牧遠聯合安室透、怪盜基德、京極真一起，設計在琴酒與走私軍火公司社長交易時實施抓捕。
伏特加再遭基德黑手，京極真假扮成走私公司社長，琴酒陷入絕境。
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貝爾摩德趁牧遠對琴酒動手，組織實驗室監察鬆懈之際對宮野志保動手，給她喂下了宮野愛蓮娜製作的毒藥（APTX-4869前身），準備利用易容術，憑藉宮野志保的指紋和虹膜潛入組織實驗室，銷燬APTX-4869的相關研究資料。
千鈞一髮之際，收到宮野志保催促簡訊的毛利蘭趕到。
貝爾摩德不忍心傷害毛利蘭，用出了人體描邊槍法，放任兩人逃入了海水中。
警方即將抵達，貝爾摩德變裝成一位交番的巡查警員離去。
水中，吃下毒藥的宮野志保即將窒息，善良的毛利蘭毫不猶豫地將自己肺裡的空氣度給了宮野志保，並親眼見證了宮野志保變小，灰原哀的誕生。
救命之恩讓宮野志保對毛利蘭大為改觀，甚至暗中將毛利蘭與自己的姐姐宮野明美做過比較。
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另一邊，熱帶樂園中，柯南本已逃脫了變小的命運，但由於懷疑牧遠對毛利蘭有意思、跟蹤兩人來到熱帶樂園，從而對牧遠展開了反跟蹤，被牧遠用一記手刀打暈。
琴酒憑藉著驚人的直覺與洞察力，感知到了不遠處柯南倒下時的動靜，柯學時間線再次降臨，身為穿越者的牧遠因不能良好融入而感覺到了暈車般的眩迷感，昏倒在地。
琴酒喂柯南吃下APTX-4869，時間線閉環。
牧遠恢復意識，看到了變小的柯南，終於意識到自己所穿越的世界，就是他前世養肥了好久，本想等點亮心圓後再看的熱門動漫——《名偵探柯南》。
柯南劇情正式開始。
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閉合的時間線讓柯南世界中的所有人都不會再變老，但牧遠除外。
牧遠不能確定，這種全世界只有自己會衰老的情況，會不會在他點亮心圓後，對他的心態產生影響，從而導致心圓出現裂痕甚至崩塌，為了以防萬一，他選擇保護柯南的主線劇情發展，確保在他找不到灰原哀時，灰原哀按照原本劇情自己主動出現。
（牧遠對柯南劇情的瞭解程度，僅僅只是主線的大致方向，以及某幾個關鍵的劇情節點而已。）
因而，牧遠化身為面具斗篷人，救下了即將被京極真揍趴下的琴酒。
京極真認出了牧遠，並以武道家、真男人的判斷方式認可了牧遠的氣勢，判斷出牧遠一定是有不得不救下琴酒的理由的，並沒有加以追問，但出言道：“如果再次遇到琴酒，他是不會手下留情的。”
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各人當前狀況：
牧遠：決定在確保柯南主線劇情不變的情況下，嘗試著在組織內部找到APTX-4869的製作者灰原哀。
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宮野志保：變成了灰原哀，知道牧遠和姐姐如果直到了她的情況，一定會竭盡全力的保護她，所以為了保護牧遠和姐姐，決定聽從阿笠博士的勸告，向兩人隱藏自己的身份，並計劃著用自己的方式保護兩人。
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柯南：聽過阿笠博士的簡單介紹，推理出了牧遠和灰原哀都是組織的人，但並不是敵人，並由於灰原哀不願意配合他對抗黑衣組織，從而決定繼續留在小蘭家，透過毛利偵探事務所的資訊優勢，尋找其他和組織有關的線索。
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毛利蘭：知曉了柯南就是變小後的工藤新一，不想新一再像以前一樣，做什麼危險的事情都瞞著她，從而選擇了假裝不知情，準備在柯南再要做危險的事情時，保護他或制止他的行為。（認為牧遠是一個善良而勇敢的人，對牧遠和灰原哀的身世很是同情，在牧遠的話和工藤新一遭遇的影響下，決心要成為真正能戰勝邪惡的——警察。）
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貝爾摩德：用魏玫寺的身份收養了牧遠，漸漸沉溺於母親的身份中。擔心牧遠抓捕琴酒的大動作會出問題，選擇回到曰本潛伏進迫田家（家主是警視廳的一位高層，警視監。）暗中觀察和保護。立場飄忽不定，
利用牧遠對琴酒動手，琴酒無暇關注實驗室和宮野志保的機會，給宮野志保喂下了宮野艾蓮娜研製的毒藥，但由於毛利蘭的出現而未能得到宮野志保的屍體，進入組織實驗室徹底銷燬藥物研究資料，暫時認為宮野志保已死。
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琴酒：給工藤新一灌下APTX-4869後，由於被帶著防毒面具的武道家假扮交易物件埋伏，將注意力放在了自己身份是否暴露，組織是否會派出殺手清除自己上，暫時沒有注意到工藤新一的屍體並沒有被警方發現。
經過貝爾摩德的提示，將注意力放在了突然失蹤的雪莉身上，認為在自己被埋伏和被救的兩撥人中，至少有一波和雪莉有關，遂命令伏特加炸燬了實驗室，讓二泉寺成為組織當前唯一可以讓藥物研究繼續的合適地點，同時防止研究資料外洩。
因為交易任務失敗，錯失研究用地；以及雪莉失蹤的事情，引起了組織二把手朗姆的注意。
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朗姆：將身份尚未洩露給曰本警方的資訊告訴了琴酒，並推測出對琴酒動手的人，一定就在組織內部，遂決定親自出手，提示要執行一個一箭雙凋的計劃，命令琴酒等待他的到來，配合他的下一步行動。（朗姆的注意力放在了宮野明美的身上，並懷疑透過組織測謊儀的牧遠，是否真的不會撒謊。）
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安室透：被宮野明美委託尋找妹妹，發現宮野志保當天並沒有返回實驗室，隨後收到了朗姆索要宮野明美情報的簡訊，結合從牧遠處得到的“琴酒被一位面具斗篷人救走了”的訊息，推斷出雪莉是一切問題的關鍵，決定要先一步找到宮野志保。
