就在熊本之戰的第二日，已經降服了對馬宗家的北路艦隊，從對馬島出發兵分兩路，一路在鄭芝龍的帶領下撲向了平戶，另一路則在荷蘭人普特曼斯的帶領下進攻了長崎。
這兩處地方本就沒有什麼常備武力，而薩摩藩起兵更是讓周邊的兵力抽調一空，因此長崎奉行竹中采女很快就逃往了佐賀藩。不過當竹中采女抵達佐賀藩不久，熊本平原聯軍大敗，熊本藩和薩摩藩聯手的訊息便傳到了佐賀藩。
九州島最為富庶的其實只有兩個地方，一個是控制了對外貿易的長崎和平戶，另一個便是擁有大片平原和水系的熊本藩。其他地區的大名其實都不富裕，這次為了抵抗薩摩軍，基本上已經將老本都拿出來了。
熊本平原上各藩聯軍的覆滅，使得各藩實際上已經沒有抵抗熊本-薩摩聯軍的力量了。而佐賀藩就更慘了，不僅藩中的精銳為之一空，連家主都被人俘虜了去。因此當竹中采女試圖讓佐賀藩出兵幫助他收復長崎、平戶時，藩中的上下並無心理睬他，大家都忙著怎麼讓本家儲存下去，並打聽出家主是否還活著的事。
竹中采女在佐賀藩只待了兩天就不得不繼續跑路了，一來此地人心惶惶，對於幫助他收復長崎、平戶並無心力；二來便是藩中不少人員對他的態度越來越冷淡，這讓他擔憂佐賀藩會倒向熊本-薩摩聯軍。
於是竹中采女再次逃亡，這次的目的地是此前沒有出兵，在九州北部實力最為完整的福岡藩。
因為家主和首席家臣之間的內鬥，幸運的逃過一劫的黑田家，此刻也處在一種僥倖和茫然的狀態之中。
福岡藩和兩個支藩相加，領地固然超過了50萬石，但是在北九州聯軍已經被熊本-薩摩聯軍覆沒的狀況下，他們並不覺得自己能夠抵擋得住熊本-薩摩聯軍的進攻。
不過福岡藩內雖然因為這一突然變故而緩和了內部矛盾，但是圍繞著福岡藩接下來是繼續抵抗熊本-薩摩聯軍，還是向聯軍低頭的問題，又形成了兩派意見。
慄山利章等信任幕府實力的家臣們，認為應該繼續抵抗熊本-薩摩聯軍，直到幕府派出大軍征討九州為止。
而另外一部分家臣則認為，熊本-薩摩聯軍勢力強大，九州北面的長州藩又同幕府敵對，在短時間內幕府根本不可能派出大軍征討九州，為了儲存本藩的實力，不如先同聯軍虛與委蛇，表明中立的立場。
一直和慄山利章爭鬥不休的黑田忠之，雖然不敢公開支援中立派家臣的主張，但是他在暗中卻是極力支援在幕府和聯軍中中立的意見的。
福岡藩上下於是陷入了一個糾結的兩難選擇，選擇抵抗聯軍，當下福岡藩就要滅亡了；選擇向聯軍屈服，那麼事後又要被幕府所清算。
不過竹中采女帶來的長崎、平戶的淪陷訊息，終於讓家主黑田忠之下定了決心。明國和南蠻人的插手，使得九州島已經成為了孤島。
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福岡城位於博多及那珂川之間的福崎丘陵上，城下町位於城池的北面，距離大海很近。這座城池雖然被稱之為石城，但是為了消除幕府的戒心，前任藩主最終還是拆毀了城中的天守閣。
也就是說，福岡城其實和長崎一般，都是一座港口城市，既然明人和南蠻人同熊本-薩摩軍聯手，那麼福岡城就面臨著被海陸夾擊的危險。
黑田忠之並不認為，有著明人和南蠻艦隊相助的熊本-薩摩聯軍會輸給幕府。於是他開始向家臣們表明了自己的態度，並要求竹中采女離開福岡城。
黑田忠之的倒戈，讓竹中采女憤恨不已，但是幕府勢力在九州的消退，讓他無法對黑田忠之的行為作出任何反擊，他只能離開福岡城，前往九州最北端的小倉藩。
慄山利章不能接受黑田忠之的決定，於是跟隨竹中采女一起離開。但是當他們抵達小倉城不久，細川忠興卻下令抓捕了兩人，然後將他們視為禮物送給了聯軍，作為小倉藩向聯軍徹底投靠的證明。
細川忠興押著兩人向聯軍投誠時，加藤忠廣才帶著9000軍勢跨過了築後川，距離小倉藩還有百餘里呢。
北路艦隊在十一月十二日奪取長崎和平戶之後，立刻在當地建立起了統治秩序。之所以能夠這麼快控制當地形勢，除了900名全副武裝的士兵之外，當地的華人和切支丹教徒也提供了極大的幫助。
普特曼斯雖然極想獨自霸佔長崎港，但是鄭芝龍及葡萄牙人的牽制下，不得不認可了長崎、平戶自治的原則。雖然被幕府驅逐過，但荷蘭人在長崎還是擁有一定根基的，在自治會議上佔據了大約40%的席位。
而華人和葡萄牙人支援的切支丹教徒同樣佔據了40%的議會席位，最後的20%席位則落入到了願意和艦隊合作的本地商人的頭上。
