大明王朝真的已經到了風雨飄搖的地步。
李自成在潼關南原全軍覆沒，僅率十八人突圍，收拾殘部後，轉移到陝西南部的商洛山中，休養生息。這年年底，他為了重整旗鼓，帶了幾十名隨從，趕往谷城去會見張獻忠。這兩位同鄉戰友目前處境迥異，友情尚存。
張獻忠設宴款待。酒過三巡，他拍拍李自成的背，戲言道：李兄，何不隨我而降，還僕僕奔走幹嘛
李自成仰面大笑，連說：不可，不可。
此時此地兩人心照不宣，李自成知道張獻忠在谷城不過是權宜之計，並非真降，否則決不會冒失前來自投羅網；張獻忠明知李自成決不會隨他而降，開個玩笑而已。隨後就接濟他一批武器馬匹，讓他重整旗鼓，ri後也好遙相聲援。
當時谷城縣的士紳親眼目睹李自成會見張獻忠後從容離去，埋怨熊文燦無能，沒有命令張獻忠生擒李自成將功贖罪。這種埋怨，都是不明底細的空話。熊文燦徒喚奈何，不可能排程得宜；張獻忠並非真降，不可能縛闖自效。
張獻忠任用秀才潘獨鰲徐以顯為謀士，要他們講解孫吳兵法，打造三眼槍狼牙棒埋伏連弩，cāo練團營方陣左右營法，ri夜策劃有朝一ri重舉義旗。谷城知縣阮之鈿目睹這一切，心中焦急，又無力干預，只好苦口婆心從旁勸說，要他走劉國能的道路，真心歸降，他可以擔保張獻忠不死，何必自蹈不義遭到張獻忠一頓痛罵，阮之鈿從此憂憤成疾。料定將來不免一死不是死於張獻忠之手。便是死於熊文燦之手，在谷城縣衙牆壁上題詩一首：
讀盡聖賢書籍，成此浩然心xg。勉哉殺身成仁。無負賢良方正。
谷邑小臣阮之鈿拜闕恭辭從此就蝸居家中，不理政事。
湖廣巡撫餘應桂身臨其境，看得一清二楚。極力反對熊文燦的做法，寫信給熊文燦，提醒他：張獻忠必反，要他先下手為強。不料他的信使被張獻忠巡邏士兵俘虜，張獻忠馬上據此向鄖陽巡撫戴東旻告發：巡撫要殺我。熊文燦得知後，上疏彈劾餘應桂破壞撫局。楊嗣昌本來就對餘應桂先前曾經彈劾楊鶴心懷不滿，慫恿皇帝逮捕餘應桂。餘應桂被逮捕後，列舉許多證據，向朝廷說明張獻忠必反的種種跡象。朝廷不予理睬。把他充軍邊疆了事。
總兵左良玉也看出張獻忠反跡大露，多次催促熊文燦發兵襲擊。熊文燦搪塞說：他雖懷貳心，但尚未開釁；你雖敢戰鬥。但部眾未集。貿然出擊。其他受撫各部必然作出反應，得不償失。
等到熊文燦自己意識到形勢不妙張獻忠將復叛。請求朝廷調集四川陝西軍隊圍剿時，為時已晚。
崇禎十二年，張獻忠在谷城再度起義，摧毀城牆，搶劫倉庫，釋放囚犯。他在過去委曲求全，受到各級官僚敲詐勒索，起兵後，在通衢大道上張貼佈告，公佈索取賄賂的官員姓名數量ri期，向當地人民宣佈：自己的起兵是熊文燦逼出來的，指責總理熊文燦yu壑難填，勒索賄賂數以萬計。這一招，令熊文燦以及那些貪官汙吏們羞愧得無地自容。
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熊文燦自知縱虎歸山，罪不容誅，連忙向朝廷推卸責任。兵科都給事中張縉彥向皇帝揭發：張獻忠包藏禍心，無論愚者賢者人盡皆知，熊文燦受他愚弄，不斷為他請官開賞，為他掩飾殺人越貨痕跡，有揭露其y謀者，立即封口；不斷向朝廷謊報軍情，把明顯的反叛跡象說成是反形未露，欺矇太甚。
崇禎恍然大悟，悔不當初，下令革去熊文燦所有官職，要他立功自贖。
