作為一個高人氣的系列作品，神奇寶貝系列在流行文化中無疑留下了自己的記號。神奇寶貝系列中登場的神奇寶貝們也變成了流行文化的符號：梅西感恩節大遊行上兩個不一樣的皮卡丘氣球、全日空的口袋妖怪噴氣機、數以千計的衍生商品，名古屋和臺北的神奇寶貝公園等等。神奇寶貝在1999年登上了時代雜誌
2011年11月人，任天堂在紐約洛克菲勒中心建立了神奇寶貝中心商店。其設計模仿了大阪和東京的其他兩個神奇寶貝中心，並以神奇寶貝系列遊戲中的標志物命名——神奇寶貝是訓練師用來給神奇寶貝們在對戰後恢復體力的功能性建築。商店在兩層內出售從神奇寶貝T恤到填充玩具在內的一系列神奇寶貝周邊產品。
約瑟夫·託賓將系列的成功歸功於一串能被觀眾被記憶並交流的神奇寶貝名稱。內涵豐富的神奇寶貝世界觀提供給了觀眾們討論、猜想並證明的平臺。在各種語言的神奇寶貝系列中，任天堂特別注意了神奇寶貝名稱的翻譯，使其體現各個地區的文化特徵。命名是以神奇寶貝的特質為原則進行的，這符合了孩子們認為名字具有特別象徵的觀念。孩子們可以在結組討論中透過評價神奇寶貝們形象來證實自己的個性與同他人之間的共性。
神奇寶貝無印篇：在無印篇中，新手訓練家小智從大木博士那裡獲得的是一隻勉勉強強又喜怒無常又不喜歡進入精靈球的皮卡丘，小智離開家鄉真新鎮，在關都地方展開他的旅程。在贏得皮卡丘的信任後，小智認真地開展他的旅程來挑戰各地的道館，參加神奇寶貝聯盟。在旅途中加入小智的是兩位良師益友——小剛和小霞。
參加石英大會之後，小智受大木博士之託啟程前往橘子群島，從內木博士處取得GS球，小剛暫時留在內木博士處。旅途中小智參賽橘子聯盟，還遇到神奇寶貝觀察家小建，便與他一同旅行。回到真新鎮後，大木博士無法理解怎麼樣把GS球開啟，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小剛前往城都地區，把GS球交給檜皮鎮的鋼鐵先生。再次，小智參加了神奇寶貝聯盟－城都聯盟的白銀大會。
神奇寶貝超世代：城都聯盟篇結束後，小霞為了接替出門旅行的三位姐姐而不得不返回華藍市擔任道館訓練家，小剛也因為因家裡有事和小智分離了。小智重新出發，基於想要以一個新人的心態繼續學習的心態，所以只帶著皮卡丘隻身前往豐緣地區，在那裡認識了新人訓練家小遙和其弟弟小勝，後來小剛又重新加入，於是四人並展開全新的冒險。超世代共分為豐緣聯盟及對戰開拓區兩篇，和第一部的不同之處是，故事變成了兩條主線：一方面小智為了參加豐緣聯盟，努力挑戰道館而收集徽章。聯盟大會結束後，則改挑戰故鄉關都地區的對戰開拓區；另一方面小遙則以成為頂級協調訓練家為目標，挑戰各地的華麗大賽取得緞帶，參加華麗大型慶典。兩人都為了達成各自的目標，與神奇寶貝一同奮鬥。
神奇寶貝鑽石與珍珠：對戰開拓區篇結束後，小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別，小勝回到了橙華道館。小智則受到了小茂的鼓勵，獨自帶著皮卡丘和偷渡的長尾怪手前往神奧地區開始新的挑戰。
小智、小光和小剛3人的旅程並非一帆風順，他們在路途上遇上很多人和事，小智曾慘敗給真司，小光也曾在2次華麗大賽的第一次審查慘遭淘汰出局。幾經辛苦，小光終於集齊5枚緞帶徽章，她在神奧華麗大型慶典表示出色，首次參加便晉級至決賽，但在決賽以稍微差距敗於好友小望；小智亦集齊8枚徽章，他在神奧聯盟有好開始，在第1回戰打敗尚志，第2回戰打敗某女路人，第3回戰(16強)打敗考平，8強更打敗真司，可是他無法勢如破竹而在準決賽慘敗於達克多，4強出局。
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神奧之旅隨著神奧聯盟結束而來到尾聲，小智及小剛曾邀請小光一同前往關都地方，但小光因卷卷耳被邀請而不能前來，當天日落，小智在碼頭上和小光以最後一次擊掌道別，與皮卡丘及小剛乘船返回關都地方。翌日日出後，小智和小剛回到關都地方，在往真新鎮及尼比市的分叉路口
