公元2017年，在某個不知名的夜晚，一顆流星劃過天空，帶著長長的尾巴，一閃而逝。沒有人知道它從何而來，也不知它會飛向何方。
次日，海面上出現迷之生物，她們身材嬌小，似人類妙齡女子，行動敏捷，全身包裹著厚厚的裝甲，普通的攻擊很難對她們造成傷害，並且身體的兩側有著長長的炮管，從裡面發射的炮彈殺傷力巨大，普通的防禦根本無法抵擋。
一開始，人類沒有把她們當做一回事，認為她們只是一種普通的變種生物。直到一艘運輸船遭到她們的襲擊，並且船上無一人生還，包括同行的兩艘護衛艦。
據報道，當救援隊伍到達現場時，運輸船早已是滿目瘡痍，一半的船體沒入了水中，船上，水面上，到處都是屍體，他們臉上帶著濃濃的恐懼，彷彿死之前遭遇過什麼極其可怕的事情。明明從接到救援到到達現場只有短短的五分鐘，卻發生了這樣的慘劇，在場所有人的心頭都蒙上了一層厚厚的陰影，揮之不去。
這件事彷彿導火索一般，世界各地開始陸陸續續有船隻受到襲擊。由於襲擊事件的頻發導致海上貿易受到嚴重影響，世界各國政府都有些坐不住了，但是他們都只能乾著急，因為誰也不知道究竟發生了什麼，到底是誰幹的。
直到一張珍貴的照片的出現，那是從一艘遇難船隻上碰巧拾到的。當時相機的主人剛好正在拍照，無意中就拍到這樣一幅畫面。密密麻麻的迷之生物像一片片烏雲般朝客船壓了過來，她們全身覆蓋著漆黑的甲冑，像幽靈一樣在海上漂浮著。
其中一個"幽靈"彷彿身體是從她身後的鯊魚嘴裡長出來的一樣，只露出了軀幹和腦袋，手和腳彷彿被禁錮到了鯊魚嘴裡。她有著一束銀白色長髮，眼睛和嘴巴都綁上了繃帶，身上的布料也只堪堪遮住胸部和下體，讓人感覺一不小心就會走光。身體兩側有著長長的炮管，充滿著危險的氣息。
很快，各國政府組成聯合艦隊，討伐"黑色幽靈"，可是由於對方目標小巧，機動性又強的有些過頭，我方攻擊很難造成有效傷害。相反我方目標巨大，簡直就是明晃晃的靶子，結果慘敗。
至此以後，海路被徹底隔斷，無數豐富的海洋資源無法開採，海水被漸漸地染成漆黑。"黑色幽靈"也被人類命名為深海，因為是從無人知曉的海洋深處湧現的。
之後，深海佔據海洋的局面一直持續，直到人類研製出一種能與之對抗的新型生物，那是一種從戰艦中產生的"妖精"，人們稱之為艦娘。艦娘可以說是那些戰爭時代的戰艦的化身，石油，彈藥，鋼材，鋁材構成了她們的身體，戰艦的記憶構成了她們的靈魂。
艦娘是一種神奇的生物，由異於常人的身體和叫做艦裝的東西組成。所謂艦裝就是部分戰艦的船體和炮臺，魚雷發射器等等一些部件組成的縮小版。
並且她們好像是被突然研究出來的，沒有任何試驗，毫無預兆的。然後，就出現了提督這個職業，應該說是軍人更好一些。他們的職責就是帶領艦娘和深海進行戰鬥，從她們手中奪回大海。
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提督工作的地方叫做鎮守府，或者是港區，還有一個專門管理提督的政府機構叫做總督府。總督府負責提督的選拔和管理，因為成為提督的要求還是挺苛刻的，並不是隨便哪個人都能當提督。
林沂是一名二流大學的學生，今年大三，21歲。他是一個標準的家裡蹲，由於掛科太多，差點被學校開除，將來進入社會也不會有多大前途。於是，我們的主角林沂決定成為一名提督。