後世歷史愛好者在研究大齊帝國官制時，經常容易犯下的錯誤是說大齊制度為齊承明制。
從表面上看，齊國官制與前明頗為類似，仔細比較還是有一定差別的。
在中央，以首相替代內閣，六部（禮戶吏刑工兵）直接對皇帝負責。
首相授大學士銜（華蓋殿大學士、建極殿大學士、文淵閣大學士等），正二品。
設內廷大總管，東方祝為首任總管，大總管位列十二監、二十四衙門之首，與首相一起，有批紅之權。
區別於明制的一點是，武定皇帝對外戚勳貴勢力頗為重視，另設成國公頭銜，由外戚勳貴擔任，與首相、大總管一樣，亦享有奏章批紅權。
如此以來，大齊頂層便形成了相權、宦權（大總管）、皇權、外戚勳貴四權分立的局面。
首相負責對全國事務進行票擬（提出處理意見），大總管與勳貴負責對票擬批紅（批准意見，代行皇權），最終詔令下達前，須呈皇帝御覽。
大總管下設掌印太監一人，秉筆太監若干，掌印太監統管司禮監，首席秉筆太監掌東廠、鎮撫司（蓑衣衛）。
齊中樞設六部（行宮、王宮各一套班子，一實一虛），六部下各設清吏司，其中戶部、刑部各十三清吏司。
令設檢察院、友愛寺。都察院由前明的都察院發展而來，主掌監察、彈劾及建議。友愛寺掌刑獄桉件審理，由前明大理寺發展而來。友愛寺、檢察院、刑部因同掌司法，合稱中央三司。
此外，大齊廢除前明官制六科給事中（即言官），廢除掌侍從，原先的諫諍、補闕、拾遺、稽核、封駁詔旨等職責，由訓導官負責，御史亦被廢除。
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在地方，大齊延續從元代便開始施行的行省制，仍舊為省、府、縣三級，省府縣三級主官由皇帝直接任免，縣以下為鄉、村，鄉村皆為農會、商會選出代表直接管理。
大齊行政機構，遠期規劃為三京八十一省（包含安南、朝鮮、日本行省），三京為中京（天心城）、東京（平壤）、南京（雅加達）。
八十一省除關內三十六省外、還有遼東四省、蒙古五省，朝鮮三省、倭國十省、安南國六省、真臘國(今柬埔寨)三省、暹羅國(今泰國)六省、佔城國(今越南南部)三省、蘇門答剌(今蘇門答臘島八昔)兩省、爪窪國(今爪哇島)三省、湓亨國(今馬來半島)兩省、三弗齊國(今蘇門答臘島巨港)三省、渤泥國(今文來)兩省····
其中，均州（順天府）一帶的直隸府合稱直隸。
各省最高行政長官為巡撫，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指揮使司（合稱地方三司）
大齊與前明在軍事方面的差別，後文會詳細介紹，這裡暫時不表。
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太初三年三月，武定皇帝頒佈詔令，委任原吏部侍郎葛業文為河南巡撫，南明降官路振飛為湖北巡撫，兩人在洛陽謝恩後，立即分赴開封、襄陽，走馬上任。
為加強對新佔領區的統治，避免大軍東征朝鮮期間後院起火，各府州縣的官員都換成開原系老人，一大批從學堂畢業的訓導官、商會學徒進入府州縣衙門任職。
在大清洗運動中成長起來的農會，憑藉著武力支援，架勢牢固掌握縣以下權力，代替了原先依靠宗法、族長統治鄉野的“鄉賢”治理體制。
在農會強大攻勢下，農村舊制度徹底碾碎。
太初三年春天，武定皇帝在中原、荊襄劃了幾個圈，一座座嶄新的屯堡學校拔地而起。
荊襄流民陸續遷出大山，進入屯堡耕地；各府州縣孩童，紛紛入學學習。
按照大齊教育法令，帝國幼童，無論漢苗蒙古女真，無論男女，六歲以上，十二歲以下者，都必須進入學堂學習識字，學習自然科學、軍事、地理、等學科知識，當然，也少不了對大齊皇帝、大齊軍隊的感恩學習。
從兒歌“謝謝你因為有你溫暖了四季”到“沒有武定皇帝就沒有新中華”，武定皇帝三歲能騎馬，五歲能殺敵，十歲已經指揮大軍作戰····
在戰兵代表、商會代表，訓導官、各科老師敦敦教導下，諸如此類的“真理”，被牢牢鑲刻在所有學生腦海深處。
訓導官森悌得意洋洋道：“他們（學生）或許會忘記自己姓甚名誰，但絕不會忘了是誰將他們從餓殍中拯救出來，給了他們新生！”
劉招孫對這種狂熱的造·神行動，既不反對，也不支援。
一切順其自然。
孩童所需學費，由翰林院全部承擔。
這樣做可以將詮釋知識的權力，從佔人口不到百分之二的儒生士子手中奪回。
誰能掌握識字的百姓，誰就能掌握輿論，誰就能掌握歷史。
孩童學成之後，可選擇進入工坊當學徒，去軍隊到輔兵，去探險隊探索遠方。
~~~~太初三年四月，武定皇帝返回遼東前夕，他派勳貴成國公金大久，違命侯朱由校率洛陽官員和工匠，浩浩蕩蕩，從河南出發前往均州，支援均州新都建造。
四月初八日，太上皇率一眾扈向離開河南，向遼東進發。
