東林黨與閹黨之間的衝突，首先在熊廷弼的處置上爆發了。
根據天啟二年四月的三法司會審，熊廷弼和王化貞都被判處了死刑，當時的解釋是“若厚誅化貞而廷弼少及於寬政，不惟無以服天下萬世之心，恐無以服楊鎬、袁應泰之心矣”。
但問題是，這個判決下來後，天啟帝當時沒有批准，結果，各種么蛾子便紛至沓來了。
首先，天啟二年的六月，周朝瑞、惠世揚、蕭基、賴良佐、侯震晹、劉弘化、熊德陽、江秉謙等東林黨人立刻上疏彈劾兵部尚書張鶴鳴，稱張鶴鳴支援王化貞、破壞熊廷弼三方佈置策，屬於同案犯，應該一起受罰。
接著，浙黨成員、時任武英殿大學士的沈紘立刻出面彈劾時任刑部尚書的王紀，說什麼王紀袒護熊廷弼，導致三法司會審結果沒辦法落實。
其實沈紘和王紀是老對頭了，之前王紀就以沈紘阿附內宦，支援錦衣衛和內廷實施內操，跟蔡京沒有兩樣，而彈劾沈紘，因此，沈紘現在這是擇機報復，故意牽強附會，把天啟帝沒有做出決定，說成是東林黨庇護熊廷弼。
天啟帝顯然很生氣沈紘和王紀的互相攻訐，所以，讓兩人都回了老家，不過，熊廷弼的生死便成了東林黨和其反對者角力的戰場，卻是不爭的事實；尤其是首輔葉向高出於愛惜人才為由，決定重新進行三法司會審的決定，更是讓這場角力變得火藥味十足了。
天啟二年十月，御史楊維垣彈劾熊廷弼在獄中和外人相見，又彈劾兵部員外郎顧大章受賄熊廷弼4萬兩白銀以逃罪。
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根據新任刑部尚書孫瑋查明的事實顯示，三法司會審熊廷弼時，只有顧大章以熊廷弼受到掣肘且熊廷弼有先見之言為由，建議判處王化貞死罪而熊廷弼戍守邊疆，因此才有顧大章受賄熊廷弼4萬兩白銀為熊廷弼脫罪說法，但這並非是事實，這份彈章純粹是政治惡鬥的結果，正所謂黨同伐異。
然而，御史是可以在沒有事實依據的情況下，風聞言事的，所以，楊維垣言者無罪。
也因此，接下來御史劉廷宣便如法效仿的提議快速處斬熊廷弼、楊鎬等人。
鑑於劉廷宣的提案中沒有王化貞和張鶴鳴，所以，同為御史的東林黨人潘翼上疏認為內閣大臣和兵部尚書張鶴鳴也要承擔責任；但天啟帝還是不置可否。
天啟三年二月，為了避免在京察中被黜落，不屬於東林黨的遷安籍御史郭鞏把針對的矛盾進一步擴大到了當初舉薦熊廷弼的御史塗世葉和周宗建等人。
這下就惹了馬蜂窩，東林黨人認為郭鞏投靠了剛剛成型的閹黨，便由御史方大任上疏彈劾郭鞏只想殺熊廷弼而救王化貞。
曾經被郭鞏彈劾的給事中劉宏光也上疏分辨，認為“今鞏於救熊廷弼者盡皆深文周內，被之以黨賊之名，而於救化貞者則盡置之不論，甚且欲專殺廷弼而故出化貞”，所以，郭鞏彈劾自己，是為殺熊廷弼救王化貞而清除障礙。
周宗建也具疏駁之，其疏曰：“夫李維翰、楊鎬、袁應泰等，皆失封疆之臣，亓詩教之力主催戰、趙興邦之賄賣，邊臣皆誤封疆之賊也。使鞏而果從封疆起念，則自應泰身殉而外，胡不公正發憤？並請誅鋤也。且使鞏而果欲立保舉之法，則薦鎬、薦維翰、薦應泰者皆保舉之人也。鞏不嘗見薦王化貞者乎······劉一燝身為宰輔何據，而遽指之為逆族；周嘉謨並叨顧命，何因而強坐之以機關；毛士龍放棄已久，何事復銜之刻骨；王安蓋惟不具，何忍復借之以趨權······方震孺於進關之役，既苛責以不死之非，而陳王庭於三路之敗、開鐵之亡，反欲為邀不次之賞······”
此外，周宗建還在奏疏裡說道：“止借一熊廷弼以媚一時之灶見，有觸璫扶正挺然獨立者，惟恐其去之不速，欲自為固結進身之計，而藉此以為贄焉！世葉而自知人之欲借。臣以為，贄於魏進忠則自悔其失言者，不待臣詞之畢矣。”
好傢伙，不但說了王安不應該被以擅權的名義處置，還說郭鞏背後是魏忠賢，此言一出，讓魏忠賢萬分憤懣，好在天啟帝是知道怎麼回事的，便批示道：“熊廷弼罪案已定，不必爭辯。言官論事，但當據理直陳，是非自見，不必蔓衍牽纏，有失敬慎······”
周宗建奏疏的引起的話題總算是被壓下去了，但閹黨也因此算是跟東林黨耗上了，你不是要救熊廷弼，讓欺師滅祖，被叛葉向高的王化貞去死嗎？好，我們絕不讓你們如意，王化貞，我們保定了，熊廷弼這個大噴子，也一定是死定了。
由此，雙方你來我往，開始互相攻訐，倒是讓天啟帝頭疼異常。
拖到了天啟三年的九月，身為帝師的孫承宗窺得天啟帝對兩方爭議已經有了不耐的態度，便上書要求將被判處死刑的楊鎬、熊廷弼、王化貞改判為戍邊。
天啟帝同意留楊鎬不殺，但對熊廷弼和王化貞的處置並沒有提及，但事情總算是擱置下來了。
而導致東林黨人進一步偃旗息鼓的原因是，貴州方向的形勢突然間急轉直下了。
是的，葉向高剛剛才為時任貴州巡撫的王三善爭取到了三十萬兩白銀的軍餉，可錢撥付下去了，王三善卻因為再次冒進，陷入了後繼無援的境地；王三善可是東林黨人主推的干將，這要是失敗了，豈不是給在天啟帝面前再三誇口的東林黨人以一擊狠狠的耳光嗎？
所以，東林黨人需要總督貴州、雲南、湖廣軍務的楊述中出手援助，但身為湖廣人士的楊述中顯然與東林黨人尿不到一壺裡，因此，為了示好楊述中所在的派系，東林黨人不得不暫時壓低了黨爭的調門。
只是楚黨早就看清楚了東林黨人的目的，因此示意楊述中按兵不動，如此，楊述中固然獲得了怯懦的評價，但王三善和幾萬明軍官兵的性命卻就此斷送在了貴州的群山之中，西南的形勢，也因此再度惡化起來了······