空中的血戰還在繼續上演著，gdi的攻擊機群已經被打的體無完膚。可他們的犧牲成功的分散了海面艦艇的注意力，使得那些偷偷飛過來的無人偵察機得以有機會將其發現的重要資料傳送回來。
當水面上被包圍的gdi艦隊完全鎖定敵人具體位置時，一場大規模反擊作戰就此開始。很快大量的魚叉10型重型超高音速反艦導彈從驅逐艦與巡洋艦的垂直導彈發射系統中毫不停歇的發射了出去，而這些攻擊速度可以達到十馬赫以上反艦飛彈輕而易舉的突破了層層攔截，最終成功的命中了它們所選中的目標。
不論是遭襲艦隊所發射的數千枚攔截飛彈，還是被命中戰船近防炮最後的瘋狂怒吼，都無法改變魚叉導彈成功摧毀一艘有一艘大型艦艇的決心。這場戰鬥中除了四艘加裝了大型護盾系統的航母憑藉著它所產生的能量立場勉強擋住這些近乎瘋狂的gdi飛彈無解襲擊，其餘被瞄上的作戰艦艇恐怕只有等著挨宰的份了！
gdi艦隊的這一次導彈攻勢再一次帶走了將近兩百多艘各型戰艦的生命，不過同對方朱沃特驅逐艦上裝備的155毫米電磁軌道炮所取得的成就相比，似乎這些戰果也並非多麼的輝煌耀眼。當這種新式火炮將一枚枚0千克重，長約一米的實心鋼彈以每秒超過500米的初速打向一百海裡外的目標時，一場由艦炮引發的大災難就此開始！面對這種射速快，威力大，命中精度高的鬼畜火炮，任何傳統的攔截手段都變得毫無意義可言。
這種以強大動能為毀傷機理的炮彈，可以向菜刀切豆腐一樣輕鬆的貫穿大型作戰艦艇的外層裝甲，並對戰艦的內部造成不可修復的結構性破壞。在這宛如流星雨一般極度密集的炮彈打擊下，數十艘機動性較差的無畏級導彈巡洋艦成為了這些實體鋼芯彈的最佳活靶子，很快就被這些炮彈打成一堆堆的蜂窩煤，隨後在被打爛的巡航導彈所引起的連鎖爆炸中迅速解體沉沒。
不過這場襲擊卻隨著各地的gdi戰機的覆滅宣告徹底結束，反應過來的神罰戰機和大量艦載防空武器讓那些飛行速度慢的可以的偵查無人機成為了狩獵場上最好標靶。於是一場獵殺火雞的行動在廣闊的大海中上演了！當這些天空的中的眼睛都被戳瞎後，那些原本很有精準的磁軌炮越打準頭越差，命中率越來越不靠譜。最終在消耗了十幾萬炮彈後，為了繼續作戰不得不匆匆結束。
誠然如果這支gdi艦隊得到了太空中間諜衛星配合，派去的無人機沒有被導彈炸成了無數火雞，也許光靠這些射程超過一百公裡的電磁軌道炮足以殺出一條血路出來。不過這個世界上沒有那麼多的如果，戰爭從來就不是公平合理的行為！
水面上的戰鬥還在繼續激烈進行，而此刻水下的混戰也已經到了收尾階段。由於雙方的武器科技上的巨大差距，導致這場水下獵殺戰從一開始李峰這頭就陷入了極大的劣勢。面對gdi不過三十幾艘運用仿生科技製造出來的猶他州級攻擊型核潛艇，埋伏在水下超過其數百倍潛艇部隊硬是不能奈何其分毫。
對方的攻擊型核潛艇可以憑藉著被動聲吶成功的鎖定我方目標並用其裝備的大量線導魚雷進行著一場毫無顧忌的瘋狂屠殺。可我方的主動聲吶偏偏就是難以及時捕捉到敵軍潛艇的身影，往往發現對方是，敵人憑藉著自身速度上的優勢，早就跑出去好幾海里了。而且就算你僥倖鎖定了目標，可發射過去的魚雷能否打到你想要打的東西還要看看你的運氣是不是夠幸運的。隨後雙方在水下互射了十幾輪也未能見出分曉。
搞得最後李峰乾脆就懶得和這些敵人玩捉迷藏了，直接讓己方潛艇守好四個方向困住對手，隨後派出上千架反潛巡邏機發射大量智慧魚雷伴隨著幾百艘反潛護衛艦所發射無數深水炸彈，開始了一場對目標海域大範圍的覆蓋性攻擊。在這種不計彈藥損耗的打擊下，gdi核潛艇部隊終於有些扛不住了。畢竟自己就算效能再好，隱蔽性再強，可裡面的人那裡受得了這麼高強度的折騰啊！在這麼打下去就算潛艇不被擊毀，人也要被逼瘋累死了。
