像往年一樣，九歲的小學生胡塗，暑假來到神農架，在林區上班的舅舅王教授家裡玩，恰好遇上林區在有關部門的幫助下，準備派王教授為隊長，組成一個四人考察團，穿越到上古的神農時代，找到正在神農架找草藥的神農大帝等人，開展考察工作。
考察團的任務，除了幫助神農大帝辨別草藥、熟識藥性，還要在當時的神農架原始森林中踏勘一遍，以確認傳說中的野人、雞冠蛇、驢頭狼、巨型蟾蜍、巨型老虎等，是不是真的存在，如果是的話，則需要用相機和攝像機拍下珍貴的圖像資料，然後帶回來公之於眾。
王教授是動物專家，同行的李教授是中草藥專家，林區派出所的張所長則帶著手槍，來負責考察團的安全，另外還需要一個小學生，作為孩子的代表，也參加考察行動，從而讓神農大帝等先人，全面瞭解後人的情況。
在李教授和張所長的推薦下，林區負責人答應給一個面試機會，胡塗也非常想參加這次考察行動，最後透過當面考核，胡塗成了考察團的成員。
接下來，王教授等四人坐著時光穿梭機，來到了神農大帝等人在劉享寨的樹房子。
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雙方見面後，神農大帝發現中草藥專家李教授，對自己所採的草藥非常熟悉，一下子就解決了困擾他多日的難題，於是惺惺相惜，主動提出來說，願意親自帶著穿越而來的四位後人，再去神農架林海走一趟，自己可以認識更多的草藥不說，也讓後人順利完成考察任務。
一行人進入林海，先後遇上了傳說中的雞冠蛇、巨型老虎、野馬、驢頭狼、野牛、野人和巨型蟾蜍等，在成功脫險後，拍下了珍貴的照片和影片。
他們沒有想到，在穿越林海時，竟然遇上了擅自穿越而來，又槍殺野人的東亞某國考察團，神農大帝、王教授等沒有進行驅趕，反而邀請倖存的三人一起同行。
東亞某國考察團的隊長高個子，心胸狹隘，見穿越而來的中國考察團，也拍攝了大量的照片和影片，使他們想獨家公佈神農架野人真相的考察目的，很可能成為泡影，便想方設法毀壞王教授和李教授身上攜帶著的相機、攝像機和內存卡，雙方開始鬥智鬥勇……