草包熊文燦聽說左良玉要發兵追擊，故意走漏消息，並且強留左良玉為之餞行，拖延時間，使得張獻忠得以從容地把武器糧食運往房縣山中。接到皇帝命他立功自贖的聖旨後，知道自身難保，強令左良玉出兵。氣得左良玉大發雷霆：總理先是縱虎歸山，再命我擒拿，如不遵命，必定把逗留縱敵之罪強加於我。不得不貿然進攻，終於在房縣西八十裡的羅睺山遭到埋伏，全軍覆沒，軍符印信丟失殆盡，只有幾百人突出重圍。一向驕橫跋扈的左良玉當然不願代熊文燦受過，向皇帝報告：熊文燦在張獻忠反跡已露時阻撓他出擊，縱虎歸山後又強令他冒險出擊，種種劣跡，和盤托出。崇禎下旨：逮捕熊文燦，左良玉戴罪自贖。
五省總理熊文燦逮捕入獄，作為熊文燦的推薦者，楊嗣昌責無旁貸，不得不自告奮勇請求前往湖廣督師。
皇帝決定派楊嗣昌代替熊文燦的職務，前往湖廣督師，親筆寫下了諭旨，指望他速蕩妖氛，救民水火；凱旋之ri，優敘隆酬。崇禎希望他將功補過，對他的能力充分信任，所以讓他以內閣大學士的身份督師，總督巡撫總兵都聽從他指揮，副將參將以下軍官可以用尚方寶劍軍法處置，以期馬到成功。
根據楊嗣昌的請求，皇帝在平臺召開御前會議，參加者除了內閣大學士薛國觀等人，還有吏部尚書謝陞戶部尚書李待問兵部尚書傅宗龍。會議討論了糧餉與軍隊的排程事宜，楊嗣昌提議，左良玉有大將之才，兵也可用，應當進封為平賊將軍。
御前會議結束，崇禎單獨留下楊嗣昌密談，特別強調一件要緊事：張獻忠曾經驚擾祖陵，決不可赦，其餘人等可以剿撫互用。隨後賞賜他jg美黃金一百錠大紅苧絲衣料四套鬥牛衣一襲賞功銀四萬兩等，並且撥發剿餉五十萬兩。顯示了在皇帝心目中，這個督師大臣非同一般的特殊地位。
楊嗣昌進宮向皇帝辭行。皇帝特別關照光祿寺在平臺設宴，為他餞行。崇禎親自為他斟酒，命左右大臣向他敬酒三巡。隨後，在音樂伴奏聲中。崇禎從太監手中取出他親筆所寫的七言詩。說：輔臣督師，事不常有，今寫數字賜卿。
楊嗣昌跪下接過。朗誦道：鹽梅今暫作干城，上將威嚴細柳營。
一掃寇氛從此靖，還期教養遂民生。崇禎聽他念罷。笑道：朕為卿贈行。他的這首詩巧妙地借用典故，鹽梅源於尚書，用來讚美為國效力的宰相；細柳營借用漢文帝時的將軍周亞夫的典故，比喻軍紀嚴明，把他對楊嗣昌的倚重心情流露得恰到好處，預祝這位鹽梅上將督師輔臣馬到成功。楊嗣昌心cháo起伏，激動不已，邊哭邊拜。
鹽梅今暫作干城，楊嗣昌肩負皇帝的重託。踏上督師的征途，抵達襄陽，進入原先熊文燦的行轅。隨即舉行誓師典禮。總督太監劉元斌湖廣巡撫方孔燳總兵左良玉陳洪範等出席。楊嗣昌傳達皇帝的諭旨，告誡將士：身受國恩。擔當滅賊，誅賞必行。楊嗣昌素有口才，加上督師輔臣與御賜尚方寶劍的威嚴，令與會者大驚失sè。會上楊嗣昌宣佈了各地守將的職責，四面圍剿張獻忠。
楊嗣昌對左良玉寄予厚望，看作一張王牌，在離京前已經向皇帝提出加封他為平賊將軍，十月初五ri再次上疏重申此事，請求把平賊將軍印頒發給左良玉，使他得以掛印行事，統一指揮各部。
左良玉果然沒有讓楊嗣昌失望，在四川太平縣的瑪瑙山打了一個大勝仗。張獻忠落荒而逃，遁入興安平利山中。左良玉乘勝追擊，殲滅他的jg銳部隊三千五百人，其中包括大頭目掃地王曹威前營將領白虎宗霍中營將領鄧天王張守安等，生擒張獻忠的妻妾高氏敖氏與軍師潘獨鰲等，繳獲張獻忠金印一枚張獻忠使用的鏤金龍棒一根鍍金大刀一柄。
崇禎接到楊嗣昌的報告，對這位督師輔臣初戰告捷非常高興，立即召見剛剛由宣大總督提升為兵部尚書的陳新甲，要他嘉獎前方將領，並且特地撥發白銀五萬兩錦帛一千匹犒賞三軍將士。為了獎勵此次瑪瑙山大捷的頭號功臣左良玉，他決定賜予他太子少保榮譽頭銜。他似乎意猶未盡，又給遠在千里之外的督師輔臣楊嗣昌發去親筆手諭，賞賜給他內庫銀一萬兩鬥牛服一襲鞍馬二份，還特別抒發了離別之後對他的思念之情：