隨著包圍圈的不斷縮減，對方潛艇部隊可供機動的迂迴空間越來越。而長時間高強度的躲避，也讓艇員們從精神到**上都消耗極大。不過比起體力上的巨大損耗，精神上的高度緊張以及隨時可能變成沙丁魚罐頭{壓成肉餅}的恐懼最終讓這些素質過硬艇員中某些人的理智徹底失去了控制。為了能夠活下去，幾乎每一艘gdi核潛艇都發生了武裝奪權事件。其中有的徹底成功了，當然也有的一敗塗地。成功者自然是上浮投降，而那些政變的失敗者也不是毫無貢獻，畢竟他們造成的混亂讓反潛工作變得更容易了一.........。
雙方的大混戰還在繼續激烈進行著，被包圍的gdi艦隊所發出的求救信號從襲擊開始後就一直沒停過，只不過他們並不清楚自己所發出的那些要命的資訊早就被諾亞給無害化處理了。直到這些人戰敗投降，也沒有收到總部的一絲回覆。
與此同時作為這次作戰計劃的制定者李峰此刻鴨梨山大。畢竟這次計劃欺騙的時間十分有限，從計劃開始到現在距離影片播放完畢的時間不過還剩下5個時，而兩支增援艦隊正常到達上海的時間也只剩下不到個時。也就是如果個時以內在搞不定這些被包圍的gdi艦隊，那麼恐怕自己所制定的栽贓陷害計劃恐怕就要徹底露餡了。
在這種情況下，李峰不得不動用了剛剛完成改造的大量新式戰艦。於是那些以艦炮為主戰兵器的超改將軍級戰列艦就被直接傳送到了距離gdi艦隊不到10海里的範圍內，隨後一場刺刀見紅的近距離艦炮對射在此開始上演。
面對射速極快，打的相當精準的155毫米電磁軌道炮。突入的將軍戰列艦隊遭到了不的損失，雖使用了奈米鋼裝甲的戰艦主體結構損壞並不致命，可其表面上安裝的各種電子設施與火控雷達在敵方磁軌炮的打擊下就沒那麼幸運了。
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不過gdi艦隊遭到的損失可要比報銷一些裝置嚴重的多了，400毫米白田能量炮發射的離子燃燒彈可不是蓋的，很快那些敢於和將軍戰列艦對射的朱沃特驅逐艦就發現自己的選擇是多麼的錯誤。在將軍級戰艦重型能量炮致命的打擊下，沒有任何一艘驅逐艦可以抗住一發離子燃燒彈所造成的巨大破壞，將軍射程之內，到處都是漂浮在水面上燃燒的巨大火炬！即使高達兩萬多噸核動力巡洋艦在如此近距離的急促射擊下，也不過是多挨上幾發而已。
在這些戰列艦大殺四方所向披靡時，進行封鎖包圍的大批主力戰艦與空軍戰機也藉此機會開始對這些處於甕中之鱉的gdi艦隊發動了新一輪的全面打擊!在這種遠近同時開工，各種攻擊手段一應俱全的瘋狂攻勢下，兩支gdi艦隊指揮官在作戰艦艇損失殆盡，運輸艦隊的50多萬地面作戰部隊命懸一線，向總部求援毫無回應，以及突圍就是作死的總總原因之下，不得不下達了全面放棄抵抗的作戰命令。
雖然這支強大的gdi艦隊取得了驕人的戰績，幹掉了包圍自己的神秘艦隊超過一千三百多艘各型作戰艦艇。可此刻原本擁有三百多艘作戰艦艇的龐大遠征艦隊，除了甲板上空空如也的四艘gds帕特超級航母外，就只剩下三艘朱沃特驅逐艦還能繼續進行戰鬥了。而其它的作戰艦艇就沒那麼幸運了，它們要麼沉入海底成為了一堆人造珊瑚礁，要麼遭到重創即將加入先輩們的行列。雖然有的戰艦並未受到多大的損壞，可是問題在於戰艦上的那彈藥早就在之前的戰鬥中消耗殆盡了............。
當gdi艦隊現最高艦隊指揮官肯特海軍中將{第七艦隊那貨已經被十幾發魚雷送到水下喂海龜了........！}，增援部隊陸軍司令官埃爾文中將透過明碼表明放棄抵抗無條件投降時，這場持續了將近8個時的大混戰終於宣告徹底結束。不過這場大規模的海上決戰讓原本數量龐大的堡壘艦隊一下子少了一大半作戰力量{由神罰戰機組成的海軍航空兵陣亡75人，失蹤1人}，而剩下的那些戰艦中絕大部分也需要進行大修維護。還好這些戰艦都是機器人控制，要是換成人類士兵的話，天知道要死多少人呢！