在營建都城期間，發生了兩件靈異事情，準確說都是祥瑞。
當時，營造新京的木料，大都是在四川砍伐的，先在長江上放木排順流而下，到了漢口這些木排要被截住，然後再順著漢江運到武當山。
有一根木材很奇怪，到了漢口它不是像別的木頭橫著浮在水面上，而是直直的站在水面上。
金大久派人官員司馬平到水下看，發現這個木材下面還有幾尺高，沒落到底，覺得很奇怪，就說是神把這個木料留下來，用於天心城的宮殿建築。最後，均州軍民用繩索把這個木料拴著，拖到了工地，作為皇極殿正樑，在後來的《京城瑞應圖》裡面，有很多船拉著木料從黃鶴樓經過的畫面。
第二件祥瑞是這樣的，當時工匠從各地到均州，走的多半是水路。
由於齊國開出的工錢很高，人們不懼南明皇帝三令五申不準與齊國交接，還是有人源源不斷趕往均州投靠。
湖南湘潭有個百姓名叫劉忠，他帶了幾隻船從湘潭那一帶出發，行至光化縣，快接近均州時，一個叫羊皮灘的地方，遇到大風暴雨，船就停靠在岸邊，突然看到上游一個黑乎乎的東西游下來，他們就用長竹竿把它撥到岸邊。一看，是直徑兩米多的一個大鐘，他們都懷疑這是皇宮大鐘，就把它獻給成國公。
金大久喜出望外，以為祥瑞，把這個鍾供在剛剛建起的鐘樓裡面，並八百裡加急將此事稟告太上皇。
此即為祥瑞“水湧洪鐘”。
正在返回遼東路上的太上皇，聞聽此事，沒有表現出一絲欣喜，冷冷道：
“告訴成國公，以後不要再胡亂進獻祥瑞，朕派他去均州，是讓他好好督工的，不是讓他天天整這些花活兒！說再敢教大舅哥這些旁門左道，朕就殺誰！”
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一路無話。
經過一個半月的長途跋涉後，四月底，太上皇的行鸞逼近山海關，第十兵團主官鄭一石早早得到訊息，出山海關十里迎候御駕。
劉招孫對山海關防務頗為重視，此地為連線關內關外的要道，可謂牽一髮而動全身，原本歷史上李自成最終失敗，便和這山海關撇不清關係。
“末將謹遵聖上教誨，一面加強第十兵團訓練，一面敦促農會、商會，敦促農戶屯田，去年一年，遼西新開荒田地三萬畝，可養活······”
鄭一石穿著身精良甲胃，黑色的披風遮住了他漸漸隆起的小腹，他帶著兩名親兵在前面走，武定皇帝跟著他登上山海關城牆，林宇吳霄李自成三人緊隨其後，充滿警惕望向四周。
劉招孫認真聽完鄭一石稟告，又在這位老部下的帶領下視察了關內商鋪，對鄭一石這段時日的表現頗為滿意。
五月初，返回遼東。
將近兩年的南巡行動圓滿結束。
五月七日，太上皇的行鸞由沉陽廣積門入城，沿朝陽街，徑由午門入皇宮。
顧命大臣錢謙益、周永春等，替代小皇帝出午門迎候，太后楊青兒、金虞姬以及太妃陳圓圓也在人群中。
劉招孫與群臣后妃一陣寒暄，當日便回了皇宮。
次日，太上皇喚來小皇帝，詢問劉堪功課學業。
“弟子規，聖人訓。
首孝悌，次謹信。
泛愛眾，而親仁。
有餘力，則·····
劉招孫取出戒尺，虎視眈眈望向兒子。
“則什麼？”
四歲三個月的劉堪睜大眼睛，一臉無辜的望向父親。
“伸手出來！”
連打兩下後，太上皇怒道：“好好背，背不出，今天就不能玩竹蜻蜓了！”
劉堪強忍住悲傷，淚水在眼眶裡打轉。
金虞姬楊青兒都看不下去，揮退東方祝，兩個女人開始指責他太過嚴厲，劉招孫聽了立即反駁道：
“朕三歲便開始讀書，熟讀道家經典，朕可以，他為什麼不能？都是讓你們慣壞了！天天只知道玩！”
金虞姬罵道：“你那讀的是什麼書？不過是跟著幾個武當道士四處鬼畫符，給死人打待屍（註釋1）·····”
劉招孫面紅耳赤，啞口無言。
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轉眼間，小皇帝到了出閣講學的年齡，武定皇帝欽定由錢謙益、周永春、湯若望、王時敏、擔任帝師。
錢謙益是東林黨魁，周永春是齊黨頭目，兩人勢如水火，負責教授小皇帝儒家教義，歷史經典，王道霸道；
湯若望是來華傳教士中學識最高的一批，負責教授小皇帝自然科學知識；
王時敏乃萬曆首輔王錫爵之孫，南直隸蘇州府太倉人，書畫了得，負責教授小皇帝書法和繪畫；
劉招孫親自上陣，天天帶著劉堪蹲馬步，練習八極拳基本招式以及弓馬騎射。
在武定皇帝的督促下，帝國的第二位皇帝，從四歲開始，文學藝術科學地理歷史體育心理全面發展，為後來成為千古一帝奠定了堅實基礎。
注：
1、打待屍：在均州城鄉，喪葬習俗大體相同，都有為亡者“打待屍”的習俗，為亡者唱《待屍歌》，以寄託對亡者的哀思，傳說起源於楚國屈原《國殤》。《待屍歌》由‘起鼓’、‘正腔’、‘煞鼓’三部分組成，演唱時有固定的程式。”主要是唱一些人活百歲總有一死及神話傳說，氣氛莊重、肅穆。