隆慶六年，穆宗駕崩，10歲的朱翊鈞即位，年號萬曆，嘉靖四十一年，八月十七日，朱翊鈞出生在裕王府，是穆宗朱載垕的第三子。穆宗有四子，長子朱翊釴、次子朱翊鈐，俱早亡。四子朱翊鏐與朱翊鈞同為李氏所生。
朱翊鈞的誕生給裕王府帶來歡樂，王府張燈結綵，來道賀的人絡繹不絕，熱鬧非凡。然而，這種喜慶的氣氛很快就煙消雲散了，代之的是人人自危的恐怖現象。原來朱翊鈞的祖父嘉靖皇帝，對於這個皇孫的出世並不高興，而是產生一種憤恨的心理。
因此，關於朱翊鈞的誕生，沒人敢報告皇帝，更不敢為之起名字，直到5歲時，這個皇孫才有了朱翊鈞這個名字。穆宗說：賜你名字，名為鈞，是說聖王制馭天下，猶如制器之轉鈞也，含義非常重大。你當念念不忘。
萬曆帝是穆宗的獨子，隆慶二年，三月十一日，朱翊鈞被立為皇太子，正位東宮。萬曆的生母李太後身世卑微原是宮人，後來母以子貴才晉升為貴妃。皇太子就是未來的皇帝，將來要治國治民，必須從小接受教育，瞭解以往帝王承業治國的經驗教訓，熟悉朝章典故，掌握駕馭臣民的本領。萬曆帝雖然年幼，卻很懂得這個道理。穆宗任命一批大臣為教官，輔導他讀書。朱翊鈞學習非常用功。
其母李氏“教子頗嚴。帝或不讀書，即召使長跪。每御講筵入，嘗令效講臣進講於前。遇朝期，五更至帝寢所，呼曰‘帝起’，敕左右掖帝坐，取水為盥面，摯之登輦以出”。由於講官的盡心輔導，李太後的嚴格管教，以及他本人的刻苦努力，萬曆帝年漸長而學愈進。他自己後來也常常十分得意地說：“朕五歲即能讀書。”
【新章節更新遲緩的問題，在能換源的app上終於有了解決之道，這裏下載 huanyuanapp.org 換源App, 同時查看本書在多個站點的最新章節。】
隆慶六年，五月二十二日，宮中傳出隆慶帝病危的訊息。二十五日，內閣大學士高拱、張居正、高儀被召入宮中。高拱等人進入寢宮東偏室，見隆慶帝坐在御榻上，榻邊簾後坐著皇后陳氏、皇貴妃李氏，10歲的太子朱翊鈞就立在御榻的右邊。隆慶帝抓住高拱的手，臨危託孤，“以全國使先生勞累”。司禮監太監馮保宣讀給太子朱翊鈞的遺詔： “遺詔與皇太子。朕不行了，皇帝你做。一應禮儀自有該部題請而行。你要依三輔臣並司禮監輔導，進學修德，用賢使能，無事荒怠，保守帝業。”三位大學士受託之後，掩淚而出。
第二天，隆慶帝即崩於乾清宮。六月初十，皇太子朱翊鈞正式即位，次年改元萬曆。
即位之後，在讀書方面，明神宗也是從一開始就堅持按照祖宗舊制，舉日講，御經筵，讀經傳、史書。在明朝的眾皇帝中，除太祖之外，像神宗那樣確實是不多見的。萬曆朝舉人沈德符記敘，神宗即位後，就按照內閣首輔張居正的建議，每天於太陽初出時就駕幸文華殿，聽儒臣講讀經書。然後少息片刻，復回講席，再讀史書。至午飯完畢時始返回宮內。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暫免講讀。除此之外，即使是隆冬盛暑亦從不間斷。
故十年之中，“聖學日新，坐致太平之治。昔英宗御極亦在幼衝，初不聞三楊諸公有此朝夕納誨，遂使王振得盜國柄，幾危宗社。則今上早年勵精，真可只千古矣”。
明神宗即位時，擺在他面前一個突出的問題就是“柄臣相軋，門戶漸開，而帝未能振肅朝綱，矯除積習”。這個問題，以後變得更為激烈。按照隆慶帝的佈置，高拱是外廷的顧命大臣中排名最前的；在宮中，朱翊鈞自然依靠馮保。但是，馮保與高拱的關係非常惡劣。此前，司禮監掌印太監職位空缺，高拱先後推薦了陳洪、孟衝，就是不願讓馮保做掌印太監。神宗自己在登極詔中也命令他們：朕方在沖年，尚賴文武親賢，“共圖化理”，“與民更始”。
馮保此人知書達禮，又喜愛琴棋書畫，很有涵養，所以很受隆慶帝的喜愛。馮保利用皇權更迭之間的權力真空，輕鬆地透過一道遺詔，就驅走了孟衝，自己做了掌印太監。但是，就高拱來說，對馮保自然是必欲除之而後快，在高拱的授意下，工科都給事中程文、吏科都給事中雒遵、禮科都給事中陸樹德都開始彈劾馮保。
