真新鎮。
一個風景秀麗，充滿著田園氣息的關東小鎮，原本沒有什麼出奇的地方，然而關東研究界卻幾乎無人不知道這地方。
只因，這裡住著一位全關東，甚至全聯盟最權威，沒有之一的博士大木博士。
真新鎮一處廣闊的山脈，大木博士的研究所就坐落在這裡。
幅員遼闊，又地形複雜，樹林、丘陵、湖泊、山地，各種地形幾乎應有盡有，讓各種各樣的神奇寶貝們自由居住生活。
研究所裡，一個穿著研究服的老年人正對著螢幕津津有味地吃著泡麵，他就是關東最有名的大木博士。
在這裡，有無數可愛的小精靈自由自在的嬉戲著，旁邊一個約莫十歲大小的少年正興致勃勃地對著一頭有著六條尾巴的火紅色小狐狸做著健康檢查。
“博士，這只六尾已經康復了，發育情況也比較良好，屬於優秀級別，看來小星培育的很好。”少年人認真的回道。
“是嘛，才出去兩個月就能找到這麼好的一隻六尾，看來小星在外面旅行很好，真是真新鎮的希望之光啊。”大木博士吃著泡麵抽空讚歎道。
“是啊，兩個月已經傳回來十三只神奇寶貝，加上自己擁有的六隻神奇寶貝，說不定這次參加石英大會能取得一個好的名次。”少年人臉上露出一絲自信的微笑，只是眼神中難免浮現一絲黯然。
大木博士看在眼裡，難得地放下手裡的泡麵，朝少年人道：“智輝，你和小星一樣都十歲，按理說，你也應該一起出發旅行的，結果要讓你一個人在研究所裡陪我。”
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“博士，沒事，這些都是我自願的。”少年人也就是智輝不在意的笑道。
作為一名十歲少年，他其實一直有一個隱藏的秘密沒有告訴別人，他是穿越者。
來自一個所有人都知道的世界——水藍星。
他穿越的方式很正常，出門被車撞，不過不是因為救人，而是因為一輛車突然失控，然後他就這麼華麗的倒過去了。
醒來之後，智輝發現自己躺在病床上，還想著是哪位好心人救的他，結果異常驚訝的發現這個醫院的護士壓根兒不是人，而是一個人形蛋。
當時，智輝驚訝地差點滾下床，因為這蛋，他知道，就是前世神奇寶貝裡面的喬伊小姐標配吉利蛋。
接著，他又不出所料地看到了喬伊小姐，當時他其實挺開心的，一來，被車撞了竟然沒死，能重新活一次，二來，他小時候最喜歡的動漫就是神奇寶貝，現在可以穿越到這地方，簡直不要太好。
那麼多的可愛到爆的神奇寶貝，還有各種豐富的地方景色，真的不要太好玩。
尤其是還安全，只要不作死，整體來說世界一片和諧，否則也不可能讓一群十歲的小鬼滿世界的旅遊。
再接下來，智輝驚訝的發現自己這一次的媽媽竟然就是神奇寶貝裡面小智的媽媽花子，而自己的弟弟也就是神奇寶貝動畫片裡面的一號主角小智。
媽媽溫柔大方，弟弟雖然熱血卻聽話，智輝在經過初時的不適應之外，很快就喜歡上了新的家庭，並且等著十歲的時候在大木博士這裡拿走自己的初始小精靈。
直到一次，晚睡的智輝發現媽媽花子累得躺在椅子上睡覺的時候。
這是一個真實世界，自然就和神奇寶貝動畫裡面的一片和諧不一樣的。
每個小孩十歲時候都可以領到一隻神奇寶貝，但是如果想要小火龍、傑尼龜、妙蛙種子這御三家的話，每年都要交多餘的稅收，否則初始小精靈可能就是外面常磐森林裡面隨處可見的綠毛蟲或者小拉達了。
智輝家，雖然名義上父親母親都在，但是那個不著調的父親，已經在外面旅行三年沒有回家，說不得，真可能發生意外，所有的生活來源都是媽媽花子一個人獲取的。
原本照顧兩個小孩就不容易，還要承擔額外的稅收，就更難了。
小智沒心沒肺，可是智輝不是啊。
於是，他狠下心跟媽媽說他不想當神奇寶貝訓練家，然後將為他所繳納的稅都移到了小智身上，之後為了減少開支，他主動來到大木博士這裡當助手，學習神奇寶貝的知識。
畢竟，這個世界，是人類和神奇寶貝共同相處，共同擁有的，而最好賺錢的來路也和神奇寶貝離不開關係。
就像西魯夫公司，就靠製造神奇寶貝球技術獨步聯盟，財源滾滾，成了全聯盟排名前幾的富豪集團。
這條路自然不適合智輝這個沒人脈的十歲小鬼，作為一個平民，他所能走的最好的方法就是神奇寶貝博士。
作為一名神奇寶貝博士，只要有名，就會有聯盟提供大量的資金、住處，給博士研究，可以說一旦成為博士，名譽、金錢、社會地位都不會少，富甲天下那是不可能，但小富小貴絕對沒問題。
看看人家大木博士，研究所就佔據了一座山，雖然名義上這是聯盟的，但只要大木還活著，這裡一切都由大木博士做主，甚至只要大木還能指定繼承人，只要繼承人透過研究考試，也是個博士。
智輝，雖然很久沒玩神奇寶貝，但是他隱約還記得一些東西的，比方說伊布的進化型，現在關東才發現水、火、雷三種進化型，他記得伊布一共有八種進化型，雖然怎麼進化的他有點忘了，不過自信還是可以研究出來的。
還有，現在神奇寶貝屬性還沒有研究齊全，妖精系，到現在還沒有被發現，智輝自信只要把這個研究做出來，他就會成為轟動一時的博士，就算比不上大木博士，但自信不會比正輝燈塔的正輝博士、若葉鎮的空木博士差。
於是就有了現在的情況。
大木博士看著智輝，臉上露出複雜的表情，對這個助手，他很滿意，雖然年紀不大，但是做事十分細心，在自己這裡兩年，瘋狂看關於神奇寶貝的書，知識上不差，對待神奇寶貝也充滿愛心。
和他比起來，自己那個五歲的孫子，真的差遠了。
可是，就是因為關心，所以才看得出來，他很想要出去旅行，很想擁有屬於他自己的神奇寶貝。
“好了，這裡你做完調查，就先回家吧。”大木博士道。
“好的，博士，我明天再來看你，不過博士少吃點泡麵吧，我不就是今天研究的認真了點，沒給你做飯嗎？你就不能自己動手豐衣足食嗎？”智輝看著大木博士的面忍不住道。
“那很浪費時間的，我們做學術的，不能在吃飯這種東西上浪費太多時間。”大木博士煞有其事道。
“行吧，博士，再見啦。”智輝道。