，小智和小剛握手及互相祝福對方後正式告別。小智和皮卡丘終於看見真新鎮，他們跑進返回真新鎮前的最後一段路，神奧之旅正式劃上句號。
神奇寶貝：超級願望：講述小智和皮卡丘踏入新的冒險舞臺——合眾地區，?這裡居住著許多他們所不知道神奇寶貝。當小智知道合眾地區神奇寶貝後，便馬上報名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉絲、牙牙與天桐，新的冒險就這樣開始了。而冒險隨之而來的是脫胎換骨的火箭隊，另外在尋找新的神奇寶貝以及新的邂逅的道路上，有更多的考驗在等著他們。
神奇寶貝XY：立志成為神奇寶貝大師的小智帶著皮卡丘來到了卡洛斯地區，心中懷著新的理想告別了合眾地區的同伴天桐和艾莉絲，在卡洛斯地區與新認識的旅行夥莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的神奇寶貝相遇的冒險故事。
2015年10月29日開始播出《神奇寶貝XY&Z》。2016年8月18日放送的「卡洛斯聯盟優勝小智的巔峰決戰」中，小智使用（粘美露龍、音波龍、甲賀忍蛙、戰鬥飛鳥、烈箭鶲、皮卡丘）在最後一戰超級甲賀忍蛙VS超級噴火龍中敗北，獲得亞軍。在比賽之後，閃焰隊對基格爾德實驗並暴走結束。
小智：《神奇寶貝》動畫全系列主角，年齡約10歲，出身於真新鎮，是個朝氣蓬勃、熱愛神奇寶貝的少年。在旅途中，透過夥伴神奇寶貝的幫助，小智逐漸成長，不斷磨練自己，挑戰道館，戰勝困難前往下一個城鎮，最終獲得石英大會的參賽權，雖然取得了16強的好成績，但小智並未就此滿足。他繼續前往新的地區旅行，與新的神奇寶貝邂逅，與新的夥伴們並肩作戰、共同朝自己的目標前進，接受新的挑戰。
皮卡丘：小智神奇寶貝。擁有比其它皮卡丘更強大的電力，因而成為了火箭隊的目標；它不喜歡呆在精靈裡，是小智因為領取初始神奇寶貝時遲到而命運的邂逅。拒絕進化，深信不進化也能戰勝自己的進化型——雷丘。
小霞：《神奇寶貝無印篇》主角，年齡約10歲，自稱是世界級美少女、俏皮的美人魚、華藍美女四姐妹之一，現任華藍道館訓練家。喜歡水系神奇寶貝，立志成為水系神奇寶貝大師。因對她的姐姐生膩而外出旅行，來追求成為世界最偉大的水系訓練家。當她在真新鎮和常磐市之間的河邊釣魚時，她偶遇小智，於是就這樣結伴旅行。
小剛：《神奇寶貝無印篇》至《神奇寶貝DP》主角，曾是尼比市的道館訓練家。他與小智打完道場賽後次與小智一起旅行。從尼比市出發時，目標是神奇寶貝飼育家。他很擅長家務和料理，而且比其他人更神奇寶貝的知識。小剛很迷戀年齡比他大的大姐姐，不過每次都被拒絕，經常會在求愛的時候被小霞揪著耳朵拖走。在神奧聯盟後的一次事件令他改變志向，令他立志成為神奇寶貝醫生。
小建：《神奇寶貝無印篇之橘子聯盟》主角，是神奇寶貝觀察家，隨身帶著一本寫生簿，隨時神奇寶貝的各種生態，在橘子群島的澎柑島遇到了小智和小霞，便加入旅行行列希望見到大木博士，在小智成功挑戰橘子聯盟回到真新鎮後，小建留在大木研究所做大木博士的助手，之後小智出發去其他地區時，把神奇寶貝都交給他管理，得力助手是小智的妙蛙種子。
小遙：《神奇寶貝超世代》主角，年齡約10歲。父親是豐緣地區橙華道館的訓練家千里，為了成為獨立神奇寶貝訓練家而展開旅程，雖然剛滿10歲訓練年齡，但是還是得拿神奇寶貝做修行，老實說她幾乎神奇寶貝一竅不通，所以有時也會鬧出笑話來。因最心愛的越野腳踏車被小智的皮卡丘的強大電擊燒焦而一起同行。個性開朗，但有時很糊塗。後來決定挑戰華麗大賽，以大型慶典和頂尖協調訓練家為目標旅行。
