天啟帝下令逮捕楊漣等六君子後，當年五月，周朝瑞、袁化中、顧大章就先後被抓捕到了錦衣衛北鎮撫司；等到六月，魏大中、楊漣、左光斗也先後被抓來了，於是，對六人的審訊便於六月二十八日正式開始。
楊漣等人一開始根本不承認自己從熊廷弼手中收取了什麼賄賂，然而“顯純箠楚甚酷，無生理”，於是左光斗便對其餘五人說“彼殺我有兩法，乘我之不服而亟鞫以斃之，又或陰害於獄中，徐以病聞耳，若初鞫輒服，即送法司，或無死理”，於是眾人俱自誣服。
在這裡，左光斗犯了一個致命性的錯誤，他以為自己承認了貪汙，就會被從錦衣衛詔獄轉移到刑部天牢，如此就可以方便同黨解救自己，甚至自己都可以翻供了。
很顯然，左光斗並不知道異時空那句“抗拒從嚴，回家過年，坦白從寬，牢底坐穿”的名言，因此，當他們畫押的供詞送到天啟皇帝面前時，天啟皇帝頓時萌生了被東林黨人欺騙的感受，所以，在確認並非是屈打成招後----許顯純上奏，打是打了，但還沒有打到承受不住的程度，人就招了----惱羞成怒的天啟皇帝便按照王體乾、魏忠賢等人的建議，沒有命令錦衣衛向刑部移交人販，且要求許顯純“嚴刑追比，五日一回奏”、“待追髒完日”再“送刑部擬罪”！
至此左光斗這個臭皮匠的拙計徹底搞砸了，並給世人和歷史留下了東林黨人其實也貪汙的印象，雖然，後來崇禎皇帝即位後為了證明自己清洗閹黨的正確性，拼命為六君子洗地，但這些話欺騙一下無知小民可以，在高層人士眼中，東林黨的政治形象卻一落千丈，徹底跟道貌岸然偽君子畫上了等號。
而就楊漣等人來說，他們的苦日子才剛剛開始，要知道，天啟皇帝深恨他們欺騙自己，要對他們進行所謂的追比，也就是規定每過幾天交多少“贓款”，如果交不上來就要嚴刑拷打，什麼時候家屬把全部“贓款”湊齊了交上，在詔獄的事情才算完了，才能移交刑部議罪。
但楊漣等人就算賣地賣房子，也實在湊不出那麼多錢來----許顯純給六君子安排的供狀中，楊漣和左光斗各受楊鎬、熊廷弼賄賂20000兩，周朝瑞受10000兩，魏大中3000兩、袁化中6000兩，顧大章40000兩----東林黨人中有錢的也不敢為楊漣等人代繳，真代繳了就坐實了楊漣等人真有錢、真受賄了。
既然楊漣等人拿不出錢來，那麼許顯純也不客氣，“（追）比時累累跪階前，訶詬百出，**辱之”、“夾、桚、棍交替使用”、“後訊時皆不能跪起，荷桎梏平臥堂下”，慘不可言。
在朱由崧前世時空裡，有一個桐城人叫方苞的，生在康熙年間，既沒有見過左光斗，又沒有見過左光斗的學生史可法，從其父方仲舒那裡道聽途說了些東西，便寫了一本《左忠毅公逸事》，把左光斗塑造的鐵骨錚錚，把史可法描寫的忠孝兩全，但實際上，這裡面根本不能認真推敲。
是的，文章中的五十兩銀子在當時而言，對於個人來說的確是一大筆錢了，可問題是，六君子是天啟帝欽定的欽犯、又是閹黨除之後快的重要政治對手，多少人眼睛盯著，怎麼可能是個人隨隨便便的換了衣服，就能一路暢通的來到左光斗面前？甚至還能呆在哪裡，與左光斗對話好一會，這簡直太低估詔獄的看守能力和工作態度了。
拿個不太好相比較的例子來說，同時期關押在刑部天牢的熊廷弼日後為什麼會被處死，一個非常重要的原因就是，刑部天牢的牢子舉報有人溜進天牢與熊廷弼串供，結果被逮了個正著；所以你看，連看守嚴密度遠不如錦衣衛詔獄的刑部天牢都不好輕易進出，何況時人嘴裡的閻王殿呢。
退一萬步來說，即便是詔獄裡的看守全部放水，區區50兩銀子又怎麼夠打點到位呢，所以，那個動了隱惻之心的門衛首先就得是個不小的官，接下來還要搭進去不知道多少的人情才能勉強辦到的，為了一個莫名其妙的史可法，這可能嗎？
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故而，這篇文章的內容要是真的，真相就只有兩個可能，一個是，史可法用來疏通的銀子不是50兩，而是500兩乃至更多；另一個，則是安排史可法進詔獄的，是劉僑的親信黨羽、東林的同路人，史可法與左光斗的聯絡也不是一次簡單的師生告別，而是東林黨人策劃的某種解救動作的一部分。
這兩種可能中，尤其以後者的可能性更大，而正是因為察覺了東林黨可能對楊漣等六君子的解救，所以，閹黨和許顯純才不得已迫不及待改變了原有的繼續羞辱拷打的計劃，對六君子實施了秘密處決，以徹底斷絕東林黨人的妄想----天啟五年七月二十四，楊漣、左光斗和魏大中被“土囊壓身、鐵釘貫耳”而死。
見楊漣等人遇害，袁化中、周朝瑞嚇的只能選擇以錢贖命，然而錢是交了，可閹黨並不願意就此放虎歸山，所以，當年八月十九日，入獄後一直病懨懨的袁化中因為藥不對症，庾死；同月二十八日，周朝瑞“繼之”。
待五人死後，閹黨怕無法向天啟皇帝和國內輿論解釋，便移顧大章於刑部天牢，此時刑部尚書李養正跟閹黨的關係密切，所以便在審訊時“一如鎮撫原詞，以移宮事牽合封疆，坐六人大闢”，這就在輿論上為閹黨殺害楊漣等人做了背書。
得到刑部定罪的結果，天啟帝便命令“移大章鎮撫”繼續追比，顧大章再也不肯去北鎮撫司受刑，所以在其弟顧大韶前來探監時，服用了送來的毒酒，然而顧大韶不忍哥哥死去，下藥的份量不足，顧大章雖然腹痛如刀攪，但卻始終死不了，所以，他便在夜裡，趁人不備之際，毅然自縊而死。
至此，楊漣等六君子，無一倖免於難······