了短期內提升戴斯蒙的身手，後來在這祖先的事蹟中發現了其他秘密）
15世紀末，年輕的Ezio一家被幾乎滅門。為了找出幕後黑手而得知父親是刺客，從而繼承父親衣缽為了復仇為刺客兄弟會效力。最終獲得了成長，放了仇人一條生路，並且接觸了第一文明留下的訊息。
刺客信條兄弟會：
（現代劇情：戴斯蒙和露西他們的藏身處被聖殿騎士找到了，於是遷移並繼續探索Ezio的事蹟來尋找來自第一文明的資訊）
16世紀初，Ezio回到基地，不久基地被仇人的兒子攻城，失去基地但早已成熟穩健的Ezio被迫來到羅馬暗地調查並且招兵買馬重建兄弟會。最終找到了金蘋果5號，藏在了羅馬競技場底下。
刺客信條啟示錄：
（現代劇情：戴斯蒙和露西一行透過這條線索來到羅馬競技場，找到了金蘋果5號。但戴斯蒙被第一文明控制而刺殺了露西。結果得知因為露西是雙面間諜，身為刺客在聖殿騎士臥底已被策反。而戴斯蒙因為長期讀取基因記憶的副作用而思想被困基因記憶中昏迷不醒。唯一方法為找到Altair，Ezio和戴斯蒙的記憶連結點。）
年邁的Ezio透過父親當年的書信得知Altair的事蹟，於是長途跋涉到伊斯坦布爾尋找開啟12世紀刺客兄弟會城堡的底下圖書館；並且間接回憶了Altair保留在幾把鑰匙裡的記憶，重溫了Altair一生最重要的幾個轉折點。Ezio讀取Altair的記憶的同時，戴斯蒙也在讀取Ezio的記憶。最終找到了連接點——即來自第一文明的最終警告——2012世界會末日。
刺客信條3：
（現代劇情：戴斯蒙一行獲知了防止末日的方法就藏於位於紐約郊外的遺蹟中；為了找到開啟遺蹟的方法，他必須去解讀第三位刺客祖先的記憶。最終開啟了遺蹟且犧牲自己啟動了第一文明的防禦技術，從而防止了2012的世界末日。）
18世紀美國獨立戰爭時期，海參身為聖殿騎士去美洲大陸找遺蹟，但沒找到。和當地原住民相愛育有一子——這兒子就是吧裡潛規則說名字會被打的那個男人；這男人小時候村子被燒了，且母親慘死。受到村長指引去找老瘸子學習刺客技術，後來為了自由和保護村民而戰。結局發現靠一己之力無法影響大環境下的社會趨勢。
刺客信條解放：
（現代劇情：無。這是一部讓玩家當作是聖殿騎士從生物工程轉型遊戲公司的出品的第一作遊戲。有兩個結局，一個是聖殿騎士想讓你看的洗腦版本，一個是真實版本。）
18世紀，Aveline小時候和母親走散，被有錢人領養，作為一個大小姐暗地裡卻是技藝高超的刺客。曾和那個男人合作過。後來發現繼母是有偉大理想的聖殿騎士且不惜為了理想害死繼父，身為刺客的Aveline被繼母的理想所感化最終加入了聖殿騎士。（這是洗腦結局，接著就會看到真結局，Aveline殺了繼母透過第一文明神器看到當年夏娃追隨者的對話。）
刺客信條4黑旗：
（現代劇情：戴斯蒙已經死了，這裡主角的身份為玩家本人，因此第一視角且沒名字，是一個聖殿騎士遊戲公司的新職員。戴斯蒙死後DNA被聖殿騎士提取了樣本，所以任何人可以去回憶資料庫裡有的祖先記憶，這代主角要回憶一個海盜的記憶。）
17世紀，Edward就是3代主角的爺爺，為了讓岳父瞧得起，像當時很多年輕人一樣去圓航海夢。當時政府支援私船襲擊敵方艦隊且可以保留戰利品。Edward偶然遇到一個墮落的刺客帶著寶物要去投靠聖殿騎士，Edward殺了這個刺客自己穿著刺客的衣服想去領賞無奈捲入刺客和聖殿的鬥爭當中。期間還是想著致富，直到身邊的人相繼離開才悟出人生真諦決定幫助刺客。（結局回到祖國生了3代裡的海參。後來被殺，兒子被聖殿騎士撫養後加入聖殿騎士。）
刺客信條自由吶喊：
（現代劇情：無）17世紀，Edward當年的副手Adawale本身原為奴隸，跟Edward接觸刺客兄弟會後決定加入，從此解放了成百的奴隸。
刺客信條叛變：
（現代劇情：和4是同樣是"玩家"，這次作為職員的你要回憶一個叫謝依的傢伙。不料導致了公司系統崩潰，領導發覺這個謝依大有來頭並要求"玩家"好好研究。）
17世紀，謝依原本是個刺客。當時3代裡的老瘸子師傅在這裡還是刺客導師，但是兒子去世等原因變得偏激，以至於下旨讓謝依完成的任務導致大地震死傷無數。謝依偷走重要線索以阻止老瘸子導師，並被認定為叛徒被打下懸崖。之後被聖殿騎士救起發現聖殿騎士的教義更合理而幫助聖殿騎士獵殺刺客。
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刺客信條大革命：
（現代劇情："你"在玩Helix遊戲，中途刺客組織黑進系統和你交談告訴了你真相，接下來遊戲全程都是在找一個線索。）