就在妖刀界圍殺風之痕的時候，武林中忽然傳出，三先座之一，武痴傳人的金犀先座身死的訊息。
（沐流塵為得武痴絕學，人字心法下得手）
同時，盤龍谷內，九皇座現世，號稱只有在極、醫、智、釋、儒、道、術、名、武在這九個方面的頂尖的九個人物坐上，方能揭開其中的秘密。
（其實是沐流塵為解開九皇座之秘，與極道天權一起開啟封閉的空間，使九皇座現世。）
曾有不少武林人士試圖進入谷內一探，卻被谷內術法彈飛。
邪能境也同樣遭逢變數，從鬼樓內脫出的惡鬼地獄人形師聯合冥輪法魁圍殺邪能境之主陰陽師，陰陽師身死，但讓人形師意料不到的是，早在陰陽師復活後，居住春秋兩不沾，大權交由鬼隱開始，讓自己的陰體**陽師深居在深沉雪，無人知其身份。
當人形師殺掉屬於陽體的陰陽師，卻使陰體集合陰陽雙極的力量，元功更上一層樓，**陽師正式踏足武林。
妖刀界的勢力則是在圍殺風之痕之後，損失慘重，為讓鬼王覆天殤現世，冥輪法魁率軍隊將領與九淵之上守護孽源。
此舉正好給了正道眾人一舉殲滅的機會，一頁書率領群俠攻上九淵之巔。
冥輪法魁自認為打敗過一頁書的化身步懷真，與之一戰，結果是死在一頁書的天龍吼之下。
原因便是步懷真是一頁書，但一頁書不是步懷真，冥輪法魁戰勝的一部分功體脫離本體形成的真氣化體分身而已。
給武林造成莫大傷害的冥輪法魁及其麾下勢力徹底敗亡
但九淵之巔上，孽源吸納足夠的宇宙精華之力，雖被公子雨以利箭射下的孽源上的吸雷針，重創孽源。
但終究無法阻止孽源完成，蛻變為肉身，覆天殤正式復活，與其一同出現的還有影十字、五行陀、戰天戟、旦丁、驚雷狂梟、雪飄染、造邪鋒，加上迴歸的過去手下，在忠與義之間做出選擇，選擇忠的末蒼雲，共有八大戰將，揭開了磷菌禍世的序幕。
覆天殤在復生之後，立刻命令手下去辦五件事。
第一，殺到射傷孽源公子雨。
第二，殺掉三先座中的最後一名，策衍先座，還清邱霍蛉葉人情。
第三，滅掉三槐城，毀掉能夠製造磷菌解藥的三槐城之寶天槐木。
第四，找出極體的下落。
第五，找出段章甫的後代與朋友。
覆天殤的命令，代表著武林更大浩劫的開始，公子雨出身的江南宮家與藏有天槐木的三槐城一席被滅。
策衍先座更是身死在八戰將之一的雪飄染手上，幸虧天槐木一早便被轉移，被覆天殤以自身毒血汙染的不過是一件贗品。
而眾人也從住在冰麟洞之神秘奇人，蒼白奇子那裡得到了關於覆天殤的一切。
覆天殤生前本為東北境界雙雄之一，備受愛戴，但為人野心過大，喜研究病毒科學，發明了恐怖的磷菌，此毒中者會逐漸失去本性，最後陷入瘋狂，只知殺戮，這也是為什麼覆天殤被稱為“毀滅之源”的原因，而中毒者的特徵便是臉上會出現紅花斑紋。
好在後來同為東北境界雙雄之一，也是覆天殤的好友的段章甫，率領初代九皇座所滅，但初代九皇座也因此感染磷菌而逐漸失去本性，段章甫無奈之下揹負惡名，將發狂的戰友一一除去維護武林，但卻被誤解為大惡人，子孫被貶為奴隸。而覆天殤由於怨氣難消成為惡鬼為禍世間，而被正一天道收服壓入鬼樓，成為鬼樓十大惡鬼之首。
直到妖后、黑衣先後入鬼樓，鬼王以妖後愛子黑衣為要挾，脅迫妖后就範成為其復活母體。
眾人在得知詳情之後，立刻派人通知三教，解除了劍盟奴僕的段忍這位段家後人的奴隸身份。
另一方面，聽從蒼白奇子的安排，集結九人登上九皇座，換取對抗覆天殤的力量。
就在九人集結的時刻，俠刀蜀道行之子，柳無色遭遇致命殺機，重回覆天殤麾下，選擇忠的末蒼雲奉命前來取命。
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縱使柳無色習得天字訣，但終究因為年歲尚潛，火候與根基不足，即將喪命於末蒼雲之手。
但就在致命一刻，宏大掌氣來到，擊退末蒼雲，救下柳無色。
覆天殤欲再針對蜀道行的妻子柳無韻，卻在琅琊別苑內遍尋不得其蹤影，現場只留下一封手書，約末蒼雲於問俠峰與蜀道行一戰。
後末蒼雲在奉覆天殤之命喝下磷菌要跟蜀道行同歸於盡，但是末蒼雲卻要求蜀道行以不見血的方式結束自己，避免蜀道行被感染。
最終結果末蒼雲身死，因死於蜀道行的“天外迴天”之下，
覆天殤雖死一員大將，但磷菌已經開始在江湖上傳染，不少武林人士與百姓身中此毒，四處攻擊，一頁書對此也無辦法，只得將這些人關入雲渡山之中。
而隨著素還真等人尋找九皇座人選的加快，九人終於湊齊，分被是神淵佛鏡之主，神淵佛者（釋流座）、掌管道教化外仲裁之地雲笈觀，玄武真主（道流座）、天章古聖閣之主，天章聖儒（儒流座）、段家後人，段忍（名流座）、希羅聖教聖主，耶黎女神(醫流座)、俠刀蜀道行(武流座)、邪能境之主，**陽師(術流座)、武痴傳人沐流塵(智流座)、覆天殤的極體，沙羅(極流座)。
就在眾人坐上九皇座的那一刻，九人坐下皇座散發耀眼金光，化作一條巨型金龍飛馳而去。
中間雖有一段小插曲，覆天殤手下大將影十字想要射殺極體沙羅，卻是正中沙羅肩頭，並未取其性命。
金色巨龍帶著眾人飛到六禍禁地，六禍禁地之上的六根石柱開始緩緩流出血來。
九皇座之上的眾人在巨龍穿過禁地之時，粘上血液，隨後六禍禁地爆炸，眾人返回盤龍谷，忽感一陣頭暈目眩，皆是身中菌毒的症狀。
原來這本來就是一場為了製造對抗磷菌的抗體所布的局，蒼白奇子為了製造磷菌抗體，以九皇座為局，令九人身染病菌，以自身修為產生抗體，利用抗體配合三槐城之寶天槐木製作磷菌解藥，拯救蒼生脫離苦海。
九人之中，除了沙羅因為是覆天殤的極體，免疫血液中的磷菌與段忍因血脈影響，只沾染上了段章甫已經產生抗體的血液外，其餘眾人全都沾染上磷菌。
磷菌之毒果然猛烈，不過短短時日，便讓玄武真主與天章聖儒二人心性大變，展開道儒大戰。
蜀道行見此情況，決定為已經失控的天章聖儒和玄武真主二人行俠道之滅，先後找上兩人，俠刀一開為救而殺，無血之殺終結並昇華二人。
好不容易一場動亂才結束，又傳出一頁書被覆天殤所擒，雖後被佛教先天頂峰佛劍分說救回，但一頁書因身染覆天殤研製出新磷菌，不得不暫隱。