同時這場大戰暴漏出的諸多問題也讓李峰意識到了科學技術與部隊武器合理配置在一場戰爭中所發揮的作用何其巨大，並從此深刻的認識到了二十一世紀初期的大部分武器裝備已經並不適合今後的作戰行動。
雖然對方所使用的不過是二十一世紀中期的產品，可從作戰畫面中，李峰可以清楚的看到雙方戰力差距是何其巨大。要不是最後動用了由超改將軍戰艦組成的炮擊編隊進行致命一擊，恐怕想要在時以內解決對方還真不是件容易的事情。
整場戰鬥優勢明明盡在手中，可實際所取得的戰果卻又是如此的慘不忍睹。雖戰場戰鬥兵不血刃的俘獲了五十多萬gdi地面部隊以及其作戰裝備，並全殲了gdi在亞洲的所有遠洋戰艦。可這兩支艦隊不過是gdi海軍四分之一的兵力而已，似乎為此付出的代價有些太過巨大了些。
在解決了這一計劃中最大的麻煩後，接下來的故事就可以毫無顧忌的按照原始劇本繼續進行下去了。城內的混戰最終以nod大獲全勝宣告結束，而此刻正在指揮中心做最後一搏的傑克上校也在打光自己手槍的所有子彈後，被衝進來的數名nod士兵最終制服。
而緊跟著進來的一位軍銜極高帶著面具神秘nod指揮官一面向此刻仍然處於連線狀態視屏通訊器中對gdi高官們大放厥詞，揚言要滅韓，屠日將gdi徹底從亞洲趕出去。一面向自己的手下發儘快消滅殘敵一個不留的冷酷命令。不過我們英勇的傑克上校抓住了對方分心的機會，突然出手，幹淨利落的打翻了看押自己的nod衛兵，並迅速從自己褲兜中拿出一發火箭助推手榴彈，隨後毫不遲疑的拉響了這枚炸彈，同趕來制止的nod士兵同歸於盡。而這場爆炸也讓對面的通訊完全中斷，只留下一片雪花，在訴著這位英雄曾經的壯舉。不一會衛星畫面在nod架設完隱形塔後徹底的消失在了gdi總部的眾人面前，至此整個上海市徹底的淪為了nod的後花園。
我們剛剛就任的執政官雷蒙－波義耳同學，對於傑克上校大無畏的犧牲精神甚是感動，只可惜這位英雄並不知道增援艦隊最多隻需要半個時就可以到港口扭轉整個局勢了。而我們的這位執政官閣正想藉此機會進行一場激勵人心的戰爭演時，災難又一次降臨在了gdi的頭上。
因為此刻由間諜衛星所傳回的實時畫面中，每個人都可以清晰的看到十幾枚nod核彈突然從天空中落到了這支艦隊即將到達上海完成增援任務的龐大艦艇編隊群中，當十幾個堪比太陽還要明亮的火球徹底包裹住整個畫面時，大家就知道這支由數百艘戰艦組成的龐大增援艦隊恐怕凶多吉少了。隨後在核爆強大的電磁脈衝影響下畫面至此徹底消失。
nod喪心病狂的舉動，徹底激怒了gdi總部一眾高官的情緒，除了我們的格蘭傑將軍對此事件深表懷疑外，其他人都希望對各地nod進行全面的核打擊作戰，從精神到**上毀滅這群邪教瘋子。不過當初gdi所制定的不在使用核武器的誓言並非只是作秀那麼簡單。
對於從政者來，不論任何理由誰碰這條底線都不會有什麼好結果。我們高傲的雷蒙－波義耳執政官怎麼可能為了那幾十萬人的死活去觸碰極有可能讓其下臺的gdi安全理事會敏感的g呢！{雖這條命令就是這個傢伙親自下的}結果動用核武的提案自然無法得到這位執政官的認可了，可是另一項不留俘虜的決議似乎我們的執政官閣下異常堅決的贊同這條相當合理的建議.......！
幾個月以後，當核爆艦隊的錄影被eva證實是一份偽造技術極高的虛擬全息攝影，不過這一切早已毫無任何情報價值可言了。因為此時的一切早在上個月新建立起來的中華共和國同gdi交換完雙方戰俘後不久，事實的真相就已經徹底揭曉了。只可惜gdi與nod為此在世界各地多打了不少場大戰，使得原本就苦大仇深的雙方結下的樑子再也無法調和。而這也使得雙方的爭鬥一直持續到李峰統一全球的那一天也未曾停息過！