天聰九年（明崇禎八年，西曆1635年）十月初二，繼莽古爾泰出任正藍旗旗主的愛新覺羅·德格類病死，隨即，為了奪取正藍旗，阿巴海以收買的正藍旗梅勒章京冷僧機出面誣告同父異母的姐姐莽古濟並姐夫索諾木。
由於當時阿巴海已經獲得了後金的絕對權力，因此對於阿巴海對莽古爾泰一族的迫害，各旗權貴都絕口不言，生怕引火燒身，由此，坐視了莽古濟最終被千刀萬剮、額駙索諾木並正藍旗甲喇額真屯布祿、巴克什愛巴禮等人無辜遇害。
消除了莽古爾泰一脈對正藍旗的影響之後，阿巴海輕而易舉的兼併了正藍旗，並將正藍旗與自己親領的正黃旗混編重組，成為新的正黃旗和鑲黃旗，隨後，阿巴海又從新兩黃旗之後分出8個牛錄給予豪格統領的原鑲黃旗，並將原鑲黃旗改色為正藍旗，這就是正藍旗歷史上的第一次大變動，至此阿巴海父子一舉控制三旗兵馬，不但在政治影響力上，而且在實控兵力上徹底壓倒了代善父子所領的兩紅旗以及多爾袞兄弟所領的兩白旗，為阿巴海登上帝位提供了最後、且最關鍵的保障。
在後金內部進行權力博弈的時候，崇禎皇帝鑑於洪承疇在關中消滅流寇計劃的破產，對清剿計劃做出了調整，遂以“淮撫兵二千三百、楊御蕃兵千五百扼南畿要害，護祖陵；以董用文兵五千走彰、懷（守河）；倪寵兵三千、牟文綬兵二千赴齊、豫之交，相機調遣；劉澤清推孤山副將，未行，令暫防曹濮；馬爌移鎮潁亳；陳洪範所募健丁三千，護陵；又以龍固關參將李重鎮兵四千、遼東總兵祖寬兵三千，先後馳援河南”。
除了增調兵力之外，考慮到洪承疇“勢不能舍秦入豫”的緣故，崇禎皇帝又任命時任湖廣巡撫的盧象昇總理江北、河南、山東、湖廣、四川五省軍務，並規定了“寇在關內，屬洪承疇，關外，屬盧象昇”及“如秦寇盡入豫，則承疇剿西北，象昇剿東南；如賊復入豫，則象昇入關合討”等分割槽討剿的方略。
在這些正確的方略指導下，明軍獲得了一些成功。
其中，在高迎祥、張獻忠等人轉移後，堅持在陝西活動的李自成部因為洪承疇遣軍邀擊的緣故“不得渡河”，又因為明政府在各州縣搞“堅壁清野”，導致嚴重缺糧，不得不“東西分竄”；洪承疇隨即又“檄寧夏總兵祖大弼屯涇陽、甘肅總兵柳紹宗屯咸陽，副將曹變蛟扼潼關”，“合兵大破之”，迫使“闖將退屯興平、武功、中部（黃陵）、宜君”，但又被明軍接連擊敗，被迫退入秦嶺。
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又譬如，整齊王所部在汝州被官軍擊敗，不得不退入河南府與闖王、掃地王、闖塌天等部聯兵，以上各路“義軍”連營“六十裡”準備進攻洛陽，但被緊急趕來救援的遼東總兵祖寬、援剿總兵尚可喜兩部練手在龍門白沙一線擊敗。
在不得已的情況下，闖王等部只能“東奔光州、固始，至霍邱，逼鳳陽”，但此時的鳳陽已經進駐了各路明軍約六千多人，絕非“義軍”輕易可以攻佔的，所以，崇禎九年正月裡，闖王、闖塌天、八大王、搖天動等7支“義軍”裹挾沿途“數十萬”百姓，越過鳳陽城不攻，而疾攻滁州，並準備在奪取滁州後，南渡大江，威脅明廷的財富重地江南。
但回家省親的行太僕寺卿李覺斯、滁州知州劉大鞏率全城百姓死守滁州十晝夜，成功的為從河南趕來的盧象昇部爭取了時間，“義軍”遭到盧象昇部的急襲，當場“連營俱潰”，高迎祥手中最精銳的精騎也損失了兩千餘騎，讓高迎祥等元氣大傷。
高迎祥等部見無法南下，便決定甩脫明軍後退回河南，但在撤回河南境內時，在途中於朱仙鎮、汝州楊家樓、裕州（禹州）七頂山等地又多次受到明軍的打擊，“精騎逃死略盡”。
不過對於朱由崧來說，這些勝利根本算不得什麼，因為，這一世他最重要的骨肉親人之一的姚妃，因為尿毒症病發於崇禎九年二月二十日病逝了。
病逝前，迴光返照的姚妃拉著朱由崧的手說自己這輩子最遺憾的是，一個沒有看見朱由渠沒有“合法的”兒子，郡王之位有斷絕之慮，另一個是沒有看到長孫朱慈焈成親生子，當即引得朱由崧淚流滿面，朱由渠嚎啕大哭。
但哭聲顯然阻止不了死神的降臨，姚妃就這麼過去了。
“皇爺，福王府急報，”司禮監秉筆、提督東廠的曹化淳向崇禎皇帝奏報道。“王妃姚氏病沒了。”
說話間，曹化淳遞上一份由朱由崧代筆的遺書，崇禎皇帝沒有看，只是說道：“且按舊例安排吧。”
曹化淳應了一聲，沒有退下，崇禎皇帝疑惑的問道：“福王府還有什麼要求嘛？”
“是的！”曹化淳再次彙報道。“福王府請宗人府為福世子的諸子女賜名，以便能他們能在福王妃下葬時能在祭祀碑文上列名。”
崇禎皇帝問道：“福世子有幾個孩子，都幾歲了？”
曹化淳回覆道：“除了福世子的嫡長子出生當年就由熹廟賜名以外，福世子另外六子四女都還沒有正式的名字，其中，福世子的長子今年已經虛歲十一歲了，庶次子、庶三子、庶長女、庶次女都已經十歲了，嫡四子和庶五子、庶三女今年九歲，庶四女和庶六子瑾兒今年八歲，其中庶六子是福世子的養子。”
崇禎皇帝眉毛一揚：“福世子的嫡長子今年十一歲了，原來如此，恐怕請名的要求是為求情冊封福世孫打埋伏的話。”
涉及宗藩傳承家事，曹化淳可不敢多接話，好在崇禎皇帝也沒有讓曹化淳接話的意思：“當年福世子第一個奏請立國本，朕欠他一個人情呢，就這裡還了吧，且讓宗人府冊封福世孫，並給朱由崧其餘幾個孩子起個好名字；不過，朱由崧怎麼會有一個養子的，是不是在外面有什麼不堪言的醜事啊！”
“啟稟皇爺，這孩子其實是潁上郡王的。”曹化淳解說道。“潁上郡王妃據說是河東獅······”