朱由校擺脫西李控制之後，幾個重臣們在放心之餘，便坐下來認真討論其朱由校與西李的關係來。
吏部尚書周嘉謨、左都御史張問達、戶部尚書李汝華等大臣都認為“慮皇長子無嫡母、生母，勢孤孑甚，欲共託之李選侍”，但楊漣等東林黨人卻以“天子寧可託婦人”為由，堅決反對，雙方爭辯不下，有人便提議讓方從哲來決定。
但充當首輔多年的方從哲此時深陷“紅丸案”中，說句話都會被臺諫攻擊，根本不敢摻和其中，只提了個“徐圖之”的建議，卻遭到了楊漣等人的無情漠視！
隨即，在朱由校脫離西李控制的第二天，楊漣、左光斗等人就上疏奏請西李搬離乾清宮。
已經失去了倚仗的西李自然是不肯的，為了朱由模的將來，她依然試圖負隅頑抗，拿著已經在士大夫眼裡成了廢紙的泰昌帝的口諭說事，不想輕易的搬離乾清宮。
由於年幼，再加上沒有接受過良好的帝王教育，因此朱由校並不像他的父親、泰昌皇帝一樣善於偽裝自己的想法，也沒有指望獲得“純孝”的美名，所以，當年九月三日，朱由校獲得群臣擁戴，正式登上皇太子之位後，變就立刻下達了太子令諭，要求西李搬離乾清宮。
西李還是堅持不走，於是，在楊漣等東林黨人的堅持下，被輿論裹挾的劉一燝、韓爌兩人便率著百官來到乾清宮示威。
當日，群臣威逼的聲浪直衝雲霄，群臣拍打乾清宮大門的聲音更是震耳欲聾，西李身邊的太監和宮女們一個個嚇得面如死灰、渾身發抖，在這種情況下，已經毫無抵抗能力的西李只好帶著朱由模及皇八女朱徽媞匆匆遷往了朱由校指定給她居住的噦鸞宮。
移宮案的第二階段，至此結束，但其餘波盪漾，接下來還有更可怕的一幕即將上演。
西李搬離乾清宮的第二天，九月六日，朱由校在群臣的擁戴下即皇帝位，年號天啟，但天啟這個年號起的極不妥當，因為一般而言取年號的原則是儘量不要用前人用過的年號，可問題是天啟這個年號在中國的歷史上曾經三度被使用過。
其中南北朝時南梁皇帝蕭莊用了兩年、唐代南詔第七代國主勸豐祐用了二十年、元末起義軍將領徐壽輝又用過一年，因此朱由校實際已經是第四任使用者了。
如果只是歷史只有一個或兩個朝代使用過這個年號，也可以解釋說替朱由校取年號的翰林院學士們，知識廣度和深度不夠，但之前都有三個朝代使用過天啟年號了，就不是學識不足的問題了，而是徹頭徹尾的馬虎。
當然，年號取的不妥當的事也不能全怪翰林院的問題，主要原因是朱由校的登基速度太快了，泰昌帝才死了六天，就登上了皇位，連三辭三讓的手續都沒有完成，在中國歷史上的正統王朝的皇位承繼中實屬於比較罕見的。
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之所以會出現這種情況，當然不是朱由校的問題，而是東林黨擔心局勢會出現不可測的變化，所以才急匆匆的決定讓朱由校儘快登基。
不過楊漣選定朱由校在九月初六登基後，他還被左光斗等東林黨內部的同夥給罵了一頓，以至於楊漣挨完罵之後，還不得不乖乖的承認自己是完全沒有預測到出現變局的可能，否則就應該在九月初一或九月初三就讓朱由校登基的。
是的，萬一西李聯絡某派反東林的勢力實施政變怎麼辦？
奪門之變可不就是一個最鮮明的教訓嗎？
幸好東林黨是自己嚇自己，在防止出現第二個武則天（實際是擔心文臣的權利受到垂簾聽政的皇太后的危險）的問題上，三黨和東林黨是同一立場，所以三黨並沒有在朱由校即位問題跟東林黨唱反調，自然也不會去勾結西李，來個翻雲覆雨了······
天啟帝登基後，再一次開啟內庫，給九邊及京營將士犒賞，以穩定軍心；又撥出大量的資金用來為泰昌帝修建帝陵；至此，神宗積累下來的內庫七百萬兩存銀，已經一多半花光了，這就為接下來的再次加徵遼餉，預設了伏筆。
除了犒賞軍將官弁外，天啟帝還立刻授意將泰昌帝的原太子妃郭氏及母親王才人追封為皇后，也算是滿足了王氏生前的遺憾。
而在加官進爵、遍撒金錢雨來安撫群臣的同時，天啟帝開始了秋後算賬。
首先，根據王安的意見，王國臣被要求退休、孟珙被發往了南京守靈，神宗晚年的四大秉筆，只剩下了鄧先一人暫時還留在了司禮監。
而泰昌帝身邊的田詔、崔文升、範通、孫相、陳堯臣、孫惟賢等十三名內監也被黜落。
西李身邊的李進忠更是因為所謂的“盜寶案”遭到了殘酷的對待----其中還發生了一個小小的插曲，楊漣上疏說李進忠不應該在天啟帝身邊伺候，這顯然是把兩個李進忠搞錯了，所以天啟帝便命令李大個子恢復了本姓，今後此人會被暫時稱為魏進忠。
接下來，根據楊漣等人的上疏，天啟帝開始就紅丸案發難。
作為向泰昌帝奉獻紅丸仙丹的罪魁禍首，鴻臚寺寺丞李可灼被命令養病回籍。
之所以只是受到如此輕的處罰，是因為，東林黨人的主攻目標是方從哲，而與方從哲一起帶走李可灼進宮的韓爌此時一言不發，根本不為方從哲解釋，方從哲只好一而再再而三的上疏請求辭職回鄉養老。
根據大明官場的遊戲規則，在多次挽留以示對首輔大臣的尊敬後，方從哲最終在當年十一月“主動致仕”還鄉了，東林黨人由此順利的搬倒了這塊如鯁在喉的大石頭，接下來，他們會向三黨及其他反對派發起總攻，以達成由他們掌握朝局的目的。
但在攻擊方從哲的風暴邊緣，熊廷弼也受到了東林黨人的集火攻擊，很快熊廷弼的經略一職為東林黨人袁應泰所取代，但袁應泰只有嘴炮，而無實際辦事能力，偏偏還聽不進勸，如此一來遼事就愈發的無可救藥了······