由於明廷採取了剿撫並用的手段，在崇禎十二年四月前，“義軍”的形勢出現了極度低沉的局面，但“義軍”的低谷期沒有持續多久，崇禎十二年五月起，“義軍”再一次活躍起來，並且是空前的活躍----練餉的徵收如火上澆油一樣，讓明末“農民起義”迅速進入了高三朝階段。
而這一切的改變首先是從張獻忠、羅汝才兩部的再次叛亂開始的。
崇禎十二年五月，一度因為形勢所迫才被迫受撫的張獻忠，發現北上勤王的明軍剿寇軍主力並沒有南返，因此膽氣復壯，遂於該月上旬於谷城以“毀城、劫庫、放囚”的形勢發動了叛亂，並殺死了谷城知縣阮之鈿，並在縣衙牆壁上留下了“以告楚人，言發，由總理（熊文燦）酷取其貨”的宣告，還“列具上官姓名，疏取（來信索取）賄多寡、日月”，“唯襄陽道王瑞栴不取一錢”等字眼，以證明自己是被迫再次造反的。
隨即，張獻忠率部離開谷城開往房縣，與正在那裡“解甲耕屯為觀望”的羅汝才部匯合；
見到張獻忠部開到，早就不甘心種地的羅汝才立刻響應，也舉起了再度反明的旗幟，並與張獻忠部聯手攻下了房縣縣城。
張獻忠部與羅汝才部再次叛亂的訊息，以及張獻忠留下的所謂官逼民反的證言證物，讓熊文燦惱羞成怒，便命令左良玉部加以討伐。
得知左良玉部開來，自知不敵的張獻忠和羅汝才部經過商議，於當年七月二十二日，放棄房縣西進秦嶺深處；接到收復房縣訊息的熊文燦對於左良玉部行動緩慢，導致張獻忠和羅汝才兩部逃脫非常不滿，便勒令左良玉繼續追擊。
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左良玉“謂路險餉艱，不可追”，然“文燦身入禍門，不暇審計，強使行”。
在熊文燦的逼迫下，左良玉於七月二十六日，與豫將羅岱部一起出發，並以羅岱部位前軍，左部躡行其後，“逾房縣八十裡，至羅猴山”，“軍乏食”，且遇張獻忠並羅汝才部的伏擊，羅岱當場戰死，左良玉便“大敗奔回，軍符印信盡失，棄軍資千萬餘，士卒死者萬人”。
羅猴山之戰後，擺脫了追兵的張羅聯軍“欲入狹西”，但陝西明軍扼守要隘興安，張羅兩部無法突破，只能轉向進入川東，但又遭到四川明軍的抵禦，於是，同年九月，張、羅兩部分開行動，張獻忠部向陝西轉移，羅汝才部轉向湖廣。
而在張、羅兩部分開行動之前，崇禎皇帝已經對熊文燦的無能和貪鄙忍無可忍了，於是，將其“削官”、“戴罪自贖”，對此，熊文燦的舉薦人楊嗣昌未免心中著急，為了避免明廷內部的政治反動派，拿熊文燦的事來攻擊自己，楊嗣昌便“請自行以塞上意”。
楊嗣昌被重用，本就是崇禎皇帝的獨斷，因此眼下看到楊嗣昌出了問題，所以崇禎皇帝也希望“嗣昌立功、以靖眾口”，所以，楊嗣昌一提出“自行”，崇禎皇帝便“亟許之”，就此決定由楊嗣昌以大學士兼兵部尚書的身份出任督師，並“賜劍”、許以“便宜誅賞”。
九月六日，楊嗣昌陛辭離京，崇禎皇帝還“賜詩祖晏”，其詩為：“鹽梅今日作干城，上將威壓細柳營，一掃寇氛從此靖，還期教養遂民生。”
不說詩作的好不好，但這份恩寵是沒得說的，甚至還為了幫助楊嗣昌滅口，待楊嗣昌抵達熊文燦大營後，逮捕熊文燦入京，並坐以“大辟”······
“王乾，你報稱，‘舞、葉間有妖民劉保兒作亂’、‘柘城有土賊一斗谷為禍’、‘梁（開封）、宋（歸德）間有一條龍、袁老山起事’，復有商丘黃老山、許州藍氏兄弟、商水哪吒等近五十多股土寇為禍全省，那河南府周邊有沒有呢？”
王乾回應道：“回世子爺的話，有的，永寧有張瞎子、馬保兒、黨三，澠池有郭鬼子、叫破天，嵩縣有一支香、血紅花，另外在汝州與河南的交接處，還有李福、李康兄弟及一條龍、艾一等部為禍。”
朱由崧皺了皺眉頭，問道：“少林寺不管周邊的匪盜嗎？”
王乾目光閃爍道：“奴婢懷疑，其中有幾支土寇就是少林寺扶持的。”
朱由崧冷笑起來：“好一個佛門聖地啊，不說少林寺了，說說看，這些土寇當中有本藩扶持的嗎？”
王乾搖頭道：“沒有！”
“真的沒有？”
“奴婢不敢欺瞞世子爺，的確沒有！”
朱由崧摸了摸上嘴唇的鬍子，對王乾說道：“這不太好，通知路通抽幾個絕對可靠的，在本藩撤人廢棄的王莊中找幾個地方，豎起旗幟來，或許關鍵時候有大用的。”
王乾提醒道：“世子爺，王莊都是在建在平原上的，雖然有遺棄的寨子可以堅守，但還是容易被官軍剿滅啊！再說了，維持他們，少不得又要糧食！”
朱由崧知道王乾擔心什麼，回應道：“樹旗也看樹什麼旗，完全可以打保境安民的旗幟嘛，即便真遇到朝廷來剿、流寇來討，也可以投進去，算是我們的伏子，至不濟也可以跟尚可喜唱一出雙簧，讓他得些功勞。”
王乾完全明白了朱由崧的用意，但還是擔心糧食問題：“那糧食這塊？”
朱由崧回覆道：“一開始用不著那麼兵馬的，一處二、三百也就頂天了，是用不了多少糧食的。”
王乾考慮了一下，建議道：“既然如此，完全可以讓王莊管事組織那些不願意走的莊戶立旗，何必再派路通的人進去，萬一亂世中，路通的人被觸發了貪念野心，世子爺的用心豈不是白費了嗎？”
“糊塗，這種事，方便本藩直接出面嗎？”朱由崧的話聽起來是呵斥，其實是解釋。“至於路通的人日後會怎麼樣，的確是說不準，但就算其不背叛王府，誰能保證一定會在土寇兼併、流寇和官軍的討伐下倖存呢？”
朱由崧繼續道：“我這是廣收薄種，萬一有一個能在官軍中升上去，有一個能在流寇中佔了高位，關鍵時候就能起到大作用啊。”
王乾恍然道：“是，奴婢糊塗，奴婢這就去安排······”