小勝：《神奇寶貝超世代》主角。小遙的弟弟，7歲，持有精靈領航員的人。喜歡神奇寶貝，瞭解很多專業知識。但是說話也很不客氣。有時會指導姐姐小遙，但也常被小遙和她的神奇寶貝給修理一頓。很注意小剛照顧神奇寶貝的方式和方法。夢想是成為像父親一樣傑出的道館訓練家
。
小光：《神奇寶貝鑽石與珍珠》主角。住在神奧地方雙葉鎮的10歲女孩。以成為協調訓練家為目標出發旅行，和小智一起旅行的同伴之一。她的目標是成為頂尖的協調訓練家，跟她母親彩子一樣。她的神奇寶貝是從山梨博士處獲得的波加曼。小光在旅行中參加各地的華麗大賽，陸續收話到了全部的五個緞帶，終於在夢想的華麗大型慶典出場。口頭禪是“沒問題”，但事實上，當她說“沒問題”的時候就是最有問題、最危險的時候。
艾莉絲：《神奇寶貝超級願望》主角。喜歡爬樹，精通樹果，具有野生的行動力的女孩子，身手極為敏捷，故鄉是合眾地方的雙龍市。受村裡的老奶奶指點，和年幼的龍系神奇寶貝牙牙一起旅行和成長。在鹿子鎮附近與小智邂逅，後來在三曜市接受了小智和天桐的邀請便結伴而行。對小智的評價是“真是個小孩”。艾莉絲是個野性少女，她喜歡蕩搖在藤蔓，也喜歡吃漿果。旅行的時候，她的神奇寶貝以及朋友牙牙不躲在精靈球裡，而隱藏在她頭髮中。艾莉絲非常活躍，她有時會在樹迅速地爬樹，她也喜冒險，並且很大膽。
天桐：《神奇寶貝超級願望》主角。具有豐富的知識和經驗，可以診斷訓練家神奇寶貝之間關係並做出建議的A神奇寶貝服務生，同時也是三曜道館的道館訓練家之一（與其他兩位道館訓練家寇恩和伯特為三胞胎兄弟），和自己的兄弟都非常受少女們的歡迎。他的對戰方式是大膽加上華麗。天桐是A級的神奇寶貝酒侍，會鑑定神奇寶貝和它的訓練家的適合度。他神奇寶貝（特別是合眾地方的神奇寶貝）的知識豐富。談到神奇寶貝的內容，他跟他兄弟喜歡神奇寶貝跟茶或者酒聯絡起來。
莎莉娜：《神奇寶貝XY》主角，來自卡洛斯地區的時尚少女，是小智在卡洛斯地方旅途中一起旅行的同伴之一。幼年時期曾與小智參加過同一個訓練營，在一次迷路時腿受傷的情況下小智幫莎莉娜綁了繃帶，並且從小智那得到鼓舞，這讓莎莉娜印象深刻。在電視直播中看到小智的身影後，決定追隨小智的腳步進行旅行。從母親那裡掌握了鐵甲犀牛大賽的知識和技能，但是沒有往那方面發展的意思。會做飯也瞭解流行知識，在旅行時擔當嚮導。欣賞小智氣勢如虹的性格，因為小時候的事情對他有些好感。
希特隆：《神奇寶貝XY》主角，來自卡洛斯地區的密阿雷，是柚莉嘉的哥哥，是小智在卡洛斯地區旅行的同伴之一，是密阿雷市的道館訓練家，也是一個科學愛好者，但除了長尾怪手手臂、希特隆二號機器人之外，其他發明總在使用後壞掉，留下希特隆二號管理道館，並與小智許下“小智拿到四個徽章後便於他挑戰”的承諾。
柚莉嘉：《神奇寶貝XY》主角，來自卡洛斯地區的密阿雷市，是希特隆的妹妹，是小智在卡洛斯地區旅行的同伴之一，性格堅毅，是一個可靠的小女孩，由於未滿十歲，還神奇寶貝訓練家，她只能“保管”希特隆的神奇寶貝，對於邂逅新的神奇寶貝感到興奮，儘管她不能擁有神奇寶貝，但她盡自己所能參加各種活動，十分享受照顧神奇寶貝的過程。
莉莉艾：《神奇寶貝太陽月亮》主角，小智的同班同學。莉莉艾十分喜歡神奇寶貝，但卻因為某些緣故不能觸碰他們。不過要論神奇寶貝知識的話她是學校裡的第一名。
卡奇：《神奇寶貝太陽月亮》主角，小智的同班同學。卡奇熱愛火屬性的神奇寶貝。他的家裡經營神奇寶貝牧場，上學之外的時間會在牧場裡幫忙。
瑪奧：《神奇寶貝太陽月亮》主角，小智的同班同學。瑪奧喜歡草屬性的神奇寶貝。熱情活潑的她做事有些馬馬虎虎的，積極的在自家經營的小店“愛納食堂”擔任看板娘。
水蓮：《神奇寶貝太陽月亮》主角，小智的同班同學。水蓮喜歡水屬性的神奇寶貝。表面上性格靦腆的她其實是個行動派，是鎮上漁夫家三位女兒的長女。
馬瑪內：《神奇寶貝太陽月亮》主角，小智的同班同學。馬瑪內喜歡電屬性的神奇寶貝。醉心於理科的極客少年，會徹底的分析需要研究的事情。