在研究所的研究期間，大蛇丸算是真正見識了索斯在這些稀奇古怪的忍術上的造詣，封印之書他也研究過了，但對於各種忍術的理解，查克拉的運用，他甚至有些地方和索斯有著相當大的差距，這讓他感到震驚不已，同時既提高了警惕，也暗自覺得自己的選擇沒有錯，果然如同自來也說的那樣，索斯就是忍術上的天才。
每當研發出新的術，或者是禁術的新使用方法，他們幾乎不用尋找實驗體，索斯一個人就能搞定所有的問題，他幾乎所有的術都是一學就會，大蛇丸為了實驗這些甚至講一些自己的獨門忍術教給了索斯，包括潛影蛇手之類的術，而他也很快就學會了。
總體來說，兩人的相處還算融洽，索斯並不是那種善惡觀念特別強的人，他是從野蠻人社會走出來的，自然不會擁有所謂的明確的正邪觀念，這一切在他眼裡都不過是可以相互轉化的事物罷了，所謂的善惡都會因為情勢，角色的變化而轉化，只有中間的那部分才是永恆的，索斯確信自己現在就處於中立狀態，而大蛇丸也覺得索斯和其他人似乎有些不一樣，這是個我行我素的傢伙，有點兒像自來也，但他的心底絕對沒有自來也那麼善良，這是大蛇丸的感觸，這也恰好符合他的預期，畢竟不管是出於什麼目的，偷盜封印之書的人，怎麼想都不可能是良善之輩，就是這樣性格的兩個人，合作起來還算是頗為順利，無論是穢土轉生的研究，還是對於血繼限界的開發都取得了一定的成效，只是還需要更多的時間而已，在人手上也很不足，他們畢竟只是人，兩個人能顧及到的方面還是少的，整個研究所如果能夠擁有足夠的人手，那麼研究的效率將不可同日而語，但目前為止暫時是不可能了，他們不可能讓別人知道他們在研究禁術，但日後還是有機會的，如果大蛇丸成了火影，那麼限制就會少很多，到時候成立一個什麼秘密的科研機構還是不在話下的，索斯也能看出來大蛇丸有著這樣的期待，他也不說破，只是靜靜等待著，在他看來應該快了。
就這樣又過了一年，木葉村的樣子沒什麼變化，但整個的面貌已經煥然一新，人們彷彿都從戰爭的創傷中走了出來，走在大街上的時候，能夠看到的是人們的笑臉，和一些陌生的旅人，雖然作為忍者村依然戒備十足，但已經不如戰時那樣嚴格管控了，這個村子正在一點點恢復起來，就如同索斯預想的那樣，沒有什麼傷痛是時間抹不平的，所有的一切最終都將會被時間的洪流沖刷乾淨，或許只有這一點是永恆不變的。
但終究還是發生了出乎索斯意料之外的事情，三代火影退位震驚了整個木葉村以及周邊的各大忍村和大名，但是接任的人並不是大家以為的赫赫威名的三忍之一大蛇丸，也不是其他兩個綱手或自來也，相反，而是自來也的弟子，被稱為金色閃光的波風水門，他接任火影的時候，還不滿三十歲。
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索斯能夠非常明顯的感受到大蛇丸的變化，如果說從前的他還只是表面上陰暗內心涉足並不深切的話，當知道訊息後，再次見到大蛇丸的索斯徹底感到有些事情已經不一樣了，現在的大蛇丸，給人的感覺就如同一條真正的毒蛇，潛伏在暗處，嘶嘶吐信，觀察著你，隨時等待毫不猶豫地出擊一樣，被他看著的時候，那感覺真的非常不舒服，索斯自然明白是怎麼一回事，大蛇丸的話也變得更少了，而且更多的時候總是用一種陰測測的腔調說話，索斯對此沒有什麼意見，他是無所謂，只要研究繼續就好了，只不過大蛇丸如果當不上火影的話，那麼他們這個研究所多半是沒辦法擴大了，甚至還要提心吊膽地小心不知道什麼時候，就被別人給發現了，那樣的話，他們兩個就都完蛋了。
好在波風水門剛剛接任火影，他的勢力還沒有建立，各方面的事務都需要他去處理，自來也也回到了忍村之中，索斯並不知道具體內情如何，他只知道自來也似乎找大蛇丸單獨談過話了，他或許以為自己已經成功說服了大蛇丸，接受波風水門shang/ei的事實，但每天在研究所裡和大蛇丸呆在一起的索斯清楚，現在誰都沒法勸說大蛇丸了，從第一天起，他就墮入一個索斯都不明白的深淵之中了，誰都無法涉足，只有他自己能夠清楚自己在幹什麼，但也許這就是大蛇丸的天性吧，索斯隱隱覺得，大蛇丸和他是一樣的，也許現在還有些不透徹，但遲早，遲早他會明白，他非善非惡，只是絕對中立的存在罷了。
研究所開始逐漸出現新鮮面孔，許多小孩子出現在研究所裡，大蛇丸常常會一出去就是很長時間，然後帶回來自己小孩子，索斯自然不會天天來照看這些自己都不知道從哪冒出來的孩子們，他們就互相自己照顧對方，索斯並沒有問大蛇丸為什麼帶小孩子回來，他依稀記得大蛇丸最後是創立了一個新的忍者村來著，如果記得沒錯的話，自己並沒有影響到歷史的改變，大蛇丸依舊沒有當上火影，那說不定這些小孩子就是未來建立忍者村的那批。
他是很分得清楚的，大蛇丸是大蛇丸，自己是自己，研究所是研究所，雖然在研究所和大蛇丸一起合作研究，但也不代表自己就完全倒向大蛇丸，他只是想在木葉安安穩穩地生活而已，所以絕不多問其他事情，以後大蛇丸如果真的有離開的念頭，自己也能夠脫身。
而讓索斯感到興奮的是，他們研究的新忍術已經逐漸有了雛形，和八門遁甲很相似，也是開發人體潛能的，大蛇丸將其命名為咒印，只不過還很初步，並沒有完全完成，而且索斯總覺得大蛇丸似乎有什麼事情在瞞著自己，自從波風水門當選四代以後，這種感覺就開始變得揮之不去了。（未完待續）