在阿巴泰和愛新覺羅·尼堪看來，清軍至少在炮兵方面是有優勢的，既然如此，那就揚長避短，試著先用火炮來砸爛對方的烏龜殼，不能不說這是兩人目前最正確的選擇了。
但問題是，清軍的炮兵陣地都是經過刻意整修的，以避免商棧守軍用康格裡夫式火箭加以還擊，所以，要對商棧第二道防線實施炮擊的話，原本已經在射程極限上清軍炮兵就要移動炮位、重新構築炮兵陣地了，這可不是短時間內就能完成的----某種意義上也是藉著興修新炮位的機會，有意無意的拖延總攻發起的時間，籍此等待瀋陽的最新決定。
清軍不主動進攻，許昇燾、於通等人自然也不好盲目的進行反擊，因此，玄城衛一線便陷入到了大戰之前的暫時寧靜之中······
在玄城衛陷入“休戰”狀態的同一天，寧虎率著6艘淮丙炮艦、8艘淮甲運輸船----福海號分家後，濟州艦隊分得了6艘淮甲運輸船，祥福瑞則獲得了另外28艘淮甲運輸船，新福海號獲得了全部34艘淮乙船；但由於掩飾身份的需要，新福海號及淮乙船隊是不允許再參與濟州艦隊和祥福瑞的一切行動的；而濟州艦隊中的2艘淮甲運輸船，此刻正隨著第一分隊駐紮在蝦夷地，沒辦法抽調回來，祥福瑞這邊的船則要麼在雲梯關船場進行維修，要麼在執行其他運輸任務，因此也只能抽出4艘正好在濟州島停靠的淮甲船出來，與濟州艦隊此番原城前線撤退行動----抵達了原城外海，隨即開始組織島原-天草起義軍殘部撤退。
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由於是短程運輸，因此每艘淮甲船上都塞了近400名日本人----正常情況下是絕不會超過150人的----每艘淮丙船上也塞了小200人，然而原城前線眼下一共有5900多名島原-天草起義軍的殘部（在過去的十天裡，拼死擋住幕府討伐軍的起義軍殘部又陸續損失了500多人），所以，還有1600多名起義軍沒辦法第一批次撤出。
原本寧虎設想，或可以再派船來接應這部分起義軍，但如此大規模的運輸是不可能不驚動酒井忠勝率領的幕府討伐軍的，因此，當如夢初醒的在幕府討伐軍心急火燎的發動最後總攻的情況下，留守的1600多起義軍也是沒辦法安全撤出的。
尤其是天草四郎時貞，原本，寧虎還希望他能優先撤出，但天草四郎時貞決定與最後的守軍一起同生共死，堅決不肯拋下戰友，所以，寧虎等人只好嘆息著，帶著一船隊痛哭流涕的島原-天草百姓緩緩的駛離了原城外海。
期間，在酒井忠勝的嚴令下，熊本、薩摩等藩的水軍還試圖上來阻止，結果被怒氣值爆棚的濟州艦隊第三和第四分隊當著那些在陸上遙望的幕府討伐軍的面一通胖揍，直接把兩藩水軍打得“生活不能自理”了。
只是，當濟州艦隊掩護著運輸船撤退後，原城中，島原-天草起義軍最後抵抗部隊的這口憋著的氣就洩了，氣一洩，自然就沒辦法再抵擋如潮水般反覆湧上來的幕府討伐軍了，於是，戰到第二天凌晨時分，原城失陷了。
戰至最後的天草四郎時貞及身邊少數起義軍點燃了城內最後建築，然後全體投火自殺，至此，島原之亂算是被幕府鎮壓了----由於沒有天草四郎時貞生不見人死不見屍，所以幕府討伐軍中便有傳言，天草四郎時貞是被濟州艦隊救走了，這個傳言在隨後一百多年裡在日本本土傳播的沸沸揚揚，以至於後來的幾次日本農民暴動都還有人打出了天草時貞的旗號，但這就是後話了······
既然鎮壓了島原之亂，幕府討伐軍各部便在修整了一天之後，準備撤退；然而歸心似箭的各藩軍隊還沒有完全離開島原半島，便得到了長崎送來的警報----一隻擁有40艘大小艦船的艦隊出現在了長崎外海，艦隊還派人向長崎奉行所提交了“國書”，要求幕府無條件與各國通商、並廢止迫害基督教會和基督教徒的命令。
咦？聯軍怎麼去了長崎，而沒有去島原呢？
答案其實很簡單，這不，包括南藤昭信在內，沒有一個人相信島原-天草起義軍能在“強大”的幕府討伐軍面前堅持半年以上的，因此，聯軍便有意無意的忘記了他們的“初衷”，直接開到了長崎港外----其實，當聯軍浩浩蕩蕩開到那霸請求補給的時候，薩摩藩在琉球的留守人員已經緊急派船回國報告了，但薩摩藩使用的安宅船速度太慢了，所以，當薩摩藩高層接到琉球來的報告，剛剛派出使番緊急通報幕府時，聯軍已經出現在了長崎外海了。
長崎奉行所當然是沒權力答覆洋夷“國書”的，所以，時任長崎奉行榊原職直便分別向江戶及酒井忠勝發出了十萬火急的報告----說起來，當初寧虎堵門之後，松平信綱就已經調派了小2萬人的東九州各藩前來長崎設防了，榊原職直倒是不怕聯軍對長崎的進攻，但問題是，當初寧虎4條船就把長崎給堵了三天，現在聯軍40條船得把長崎堵多少天啊？
啥？對馬藩水軍不是還沒有撤嗎？
扯淡吧，就對馬藩那幾條關船還能對付了聯軍，那真是夢裡想屁吃呢！
按下榊原職直送往江戶的報告不提，酒井忠勝接到報告自然是大為惱怒的，於是他叫停了各藩軍隊的撤退，命令其等開往長崎方向。
接到酒井忠勝最新命令的各藩軍隊怨聲載道，但眼下的形勢比島原之亂、寬永大動亂更緊迫，因此也容不得各藩討價還價，最終各藩軍隊還是在心不甘情不願的情況下，轉道開赴了長崎。
見到各藩軍隊紛至沓來，心中底氣更足的榊原職直便奉酒井忠勝的命令回覆“聯軍”道：“所請一概不準！”
就這樣，在長崎港外停泊三天後，“聯軍”得到了他們預判得到的結果，既然如此，那也沒有什麼好多說的了，正式開打便是了······