不過，民科軍事專家其實沒有想到，由於趙率教等人堅守不降，他對明廷的敷衍了事，對錦州的見死不救，反而讓阿巴海陷入了左右為難的境地。
彼時，後金以軍事手段攻擊錦州，結果卻不能輕易攻克；以政治手段議和，結果趙率教和紀用卻虛與委蛇；想誘使錦州守軍突圍，結果錦州守軍死也不挪屁股；想伏擊寧遠援軍，民科軍事專家根本就不敢救援。
也就是說，阿巴海的圖謀全部落空了，這就讓剛剛上位，下面一群人都不服的阿巴海有些坐立不寧了,不得已，阿巴海只好改變思路，正所謂山不就我，我去就山，既然寧遠的明軍不來救援錦州，錦州守軍也不敢輕易突圍，那後金就只能主動去進攻寧遠了。
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天啟七年五月二十七日，也就是民科軍事專家向北京甩鍋的第二天，後金軍開始分兵了。
其中一路偏師，繼續留守錦州城外，挖掘幹壕，包圍錦州城，籍此防止錦州守軍在關鍵時候突圍，並攻擊主力部隊的後方。
主力部隊則由阿巴海親自率領，開赴寧遠。
五月二十八日，後金兵抵達寧遠，民科軍事專家仍然是老辦法，“憑堅城以用大炮”，想堵門死守，但這次似乎老辦法遇到了新問題，寧遠城內的人馬太多了，光軍隊就有三萬五千人，連民壯不下十萬人，城牆上根本站不下，不得已，民科軍事專家只得開啟向海的東門，派戰車營和騎兵出城列隊，整整齊齊的佇列一直延伸到海邊，看起來頗有一番聲勢。
可後金根本不懼出城作戰的明軍，阿巴海便明白無誤的跟左右說道：“昔皇考太祖攻寧遠，不克；今我攻錦州，又未克。似此野戰之兵，尚不能勝，其何以張我國威耶！”
言畢，阿巴海親率貝勒阿濟格與諸將、侍衛、護軍等向明軍衝陣，明軍車陣先垮，隨後雙方騎兵展開對決，戰鬥從早晨進行到了中午，在滿桂和尤世威等兩位總兵的帶領下，明兵死戰不退，後金軍傷亡“重大”。
此時，民科軍事專家親臨城堞指揮，“憑堞大呼”，並命人從城上發紅夷大炮攻打，以至於“後金兵橫屍城外，屍填濠塹，後金貝勒濟爾哈朗、大貝勒代善第三子薩哈廉和第四子瓦克達俱受重傷”，至午，“奴以其三員驍將受傷，退兵，至雙樹堡駐營”。
然而詭異的是，明軍這邊除了滿桂和尤世威身負數創以外，遼東將門出身的將軍，各個都是毫髮無損，而“被受傷”的濟爾哈朗等人卻沒有一點受傷的意識，繼續在騎在馬上指揮打仗，真正是吹牛不上稅啊。
更妙的是，戰後民科軍事專家上《錦州報捷疏》言稱“大戰三次三捷，小戰二十五日，無日不戰”，可戰後統計戰果，如同寧遠一樣，斬獲後金兵的首級仍然只有兩三百而已。
民科軍事專家對此辯稱是因為後金有“焚燒自方屍體的慣例”，天知道後金兵是如何做到在幾萬明軍和紅夷大炮的鼻子下面，把雙方上萬具攪在一堆的屍體辨認分開，然後從容不迫一具具擺上柴火堆，再花上一兩天時間燒掉的。
其實穿幫的還有明軍的傷亡數字，擊傷後金諸多將領的空前大戰後，領餉的兵員卻沒減少多少，怎麼也湊不出“大戰三、小戰二十五”應有的數千乃至數萬的傷亡人數，乃至於真正慘烈的笊籬山之戰也就只“傷亡60餘人”。
是的，被幾萬後金軍團團圍住、明軍兩員主將都受傷的激戰，總共只損失了60多人就衝出來了，明軍即便不算高達也是蘭博，可這等強兵怎麼就沒把後金軍給消滅或者擊敗呢？
莫不是，後金軍都駕駛著殲星艦來了的？
而就在寧錦大戰“如火如荼”之際，毛文龍正帶著他的那些如同乞丐的東江兵深入後金老巢赫圖阿拉一帶大搞“三光政策”起來，而留守的後金軍居然學起關寧明軍，“據城不出”，任由東江兵大肆擄掠，那是不是說，毛文龍的兵還不止駕駛了殲星艦了？
但不管怎麼說，在各種因素的累積下----譬如毛文龍的牽制，譬如天氣逐漸炎熱，後金軍不適應，又譬如，出兵朝鮮的八旗兵在連場大戰後的疲憊等等----阿巴海不得不顏面盡失的結束了對寧遠和錦州的圍攻，撤兵而去。
寧遠保住了，錦州保住了，所以，明知道寧錦大捷灌注了九成九的水分，但為了激勵軍民鬥志，明廷還是承認了所謂的勝利，但民科軍事專家卻是不能留了，所以天啟帝給他加了一級官階後，打發他回老家。
閹黨中堅的兵部署部事都察院右副都御史霍維華替他打抱不平，說什麼“撫臣袁崇煥置身危疆，六載於茲，老母妻子委為孤注，勞苦功高，應照例蔭錄······袁崇煥一人止予銜一級······其何以示公而服邊吏之心？乞皇上即以畀微臣之世蔭，量加一級以還崇煥······俾得以正卿歸裡”。
可在天啟帝看來，民科軍事專家問題太多了----謊稱用間，其意在談款，欺君，當斬；派徐敷奏去挖毛文龍牆角，後又抗旨自行寬宥徐敷奏，當斬；在明確知道後金議和是假後，居然放後金使者方今鈉等人回去，當斬；不發一兵一卒救援東江和朝鮮，隔岸觀火，當斬；說好的戰則一城援一城，真開打了，又改口說不能增援，又是欺君，當斬；寧錦之戰一開打，就宣稱“錦州必破”，動搖軍心，當斬；說好的三城成，關外四百裡金湯，結果還沒開打，掛了倆城，託付不效，當斬；等等等等，數不勝數。
所以哪怕是為了保證閹黨在朝堂上的政治威信，不明著處置民科軍事專家，但要想要為民科軍事專家多求政治榮譽，沒門！
因此，天啟帝在霍維華的奏疏批示道：“袁崇煥談款一節，所誤不小，朕不加譴責，尚著敘賚分明，念久在危疆、姑使相準耳。恩典出自朝廷，霍維華何得移蔭市德，好生不諳事體······”
就這樣，民科軍事專家被打發回老家了，然而錯有錯招，這卻讓他無意間與閹黨達成了切割，從而有了捲土重來的機會，但這種結果，對於大明來說，卻是一個更大的悲劇的開始······