小遙得到千里的承認後，也代表著要向其他新人訓練家一樣，要獨自面對未來的生活。
臨走前，林千行將一隻伊布轉到小遙的名下。
千里也不知道林千行突然離開要去做什麼，只好安慰有些失落的小遙，說林千行不久後還會再回來的。
在橙華市休息幾天，千里也順便教導小遙。親爹的教導往往比其他人的教導更加印象深刻，不聽話是真打呀。
沒了林千行的“使不得大法”小遙沒少被千里教訓。
回憶著林千行的抬手滿嘴使不得，小遙更加難過了，還是老一輩會疼人。
小遙再度踏上旅程時，可多拉已經進化為波士可多拉。可見千里有多認真，這也是生怕女兒在外面被欺負。
小遙的其實已經超越同齡人很多，可以說用不了多久就能追上提早出發的小智和小茂。
就在小遙從卡綠隧道前往紫堇市之際，遠在關東的小智也迎來了最後的道館賽。
常青道館，館主——坂木！
在金黃市的西爾佛總部大樓，小智擊碎了坂木的陰謀，也因此正面交戰過坂木。
坂木被擊敗也不得不將他佔領西爾佛總部的目的說出來，其實全都是因為一隻可以說是超越神的人造寶可夢失去了控制。
希爾佛公司是寶可夢世界製造技術的引領者，包括現代精靈球在內，許多訓練家使用的道具都是由希爾佛生產的，其中也包括了一個禁忌——大師球。
坂木的目的就是想透過得到大師球的製造方法和資料，從而控制那只強大的人造寶可夢。
只是他的目的被小智阻止後，也不得不放棄這個念頭。
火箭隊老大的身份已經被公之於眾，從此之後他只能轉入地下。
不過在聯盟還沒找上他之前，他還想在和小智交一次手。
小智給他的感覺就像是很多年以前和他一起旅行的一位朋友。
只不過他那位朋友，在去追尋所謂的理想後就從此消失不見了。說不定小智就是那人的兒子呢，畢竟他兒子和小智的年紀也差不多。
坂木最後一次以常青道館的館主身份與小智對戰。
小智先後派出耿鬼和噴火龍擊敗了坂木的尼多王和尼多後，隨後又以皮卡丘擊敗袋獸，比雕對戰三地鼠，妙蛙花對戰鑽角犀牛……
擊敗坂木後，小智拿到八枚徽章，已經有資格參加石英大會。
距離石英大會開幕還有一段時間，趁著這個時間，小智聽從小剛的建議前往白銀山訓練。
小剛為了更加了解寶可夢選擇留在大木研究所，為以後成為首屈一指的培育家做準備。
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小霞返回華藍市，她聽說最近的華藍市治安不太好，有些放心不下姐姐們，只能返回道館坐鎮。
透過和小智的旅行，小霞也多了一些新的寶可夢。
偶然收服的可達鴨，林千行贈予的醜醜魚，蚊香君……
小霞的實力提升也很大，這次重新回到華藍市也是為了把關東最弱道館的名號摘下去。
人家小剛明明是岩石系館主，卻比小霞這水系館主名聲大得多，對於一眾新人訓練家來說實力也更強。
從小剛那裡得知小智等人近況的林千行不禁深深懷疑，這到底是小智那個傻東西還是白銀山戰神Red爺呢。
返回神奧的林千行回到莊園。
看門的花巖怪——幽琳，還在兢兢業業的守門。
家裡也被裙兒小姐打理的井井有條。
莊園裡的植物也都被草系寶可夢們照顧的很好，散養的寶可夢也一隻沒少，甚至還多了幾隻。
正躺在床上看書的艾琳感知到林千行回來，馬上用瞬間移動出來，一頭撲在林千行身上，像個掛件一樣。
裙兒小姐一臉羨慕，它也想這樣，但是又有點拉不下臉。好像人類口中偷情的一樣……
裙兒小姐最近可是相當無聊，以前有兩位小姐在身邊它還沒覺得寂寞，現在家裡雖然有艾琳作伴，但是這傢伙根本不怎麼跟自己說話。
無聊的裙兒小姐每天打掃完屋子後只能去莊園內散散心。
林千行這次回來也沒在家中待多長時間，給小光那裡帶去禮物之後便匆匆離去，前往鈴蘭島的神奧聯盟所在地。
他這次回來主要是因為茲伏奇那邊傳來的訊息。
從上次在卡那茲市和茲伏奇說了巨大隕石的訊息之後，茲伏奇也讓綠嶺宇宙中心全面觀測地球附近的隕石，沒過多久就探知到了巨大隕石的存在。
目前已經距離地球不算遠了，大概還有半年的時間就會進入地球軌道，情況相當危險。
綠嶺研究所第一時間就研究出了緊急預案，那就是製造強大的導彈炸碎巨大隕石。
只是能炸燬巨大隕石的導彈半年時間哪造的出來，即便是加快速度，也需要三個月左右。
林千行沒有打擊對方為了保護地球的決心，只有他知道那塊巨大的隕石可不是普通的隕石，裡面藏著沉睡的代歐奇希斯。
飛機上，林千行不禁回憶起一千年前那場巨大隕石危機。