鄭芝龍對於這次行動也是心滿意足，此次從長崎、平戶中奪取的財富，有將近十分之一落入了他的口袋，而且他還接回了妻子田川氏和兩個兒子一個女兒。
十一月十五日，普特曼斯帶著主力艦隊繼續北上，十六日抵達了福岡城北面的海面，和加藤忠廣形成了海陸合圍的勢態。黑田忠之這才手忙腳亂的放棄了中立的主張，表示願意加入倒幕聯軍。
十一月十七日，艦隊抵達了小倉城，接受了細川忠興的投效，至此九州島的幕府勢力基本被清除。同九州島隔著一道海峽的長州藩上下固然是大喜，但是對於四國島上的土佐藩來說卻是一個噩耗。
更讓土佐藩上下憂心的是，十一月十五日，在紀伊水道發生了一場水戰，德島藩和紀伊藩的水軍不敵明人艦隊，最終喪失了紀伊水道的控制權，瀨戶內海航道陷入了明人艦隊的威脅之下。
四面環海的四國島，失去了海上航道的控制權，等於要獨立面對九州聯軍的進攻，這讓土佐藩陷入了緊張備戰和惶恐不安的氣氛之中。
不過在水戰中失利的德島藩和紀伊藩，情緒卻比土佐藩穩定多了。在水戰一開始就拋棄了盟友，逃回根據地的淡路水軍基本沒有受到什麼損失。
蜂須賀家政此前同東海巡閱府暗中達成的協定，使得德島藩不僅沒有受到明人艦隊的進攻，反而使得德島城成為了明人艦隊的補給港。
至於紀伊藩，原本就沒有什麼實力的水軍被殲滅，並不能損害到紀伊藩的實力，藩內領地上缺乏優良港口，也避免了明人艦隊從海上的入侵。
藩主德川賴宣和家臣們，卻從這場水戰中意識到了德島藩的不可靠和明人艦隊的強大。賴宣和家臣們討論再三之後，決定無視幕府要求他們出擊大阪的意見，並不答應大阪方面的停戰協議，先保住自家的安全再說。
十一月十七日，德川賴宣偽裝成安藤直次的侍衛，在堺市和李晨芳、許心素進行了一次會談。會談中李晨芳、許心素向賴宣承諾，不管日後形勢如何變化，明國都會確保其對於紀州半島的統治權力，並將王子川-鶴田湖-狹山以南的區域交給紀伊藩。
賴宣則承諾，只要幕府軍沒有奪取大阪城，紀伊藩就會保持中立，絕不會出兵越過王子川-鶴田湖-狹山一線。除此之外，賴宣還掏出了5萬兩，贖回了被俘的紀伊藩將士，並購買了一批武器。
阿部正次帶著返還的長州討伐軍剛剛奪下了兵庫津，就遭到了停泊在港外的五艘戰艦的炮擊。被打的潰不成軍的片岡支隊趁機退往來了六甲山，而兵庫津及港口卻徹底被摧毀。
介於明人艦隊控制了海上航道，阿部正次不得不止步於湊川以西。因為他擔心自己率軍進攻大阪時，這只艦隊會截斷他的後路，讓他這只部隊處於前後夾擊之中。
阿部正次雖然停下了腳步，但也沒有呆在原地發呆。他一邊派人同艦隊交涉，詢問對方為何無故攻擊本軍，一邊派出了小股部隊對流竄於六甲山一帶的片岡殘軍進行圍剿。
此外，他還派出了信使前往京都，請求京都所司代板倉重宗帶領召集來的京畿聯軍南下，和自己一起進攻大阪。
而在此時，葉雨軒正將聯軍指揮部從種子島遷往長崎，並邀請九州諸藩及長州藩等西國大名在長崎會面，商討聯軍上洛一事。也就在這個時候，由朝鮮三道水使林慶業帶領的六、七十艘運輸船，正浩浩蕩蕩的向著長門開去。
這座長州藩著名的漁港，現在已經成為了日本以西最大的捕鯨基地。大明的漁業公司在此地不僅控制著大批人手，還儲備了大量的糧食，足以支援一隻艦隊的消耗。
林慶業將濟州第一步兵團運來此處，也是想要藉助此地的物資支援北上的作戰計劃。就在西南諸藩和聯軍緊張籌備著上洛作戰時，京都所司代板倉重宗卻陷入了麻煩之中。
阿部正次的出兵計劃雖然很好，但是板倉重宗卻感覺自己無能無力。因為京都正陷入了物資缺乏的難題，他甚至都不得不中止了向京畿各藩徵召軍隊的命令。
按理說，坐擁京都盆地和臨近大阪平原的京都，其實不應該缺乏物資。但是數十年的和平，使得京都人口已經超出了京都盆地能夠承載的人口上限，基本上都需要從大阪輸入各種生活物資。
但是現在大阪淪陷，而此前秋收的一部分糧食又被調撥給了阿部正次，這使得京都一下失去了物資輸入的來源。板倉重宗雖然有意向彥根、尾張兩藩求助，但是前者也就意思意思的送來了500石糧食，而後者則乾脆一毛不拔。
在大阪出動軍隊做出進攻京都的舉動後，又有不少人從京畿附近逃入了京都，更是加快了消耗京都物資的速度。在這樣的狀況下，板倉重宗能夠安撫住京都不發生變亂就不錯了，哪裡還能領兵出征大阪呢。（未完待續）