朱由崧冠禮後第三天，萬曆皇帝在北京進入病危狀態，就這樣昏迷清醒，清醒昏迷，渾渾噩噩到了七月十四日，這一天，萬曆皇帝在清醒的時候，突然問當日值守在他身邊的鄧先道：“遼東熊廷弼怎麼了？”
鄧先雖然有些吃驚，但還是奏報道：“熊廷弼稱自己病重，請求辭職還鄉。”
萬曆聲音輕微的說道：“告訴他，別鬧騰了，就地調養，以安遼東軍民之心副朝廷倚重之意，不準他辭職！”
鄧先立刻在奏疏上批了紅，隨即讓人發往內閣，此時就聽萬曆繼續問道：“皇后的諡號禮部擬好了嗎？”
鄧先一愣，急忙奏報：“禮部所擬孝端皇后諡號，皇爺不是一早就批了嗎？而且五日前就已經頒佈天下了。”
萬曆臉上浮起了一絲苦笑：“朕糊塗了，看來時間不多了。”
鄧先還想多少些什麼，萬曆再一次昏睡過去，鄧先看著萬曆那副樣子，搖了搖頭，走到了殿外，對自己的心腹說道：“去通報小爺，皇爺的日子也就旬日之間了，”
哪怕是只有幾天生命了，萬曆在清醒時仍要處理國政，這不，十五日那天，兵部上奏了遼東巡撫周永春的招募新兵一萬一千人的計劃，萬曆清醒後聽了彙報，口授批示，同意周永春的計劃，讓兵部監督實施。
七月十六日，禮部奏請今年祭奠成祖文皇帝的祭禮由誰主持，萬曆口諭，由太子朱常洛祭奉先殿，由武靖伯趙祖芳祭長陵。
七月十八日，萬曆在清醒後，敦促兵部和戶部速發白銀三十萬兩解遼東前線。
不過，到了七月十九日，萬曆皇帝的情況陡然惡化，接下來一連昏迷三天，到七月二十一日才清醒過來。
清醒過來後，萬曆皇帝首先聽取了雲南巡撫關於水西與播州情況的報告，命令由兵部處理貴州方面事務，然後，喝了一盅吊命的參茶後，自知大限已到的萬曆皇帝命令道：“讓太子、英國公、方先生、六部尚書都過來吧！”
這些大臣其實已經早就做好了萬曆隨時去世的準備，得到通知後迅速來到乾清宮，看著面前淚流滿面的臣子們，萬曆不知道他們當中有多少人是真心實意的，不過他已經管不了了。
“太子，記得在朕死後冊封貴妃為皇后。”
朱常洛跪在地上痛哭流涕，連連叩首：“兒臣，兒臣遵旨！”
“瑞王、惠王、桂王，也早點安排他們就藩吧！”萬曆想了想補充道。“對了，還有朱由崧，好像之前封了他一個郡王，到時候就由太子晉封他為福王世子吧，好了，別哭了，朕雖然要死了，但大明江山還要存續下去，這副擔子就留給太子了。”
萬曆的聲音到此黯淡下去，眾人等了一會，抬頭看去，只見萬曆的頭已經傾斜到了一邊。
幾個太醫急忙上前測量鼻息和脈搏，稍後他們得出結論，並有太醫院使宣佈道：“陛下，龍馭賓天了！”
哭聲頓時響徹了起來，隨即傳遍了後宮，沒一會景陽鍾也敲響了，至此京師中的所有人都知道，在位四十八年的萬曆皇帝過世了，一個持續了幾乎半個世紀的時代結束了······
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匆匆從後庭趕來的鄭貴妃幾乎在萬曆靈前哭的暈厥過去，但重臣卻沒有一個安慰鄭貴妃的，反而催促著將大行皇帝收斂後裝入棺槨，移放至奉先殿。
隨即太子和群臣們各自去換上喪服，內閣還要去擬寫遺詔，隨後要在奉先殿誦讀，自此，誰都好像遺忘了鄭貴妃一樣，這樣就第一次“移宮案”留下了某種隱患。
但這也是沒有辦法的事情，萬曆在臨死前還在強調冊封鄭貴妃為皇后，這其實對朱常洛和群臣來說是極其頭疼的事情。
要知道，一旦鄭貴妃真成了皇后，並因此成了皇太后，非但福王一脈成了萬曆的嫡子，讓朱常洛這個庶長子出身的太子新皇地位不穩，還讓鄭貴妃擁有了與萬曆皇帝母親慈聖皇太后一樣垂簾的權力，這也是群臣們所不能接受的。
按下這份遺詔最終能否落實不說，小半天後，在京的文武百官接到命令，明天一早在奉先殿祭拜大行皇帝，並聆聽大行皇帝遺詔。
這份實際由方從哲操刀的遺詔是怎麼寫的呢？
一個說了萬曆皇帝在位四十八年是大明至今最長的，由此感嘆了兩句，並說皇太子聰慧是個好的接班人，萬曆看好他能帶領大明從勝利走向勝利；隨後又交代了要儘快安排瑞王、惠王和桂王的就藩；接下來是重頭戲，宣佈罷廢了各地“害民”的礦監稅監以及減少江寧、蘇州以及景德鎮的織造和燒造等等；最後是對萬曆的國喪做了安排，二十七日釋服，不禁民間婚喪嫁娶······
路數跟徐階當年為世宗皇帝寫遺詔一樣，塞了不少的私貨在裡面，但眼下一眾大佬們也不會在乎遺詔的內容能讓方從哲個人獲得多大的聲譽，對於他們來說，現在最重要的是，儘快勸說朱常洛登上至尊的寶座，如此他們多少可能分潤一些擁立之功。
或許是朱常洛看穿了群臣的意圖，所以他並不願意在萬曆靈前就匆匆即位，於是為了更多的正統性，朱常洛表演了一場三辭三讓的保留節目----某種意義上，也是被萬曆冊封鄭貴妃的遺詔給逼的，不這麼做，其得國就有些不正，無法壓倒可能成為萬曆嫡子的福王。
可問題是，國不能一日無主，這三辭三讓是需要時間的，當中豈不是出現了某種令人不安的空窗期了嗎？萬一出現野心家怎麼辦？
所以，方從哲跟英國公張惟賢、吏部尚書周嘉謨、戶部尚書李汝華、兵部尚書董嘉善、署刑部尚書總督倉場尚書張問達、署工部事協理戎政尚書黃克纘、禮部右侍郎孫如遊等略一商議，便恭請朱常洛以太子身份監國，主持國政。
朱常洛欣然應諾，如此，歷史便正式進入了朱常洛的時代······