完成談判以後，釋放我愛羅等人，送回路上出現了根部忍者的攔截，還有木葉的暗部，四方亂鬥。
根部的山中風陣亡，油女取根重傷，鳴人因為佐助重傷，佐助開啟萬花筒，自來也，卡卡西等人也是苦戰。
和沙忍分開，緊急送鳴人回木葉，結果不料木葉內鬥爆發，綱手權利被壓制，自來也幫助綱手奪權。
日向家被牽扯在了木葉高層的鬥爭中，鳴人偷偷開啟了任意門，轉移日向一族。
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鳴人帶著佐助和雛田離開了木葉，小櫻留在了綱手身邊。
而這個時候浦原喜助研究出這個世界可以使用的義骸，不過材料稀缺，也只能讓漩渦一族先行復活，隨後治療鳴人。
漩渦鳴人身體好以後帶著佐助和雛田去往鬼之國降服了魍魎，鳴人接機吸收了魍魎的力量。
死神意志再一次甦醒，大量的死神被召喚出來，去往冥界，進行了對冥界的征討，使得冥界一統。
完成這些的鳴人還沒有喘口氣，接到了大蛇丸的召喚，隨去的還有佐助，大蛇丸研究鳴人的細胞出錯，弄出了一個**體的鳴人出來。
一翻激鬥擊殺了**體，大蛇丸跟著鳴人去往雪之國。
木葉這邊團藏把握住了木葉的政務，自來也綱手出逃。
團藏竟然真正的融合了柱間，隨後綱手和自來也還有木葉的其他小強和上忍都逃到了雪之國。
團藏步步緊逼，隨後木葉和雪之國發生了一場戰爭（這是升級後的世界，根部平均實力都已經是上忍。）
漩渦一族，死神，以及霧忍還有歷代火影復活以後一場大戰現在根部忍者全部覆滅，團藏外逃。
綱手以及自來也返回木葉，收攏殘餘人員。
歷代火影沒有離開，雷忍和土忍紛紛向著木葉宣戰，沙忍蠢蠢欲動。
最後木葉加雪之國戰勝雷土兩國。
隨後一年鳴人歇伏了起來，大力發展科技，連通木葉沙忍還有雪之國。
三方利益捆綁，我愛羅成功上任沙影，匠之國事情爆發，鳴人出發搶奪四把武器，三國威壓匠之國。
又過兩年，風忍遇到襲擊，鳴人再次帶隊，爭奪回了我愛羅，沒有使得我愛羅被徹底抽取體內剩餘的尾獸查克拉，不過還是損失可不少。
然後鳴人開始四處尋找其他尾獸，全部封印到了體內，最後進入龍脈，吸取了龍脈的自然查克拉，仙人模式開啟。
最後所有世界意識覺醒，鳴人帶著死神，佐助，雛田，前往月球，雛田覺醒轉生眼，可是在覺醒的時候竟然被羽村擊殺。
不過幸好有惡魔果實，雛田變成可一顆不死鳥的蛋。
鳴人徹底爆發，進入六道模式，血脈晉級大筒木，只是不能持久。
擊殺羽村以及舍人後，月球被鳴人佔領，鳴人召喚出星際爭霸中的蟲族，然後轉移木葉的人進入月球，而油女志乃竟然和刀鋒女皇的關係火熱升溫，這讓鳴人百思不得騎姐。
就在鳴人返回地球的時候，曉組織來襲，鼬和佐助單挑，其他的人也紛紛找上了自己的對手。
最後以三國聯盟獲得勝利，就在打敗長門的時候黑絕來襲，搶奪了一顆輪迴眼。
鳴人同樣拿到了一顆輪迴眼，佐助成功換去了永恆萬花筒。
藥師兜背叛，進化成仙人模式的藥師兜，加入了新的曉組織，穢土轉生了斑爺。
四次忍戰再次掀起，雛田以大筒木雛田，鳴人以大筒木鳴人，佐助雙六勾玉輪迴眼出現在戰場上，一路摧枯拉朽消滅了斑爺以及所有的穢土轉生。
佐助擒獲藥師兜以後鳴人復活了藥師野乃宇，藥師兜懺悔。
隨後大筒木桃氏，金氏，來襲忍界大陸，鳴人雛田佐助不敵，甚至死神一方也不敵。
佐助率先放出了輝夜姬，不過輝夜姬並沒有佔據佐助的身體，而是直接降臨。
四人再一次努力下擊殺了金桃兩人。
隨後幾年，鳴人把所有被毀世界意識能召喚的人全部召喚，使得忍界大陸實力暴增，
鳴人隨後掀起了全部忍界戰爭，順昌逆王，一統忍界，又在所有科學家的努力些，忍科技和物理科技一起爆發。
沒幾年好日子，大筒木又來襲，這次也被硬扛了下來，最後鳴人帶著殲星艦等高忍科技，向著宇宙深處出發。
大結局