卿自昨年九月初六ri辭朝至今，半載有餘矣無ri不懸朕念，與行間將士勞苦倍嘗，而鬚髮盡白，深軫朕懷。又聞卿排程周密，賞罰嚴明，深慰朕平寇安民之意。
字裡行間流露出對楊嗣昌的特殊感情，連鬚髮盡白這類細節，也掛念在心。令楊嗣昌感動不已，如不拼死在疆場，將無以為報了。
楊嗣昌無論如何沒有料到，瑪瑙山大捷之後，他再也沒有打過像樣的勝仗。原因當然很複雜，其中重要的一條就是，他這位督師輔臣竟然成為矛盾的焦點，與下屬以及封疆大吏的關係沒有協調好。最為失策的是，與英勇善戰的左良玉關係搞僵。
張獻忠在瑪瑙山落荒而逃時，左良玉在後面緊追不捨，情急之際，張獻忠心生一計，派親信馬元利帶了禮物去遊說左良玉，勸他不必苦苦相逼，離間他和楊嗣昌的關係。對他說：楊閣部之所以看重你，是因為有張獻忠存在，你為什麼不好好想一想，你一向聽任部下肆意搶掠，楊閣部對你有所猜疑，如果張獻忠不存在了，那麼你的死期也不遠了。這些話說得有理有據合情合理，左良玉聽得心動，就網開一面，故意放張獻忠率領殘部逃去，使得他有時間在山中招集潰散士兵，重整旗鼓。左良玉在竹山一帶作壁上觀，按兵不動，向楊嗣昌佯稱有病，不便行軍。
左良玉在竹山託病，還有另外一個原因，那就是楊閣部對他將信將疑，令他失望。楊嗣昌原先積極向皇帝保薦左良玉為平賊將軍，後來看到左良玉飛揚跋扈，難以控制，而陝西將領賀人龍也是驍勇善戰的帥才，於是向兵部尚書陳新甲提議，用賀人龍代替左良玉為平賊將軍。很快，得到了皇帝的批准，楊嗣昌卻反悔了，他唯恐此舉引起左良玉反感，何況賀人龍的兵力與戰績都無法與左良玉相比，很難取而代之。於是向皇帝請求收回成命，仍用左良玉為平賊將軍。如此優柔寡斷，出爾反爾，結果兩面不討好，失去了左賀兩員大帥的信賴。
左良玉因為平賊將軍印被奪，感到慚愧；賀人龍因為平賊將軍印得而復失，感到不滿怨恨。此後，兩人互相推諉，不再深入前線，以致張獻忠得以重整旗鼓，都是楊嗣昌失去二帥之心導致的結果。
楊嗣昌明知左良玉託病，卻不得不寫信去慰問，對他的消極態度表示理解。他在信中說：張獻忠在深山峭壁之間，插翅難逃，將軍如果嚴督窮搜，斷然可以活捉。然而你卻引兵退回，為什麼我想大概是荒山峻嶺之中斷了糧餉，大兵難以駐紮，將軍不得已而出此下策。這就為他的退兵留下體面的臺階。但是，關於平賊將軍的出爾反爾，難以自圓其說，只好挖空心思加以掩飾，把責任推到兵部，說：兵部檔案用賀人龍代替你為平賊將軍，我已經上疏制止了，不久一定可以得到皇帝諭旨，平賊將軍非你莫屬。
左良玉對楊閣部的這種詭辯根本不信，因為賀人龍早就把真相告訴了他：楊嗣昌曾私下許諾，由賀代替左為平賊將軍，又反悔食言，謊稱以後再議。使得賀人龍大為惱怒，把經過向左良玉和盤托出。
因此，楊嗣昌再三解釋也無濟於事。只得用皇帝來壓他：張獻忠想進入四川，這正是你報答皇恩之時。但是，左良玉不為所動，依然在竹山高臥，不肯進山搜剿。
對楊閣部怨恨之極的賀人龍也在消極觀望。各省總督巡撫有自己的小算盤，都想乘機從圍剿中抽身。楊嗣昌事先傳達皇帝的聖旨：命令陝西總督鄭崇儉和他手下的副總兵賀人龍李國奇，留蜀協剿。鄭崇儉陽奉y違，寫信給楊嗣昌，聲稱：他率領陝西軍隊，與左良玉派來的偏將在太平縣境內得不到糧餉接濟，只得按兵不動。氣得楊嗣昌無話可說，責問四川巡撫邵捷chun：太平縣在你的管轄範圍之內，事先早已提醒你措辦糧餉，居然置若罔聞，左良玉鄭崇儉都以無糧為藉口而退兵。
費盡心力圍剿的流寇，如果因此而脫逃，你如何為自己解釋