廣渠門和德勝門之戰後，阿巴海見明軍反抗激烈，且冬季戰馬掉膘嚴重，不利再戰，便統帥後金軍主力移師至南海子駐紮，南海子本為明代皇家獵苑，草木豐盛、野物眾多，盡為後金軍所獲後，後金軍的戰力士氣都得到了極大的恢復。
崇禎皇帝自然是不願意見到後金軍在京師門口恢復戰力的，便再三要求民科軍事專家派兵收復南海子，但民科軍事專家除了伸手跟明廷要賞銀外，只就地招募了五百士兵去南海子，還恬不知恥的聲稱給後金軍造成了不小的損失，“後金軍稍退”。
不過，由於在廣渠門之戰中基本沒有戰果，所以民科軍事專家不好意思再三提議“行款”的建議，但因為口風不緊或有意外傳、試探輿論風向的緣故，關於民科軍事專家和部分東林黨高層----諸如內閣大學士錢龍錫等----正在籌劃與後金議和的訊息還是在北京城內鬧得沸沸揚揚，不說盡人皆知吧，至少該知道都已經知道了。
對於民科軍事專家的這一系列奇怪的行為，明廷上下由最初的信任，轉為了懷疑，到最後徹底變成了擔心，所以，十二月一日，崇禎帝在平臺召見時，下令逮捕了民科軍事專家。
在逮捕時，崇禎皇帝為了避免冤假錯案，特意給民科軍事專家和一旁陪伴的遼鎮大將祖大壽以解釋的機會，可是非得民科軍事專家沒有能做出應有的解釋，而且一旁的祖大壽更是不知道該說什麼才好。
於是，民科軍事專家便在劫難逃了----當日，崇禎皇帝下民科軍事專家詔獄。
隨後，崇禎皇帝命令滿桂和祖大壽分別統領遼鎮兵馬，但遼鎮兵馬又怎麼可能聽從外系將領調派呢，所以，祖大壽回去後跟其他遼鎮將領一商量，便帶著遼鎮兵馬逃離了北京戰場，真正驗證了什麼是動如脫兔，也就是後來孫承宗去信反覆安慰，並說明不會再派其他人來指揮遼鎮兵馬，祖部才沒有一口氣逃出山海關外，但遼鎮兵馬至此再也沒有加入過北京保衛戰，就那麼遠遠的坐觀，各地勤王之師的到來、奮戰、被殲以及成千上萬的京畿百姓被劫掠、被屠殺。
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遼鎮兵馬潰逃後，京畿附近的兵力非常有限，但此時崇禎皇帝卻犯下大錯，強迫兵力不足的滿桂出擊，滿桂迫不得已，只好指揮黑雲龍、麻登雲、孫祖壽等大將，於十二月十五日出陣迎戰後金軍，結果全軍覆沒，其中滿桂和孫祖壽戰死，部將麻登雲、黑雲龍被後金軍活捉。
滿桂戰死的同日，在柳林、大井、蘆溝橋方向作戰的滿桂的副將申甫以下七千人也悉數戰沒，眼見得最得力的部隊覆滅，北京城內一日三驚。
滿桂及申甫戰敗兩天後，巡撫山東都御史耿如杞、總兵官張鴻功所率的援兵也在良鄉被後金軍擊敗----明軍各部在崇禎皇帝的催促和指揮下，錯誤的實施了添油戰術，結果只能是被後金軍各個擊破----當然，在消滅各路來援的明軍的同時，後金軍不可避免的遭受了一些損失，特別是馬力上的損失，所以，在接下來的戰鬥中，後金軍並沒有能如期消滅馬世龍部。
但馬世龍部也未能給後金軍帶來更多的壓力，這不，在接下來的時間裡，後金軍又先後奪取了固安、張家灣、香河、玉田等地，並大肆掠殺。
崇禎三年正月裡，後金軍開著手撤回老巢，但在撤退的路上，後金軍又先後攻克了永平府城盧龍、灤州等地，並迫降了永平等地的守軍，進一步給大明造成了沉重的打擊和慘重的損失，但面對源源不斷開來京畿的明軍勤王之師，總體實力比較薄弱的後金軍遂於當年二月，正式退出邊牆----主要是隨行蒙古各部搶夠了，不想再打了----不過，阿巴海在撤退時還留了一個尾巴，派貝勒阿巴泰和齊爾哈朗堅守永平、遷安、灤州、遵化四城，以為下次進攻京畿的據點、出擊地。
明廷當然不能忍受後金軍隊在自己眼皮底下長期駐守，所以後金主力撤走沒多久，緩過勁兒來的明軍就開始準備反攻，收復永平四城，但這是後話了。
崇禎三年三月，在確定後金軍主力基本退出長城後，北京城終於取消了戒嚴狀態，至此，崇禎己巳之役算是告一段落了。
己巳之役中，京畿地區的防禦體系遭到重創或破壞，陣亡及被俘總兵多達六員（趙率教、滿桂、孫祖壽、麻登雲、黑雲龍、朱國彥），損失兵力更是以數萬計，此外，戰爭期間，兵部尚書王洽、工部尚書張鳳翔、薊遼督師袁崇煥、遵化巡撫王元雅、總理薊遼保軍務劉策等或死或下獄，可以說震動極大；再加上，京畿地區遭到後金的嚴重破壞，財政基礎大受衝擊，用元氣大傷來形容，並不為過；因此，後人將其視作崇禎帝中興之夢破滅的開始，大明由此一日日的走向了徹底衰亡。
是的，在己巳之役中崇禎皇帝犯下了很多錯誤，其中，就有一個現在看起來還不嚴重，但日後卻導致了大明王朝覆滅的錯誤，那就是為了救急，明廷被迫採用了拆東牆補西牆的策略，在剿滅陝西“起義”軍即將大獲成功之際，將陝西明軍主力調往北京救駕，從而使得明軍在陝西進行的清剿行動功虧一簣，讓各路“義軍”得以逃脫生天，並更加活躍起來。
此外，因為過往跨省作戰時經常性遭遇的補給困難及有意刁難，使得陝西等地明軍並不願意離省前往京畿地區----也因為後金軍名頭夠響，陝西等地明軍不願意自尋死路----所以，山陝等地的勤王部隊中出現了大量的逃兵。
這些譁變的入援兵為了逃避明廷的處罰，紛紛加入各路“義軍”----這些擁有專業戰鬥技能的逃兵的加入，大大提高了“義軍”的戰鬥力----再加上崇禎二年四月開始執行的裁撤驛站、整頓驛站秩序時的矯正過往，其所導致的失業驛卒加入“義軍”浪潮，這場由饑民乞活引發的大起義，就此再難遏制了······