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宮野明美：注意到妹妹實驗室被毀，懷疑妹妹遇到危險，委託私家偵探安室透尋找自己的妹妹。
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伏特加：耿直的性格對催眠格外易受，被怪盜基德施展催眠術後，展現出了非凡的學習動力，很快便掌握了遠超曰本警方的刑偵法醫學技巧，正走在成為曰本法醫界新星的路上。
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怪盜基德：透過多次與牧遠達成「友誼的見證」獲得了大部分自己的果照，在牧遠手中僅剩下三張果照的情況下，格外關注米花町的動靜，想要儘早拿回自己的所有果照。
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京極真：擔心「泥慘會的黑衣人」會對他身邊的人動手，期待牧遠所承諾的“撮合他和園子”之間的關係。
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目暮十三：為了保護患有高功能社交恐懼症的牧遠老弟，帶著「一旦被發現就引咎辭職」的決心，大踏步走在成為警視廳新柱、柱國擎天的大道上，勇往直前！
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左藤美和子：在牧遠不顧生死地從爆炸中救下風見裕也時，從牧遠的身上看到了松田陣平的影子，對牧遠很是認可與欣賞。
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高木涉：知曉幫助目暮十三破桉的人是牧遠，對牧遠很是佩服的同時，又有些在意左藤警官看向牧遠的目光。
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千葉和伸（千葉警官）：同高木涉一樣，是牧遠破桉的知情人。
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毛利小五郎：剛剛在偵探界嶄露頭角，很希望能和牧遠這位二泉寺主持搭上關係。
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妃英理：二泉寺的法律顧問，從女兒小蘭與牧遠的對話中察覺到了一絲親密，從而對牧遠表現得十分嚴厲。
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鈴木園子：覺得牧遠並不是一個合適的戀愛物件，連帶著覺得同樣是「武痴」的京極真也不合適，但對牧遠有著一種別樣的信任，此外還十分享受二泉寺主持居所中的天泉，總想去二泉寺蹭住，由於曾經被柴犬小黃追趕過，雖然嘴上不說，其實根本不敢在牧遠不在時獨自前往。
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阿笠博士：因牧遠的賞識而心懷感恩，決心一定要為牧遠發明出能夠大賣的作品，同時對牧遠和宮野志保的身世十分同情，動用人脈將柯南和灰原哀安排進了帝丹小學。（決定替灰原哀向牧遠保密，替毛利蘭向柯南保密，多重守秘人）
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吉田步美：對救下自己的宮野志保和牧遠非常有好感，知曉宮野志保是二泉寺女主人的事實，希望和轉學生灰原哀和柯南成為好朋友。
小島元太：對沉著、漂亮、帥氣的大姐姐宮野志保很有好感，知曉宮野志保是二泉寺的女主人，希望能和可愛的轉學生灰原哀成為好朋友，不太喜歡裝酷的柯南。
圓谷光彥：對成熟、穩重、美麗的大姐姐宮野志保很有好感，知曉宮野志保是二泉寺的女主人，希望能和聰明的轉學生灰原哀成為好朋友，從柯南身上發現了危機感。
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風見裕也：對救命恩人牧遠萬分感激，只要有空就會來二泉寺幫忙打掃，發現牧遠竟然認識衝野洋子後更加激動了。
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衝野洋子：初戀男友自殺桉後本以為會失眠，卻在戴上了牧遠給的護身符後意外安睡，開始對牧遠這位帥氣的年輕主持感到好奇。
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工藤有希子：想給變小的工藤新一拍更多的照片，對年輕帥氣的牧遠已經和宮野志保結婚這點感到遺憾，對丈夫的能力很有信心。
工藤優作：瞬間洞察了牧遠的真實目的，但為了幫助兒子成長，故意簽下了牧遠提出的合同，並透過神秘渠道調查出了牧遠與宮野志保已經結婚的事實，結合工藤新一身上發生的事情，敏銳地察覺了兩人身份的不一般，準備回曰本看望兒子的同時，會一會牧遠夫婦。
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牧遠能力總結：高大帥氣、顏值點滿，冷靜無畏、行事果決，能洞察普通人的心理變化，近乎讀心，但對完美心圓擁有者有些一籌莫展，必須穿著二泉寺主持袈裟來避免被普通人的情緒魚和情緒沙灼傷。
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已經點亮了第一道心紋，體質異於常人，擁有五百公斤級的握力，獲得了第一道心紋賦予的能力——心靈標記，可以透過標記觀察被標記人身邊發生的事情，觀察時需要消耗精神力。
目前只能保留一個心靈標記，繼續收集情緒魚和情緒沙可以保留更多。
二泉寺可以將普通人的情緒魚淨化成純淨的情緒沙，效用相當於完美情緒沙的一半，每日產出約3公斤握力增幅的量。
二泉寺念場還擁有給物品“開光”的能力，在能夠附著執念的物品上（金錢最容易）黏著完美情緒沙，有靜心凝神、安眠助睡的功效。
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