三年前數碼寶貝的入侵，讓世界各國看到了數碼寶貝的威力，許多國家立即成立數碼寶貝的研究所，對數碼寶貝進行研究。
經過了三年的努力，不少國家的研究成果還不錯，已經能夠進入到數碼寶貝世界，但他們的最終目的並非是統治數碼寶貝世界，而透過研究數碼寶貝，從而開發出新型的武器。
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有些國家或許是想稱霸地球，但有些國家是受到了威脅，研究數碼寶貝不過是為了武裝國家的軍事力量，為以後的戰爭做準備。
畢竟以後極有可能會是數碼寶貝的戰爭，極早一步掌握數碼寶貝的科技，對自己國家也是有好處的。
“你們的幕後主使人是誰”武新上前兩步，一腳踩在夜叉的胸膛上。
死亡逼近，夜叉露出了驚恐的眼神，眼前的三眼神將猶如死神一般凝視著他，讓他感覺到一股寒意。
“你…你要幹什麼”夜叉害怕了，連說話也變得哆嗦起來。
“我話不會再說第二遍”武新面如冰霜，散發出的殺氣令周圍的空氣都凝結成霜。
毫無疑問，夜叉若是不說出幕後指使人，武新會毫不猶豫的殺人。
“小新哥哥…”嘉兒望著武新，眼前的高大男子瞬間變得陌生。
就連其他人也開始變得不淡定，紛紛被武新這股殺氣嚇到了，情不自禁的後退幾步。
“他…他真的要殺人嗎”大輔心驚膽顫看著眼前這個男人，這是他第一次經歷過這種情況，以往都是與數碼寶貝作戰，從未試過與人類作戰，更沒有想過殺人。
忽然，夜叉全身抽搐不斷，電流在其身上蔓延，一股能量爆射出來，令武新大為驚恐，向後退後一步大喊“危險，大家退後。”
眾人聞其聲，也感到了一股能量澎湃而來，連忙後退幾步。
“轟”的一聲，夜叉的身體爆開了，周圍滿是碎肉，顯得異常恐怖。
“啊…”兩個女孩子連忙捂住眼睛，不忍看到這殘忍血腥的一面。
“他居然自爆了”
也就啊武的內心強大一些，敢直面這血腥的場景。
現實世界中，在一個豪華的基地中，一群人正看著一個大屏幕，螢幕上正顯示出武新的三眼神將。
一個魁梧男子抽著煙，身上散發出一股無形的氣息，使人不敢逼近，他看著螢幕慢條斯理的說道“這個三眼神將不就是三年前出現的數碼寶貝，沒想到他又出現了”
“不僅如此，他居然在我們的黑暗之塔範圍內進化到完全體，實在是不簡單啊”身後一個男子說道。
“三年前，就是他多次拯救人類，我們也追蹤過他，但對他的資料還是個迷，看來我們要多關注他才行”
“那接下來的計劃是…”
他吐出了一口煙，沉思片刻數說道“這個男人很危險，極有可能影響我們的計劃，把基地所有資料都毀掉，不能讓他查出我們的線索”
“是，boss”
男子拿出一個遙控，按下了中間的按鈕。
夜叉死後，基地開始震動，猶如地動天搖，看似就要塌了。
“走吧，這裡快要爆炸了”
武新扔下一句話，就與眾人離開了基地。
從這一刻開始，武新更加堅定了自己的想法，代號夜叉的男人不過是暴龍改造者組織的其中的一員而已，其幕後還有更大的組織支撐著。
武新與眾人回到太一等人所在地，在這裡武新見到了啊和與光子郎，經過了三年，大家都成長為16歲的少年了。
夜幕降臨，大家駐起了篝火，聊著這三年來的點點滴滴。
與原著劇情不同，三年前與極惡魔王戰鬥，除了武新，八個被選召的孩子全部成為了英雄，在全世界都非常出名，使得他們的人生軌跡都發生了變化。
雖然他們目前都在讀初中，但他們的英雄光環註定無法像普通人那樣生活，光子郎因為其天才般的頭腦，被夜神研究所招去做科學家，負責數碼寶貝的研究工作，當然，那裡對數碼寶貝的研究是保護數碼寶貝為主，倡導的是人類與數碼寶貝和平相處。
啊和本來就長的帥氣，加上光環加身，使得他在學校非常受歡迎。
八神太一與素娜則是比較平常，但也受到了不少媒體的採訪。啊助開始學獸醫的知識，將來他打算救治更多的數碼寶貝。
不過話說回來，學獸醫真的可以對數碼寶貝進行治療嗎，那些鋼鐵體的數碼寶貝怎麼治，難道要學電焊？
太刀川美美因甜美的長相，被許多娛樂公司看中，簽約成你偶像明星，在島國也是小有名氣。
“對了，小新，這三年來你過得怎麼樣啊”講述完了大家的經歷，太一迫不及待的問起武新。
“沒什麼，就讀書啊，和普通人一樣”武新無所謂的說道。
“啊…怎麼可能”太一噓了一聲，明顯是不相信武新的話。
上一批被選召的孩子中，就武新最為傳奇，太一怎麼也不會相信武新什麼事也沒有發生，平平常常的過了三年。
“對了光子郎，現在夜神研究所主要的研究工作是什麼”武新不想在這個話題糾纏下去，就問起光子郎研究所的事。
光子郎一愣，隨即說道“目前主要是研究數碼寶貝的形成，以及一些對付數碼寶貝的武器，防止下次數碼寶貝進攻人類世界的時候，人類能夠有能力阻止”
“研究成果怎麼樣”
光子郎搖頭說道“不盡如意，僅僅只是研究出一些武器，但這些武器用來對付數碼寶貝，威力還是不夠”
“這個世界還有多少組織在研究數碼寶貝”
光子郎又道“太多了，自從三年前數碼寶貝的入侵，給人類帶來了不可磨滅的傷害，也讓人類意識到數碼寶貝的可怕之處，所以有很多國家成就了研究小組，對數碼寶貝進行了研究”
聽了光子郎的話，武新再次陷入沉默，這時大輔打破了這股寧靜。
“接下來我們怎麼辦，數碼寶貝世界裡還有許多黑暗之塔，他們腐蝕著周圍的數碼寶貝，使他們無法進化，我們要不要幫助他們”
“那好吧，明天開始，我們就將所有的黑暗之塔毀掉”
眾人舉起了手，一起歡呼了起來，只有武新在一旁默不作聲，他在思考，未來的趨勢會如何發展，以後或許又是一場硬仗