由此，一場政治鬥爭勢必不免，鬥爭中，衝突雙方是馮保和高拱，而張居正表面上是幫助高拱的。但實際上，張居正與馮保關係非常密切，早就預謀趕走高拱。
明穆宗末年，高拱為內閣首輔。高拱，“性直而傲”，“持論多偏”，說話隨便，常常為此得罪人。他與徐階有矛盾，在徐階謝政歸裡以後，高拱即“扼階不遺餘力”，為此又與張居正關係破裂，成為冤家對頭。高拱主閣，堅持反對宦官越權，為此觸犯了當時內廷的大紅人太監馮保。馮保遂與張居正內外串通起來，欲置高拱於死地。
穆宗去世時，高拱以主幼國危，痛哭時說了一句：“十歲太子如何治天下。”神宗即位後，馮保將這句話加以歪曲，改成“高公講，十歲小孩哪能決事當皇帝”。神宗聽到這話，“專權之疑，深中帝心”。他不問高拱說此話的背景，是否屬實，即於隆慶六年六月十六日將他免職，以張居正取代他的位置。此後神宗，始終堅持自操威柄。他說過“若用舍予奪，不由朝廷，朕將何以治天下！”高拱一走，高儀也驚得嘔血三日而亡，三位內閣顧命大臣中只剩下張居正一人。
同時，在經濟和政治方面的問題也堆積如山。面對著這些重重的困難，萬曆帝沒有畏縮不前，為了“皇圖永固”，他以“少年天子”的氣派，牢牢抓住“用人唯我”、生殺予奪在朝廷這根權柄，勵精圖治，推行新政，神宗在位前十年中很有所作為。
張居正為內閣首輔以後，神宗將內廷的事務託給馮保，“而大柄悉以委居正”。對張居正不僅委以重任，而且尊禮有加，言必稱“元輔張先生”，或“張先生”，從不直呼其名。
隆慶六年，六月十九日，張居正剛剛走馬上任幾天，神宗就在平臺，單獨召見他，共商大計。由於明穆宗在位從沒有召見過大臣，所以這事在當時曾引起轟動，使廷臣看到神宗承業治國的精神和決心，又大大提高了張居正的威信。
明神宗從思想上到行動上，全力支持張居正，合力進行改革，推行新政。政治改革的主要措施，是萬曆元年，推行的章奏“考成法”。它是針對官僚作風和文牘主義而提出的，意在“尊主權，課吏職，信賞罰，一號令”，提高朝廷機構辦事效率。按照考成法的要求，事必專任，立限完成；層層監督，各負其責。明神宗說：“事不考成，何由底績。”其時，因為神宗年幼，對祖制還不十分明白，不曉得個中的利害關係。後來，他意識到張居正的權力過大，“幾乎震主”，這無疑是一個重要原因。
經濟領域的改革，一是清丈全國田畝；二是推廣“一條鞭法”。這是萬曆初年整個社會改革的中心環節，也最有意義與成績。清丈田畝，又稱“清丈田糧”，目的是為了糾正田制混亂。這是繼洪武朝之後進行的又一次全國性的土地大清丈。
萬曆六年，十一月，明神宗下令在福建進行試點。中心問題是為了改變有田者不交納稅糧、無田者苦於賠納的怪現象，使田畝與稅糧掛鉤。由於明神宗態度明確，張居正指導得力，堅決排除阻力，試點工作進行得頗為順利。
至萬曆八年，九月，福建“清丈田糧事竣”。神宗與張居正因勢利導，趁熱打鐵，立即通行全國清丈。戶部奉旨就清丈範圍、職責、政策、方法、費用、期限等制定了八項規定，於同年十一月下發各地。
至萬曆十年，十二月，各省均按三年期限基本完成，總計支出新增一百四十餘萬頃。推廣“一條鞭法”，是當時經濟改革的又一出重頭戲。萬曆九年，一條鞭法已在全國各地“盡行之”。這標誌著整個張居正改革已經取得了重大勝利。
萬曆朝的前10年，在小皇帝的支援下，張居正在政治上、經濟上進行大刀闊斧的改革，政府面貌煥然一新，經濟狀況也大為改善。萬曆十年，六月，一代名臣張居正病逝，神宗從此開始親政。
這次改革，始於萬曆元年，至萬曆十年基本結束。它是明中葉以來地主階級革新自救運動的繼續和發展，也是明後期政治、經濟關係新變動的深刻反映。其範圍，覆蓋政治、經濟諸方面。具體步驟是，前五年以政治改革為重點，後五年以經濟改革為主要任務。十年改革取得了非常大的成就，扭轉了正德、嘉靖兩朝以來形成的頹勢。（未完待續）